TkA03G607380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G607380

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 154262553-154265075 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1485 bp · TkA03G607380|TK1151|cDNA

ATGGAGAGACTACGCGACGGAATCGTCACCGTCCACTTTTACGATCTCCGACAGGCGACGGAGGCGCTTAACGAGATTCAAGAACAACACATGCAACAGCAATGCCGGCTTCGGAAACACTTTCAAGAACTTACGTTTTTGTCTCCACCCCCTCTCCCTCCACCGGCGCGTGGTCTTATATCCGGCCGCGCTATCTGGGCACAGTTTACTTTCCCCGTCACCGCTGGGCTTCCCGATGGTTACAACCAAGGCACTGTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1485 bp · TkA03G607380|TK1151|CDS

ATGGAGAGACTACGCGACGGAATCGTCACCGTCCACTTTTACGATCTCCGACAGGCGACGGAGGCGCTTAACGAGATTCAAGAACAACACATGCAACAGCAATGCCGGCTTCGGAAACACTTTCAAGAACTTACGTTTTTGTCTCCACCCCCTCTCCCTCCACCGGCGCGTGGTCTTATATCCGGCCGCGCTATCTGGGCACAGTTTACTTTCCCCGTCACCGCTGGGCTTCCCGATGGTTACAACCAAGGCACTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

494 aa · TkA03G607380|TK1151|PROTEIN

MERLRDGIVTVHFYDLRQATEALNEIQEQHMQQQCRLRKHFQELTFLSPPPLPPPARGLISGRAIWAQFTFPVTAGLPDGYNQGTVVILNLDSDVSTAILRPILQAFGRVKEIRDTPLKRNQKSVEFYDTRDAAKAVAAVNGREINGKKVVVEFSRPGGYKHYHKQTKFNPINGNGIPAPPIISYNSPPPLRPPSPSPNRKDSVVDYAGNANDIGSPPRGGYKNNGKYFHKQEQPPEQHGRWVATGGGGGNSGRNKPWKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G607380`
TK1151 ID	TkA03G607380
OH-1004 ID	LXL04_011637
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 81.924 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G607380

位置 Chr03:154262553-154265075 (-)

描述 Similar to PLA2: Protein terminal ear1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61960`	可能的RNA结合转录激活因子，在减数分裂和营养生长中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WY46`	可能的RNA结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0907900`	可能的RNA结合蛋白。	PLASTOCHRON2 regulates leaf initiation and maturation in rice.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037622
`Os05g0102800`	可能的RNA结合蛋白，可能在生长调节中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011637 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61960

dosa:Os01g0907900

zma:541683

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.527

排名 1 · TkA03G607380 · TK1151

细胞质0.418

排名 2 · TkA03G607380 · TK1151

细胞膜0.153

排名 3 · TkA03G607380 · TK1151

内质网0.052

排名 4 · TkA03G607380 · TK1151

质体0.026

排名 5 · TkA03G607380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_16-30 aa

PF29326RRM_MUD2_C7-43 aa

PF13893RRM_580-156 aa

PF16842RRM_occluded85-150 aa

PF00076RRM_186-150 aa

PF26726Helical_RasGEFs86-123 aa

PF29396F07F6_N113-158 aa

PF29326RRM_MUD2_C125-156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G607380	`PF00076`	RRM_1	6	30	4.7e-12	46.3
TkA03G607380	`PF29326`	RRM_MUD2_C	7	43	0.038	14.8
TkA03G607380	`PF13893`	RRM_5	80	156	0.021	15.2
TkA03G607380	`PF16842`	RRM_occluded	85	150	0.00067	20.2
TkA03G607380	`PF00076`	RRM_1	86	150	4.7e-12	46.3
TkA03G607380	`PF26726`	Helical_RasGEFs	86	123	0.14	13.4
TkA03G607380	`PF29396`	F07F6_N	113	158	0.065	13.7
TkA03G607380	`PF29326`	RRM_MUD2_C	125	156	0.038	14.8
TkA03G607380	`PF04059`	RRM_2	287	393	1e-34	119.3
TkA03G607380	`PF00076`	RRM_1	290	307	4.7e-12	46.3
TkA03G607380	`PF00076`	RRM_1	329	362	4.7e-12	46.3
TkA03G607380	`PF29326`	RRM_MUD2_C	340	364	0.038	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4I9`	拟南芥	sp\|Q8W4I9\|AML1_ARATH Protein MEI2-like 1	40.700%	Swiss-Prot	低置信
`A2WY46`	水稻	sp\|A2WY46\|EAR1_ORYSI Protein terminal ear1 homolog	40.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0JGS5`	水稻	sp\|Q0JGS5\|EAR1_ORYSJ Protein terminal ear1 homolog	40.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q75M35`	水稻	sp\|Q75M35\|OML3_ORYSJ Protein MEI2-like 3	46.200%	Swiss-Prot	低置信

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