TkA03G602320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G602320

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 152978833-152982034 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1498 bp · TkA03G602320|TK1151|cDNA

GCAAAAGATCTGACGATTCTCAGAAAACCATCCATAAAACCCTAATCGAGTGCCATATCATTAGTTTTCATATTTCTTTAATCCCCCTAAAACCAAAAGCAGAAAGATATCCATGCGTCTTTCCTAAGCAGAATCTTCATCTCTCTGCTCCTTTTTCATCCATTTTATTGTTATCATTTGCGTCTCTAGGGTTCACAATTCCACTCAAAGATCCACAGAGACGCAGAAACAGACATGACGGAACACAACACTGCTGCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1011 bp · TkA03G602320|TK1151|CDS

ATGACGGAACACAACACTGCTGCCGTTACTGATTTGCCGATGAAAAAGCCCAGAGAAGGAGAAGAGAACGGAGCTTCCGCCACCGCCATCAATGGCGGCGGAACTGGAAGCATATCGTCTGTCATTCCTGGTTGGTTCTCAGAGATTAGTCCGATGTGGCCCGGAGAAGCACACTCTTTGAAGATTGAAAAGATACTGTTTCAGGGCAAGTCTGATTACCAGGATGTTATGGTTTTTCAGTCTGCAACATATGGAAAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

336 aa · TkA03G602320|TK1151|PROTEIN

MTEHNTAAVTDLPMKKPREGEENGASATAINGGGTGSISSVIPGWFSEISPMWPGEAHSLKIEKILFQGKSDYQDVMVFQSATYGKVLVLDGVIQLTERDECAYQEMITHLPLCSIPNPKKVLVIGGGDGGVLREVARHSSVEHIDICEIDKMVVDVSKEYFPDVAVGYEDPRVTLHVGDGVAFLKAAQEGSYDAVIVDSSDPIGPAQELFEKPFFETVARALRPGGVVCTQAESIWLHMHIIEDIVSNCRQIFKGSVNY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G602320`
TK1151 ID	TkA03G602320
OH-1004 ID	LXL04_011565
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G602320

位置 Chr03:152978833-152982034 (-)

描述 Similar to SPDSYN1: Spermidine synthase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70310`	二型亚精胺合成酶。	暂无已核实直接文献
`At1g23820`	亚精胺合酶1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011565 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008295 spermidine biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004766 spermidine synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23820

ath:AT1G70310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.649

排名 1 · TkA03G602320 · TK1151

细胞核0.544

排名 2 · TkA03G602320 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA03G602320 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA03G602320 · TK1151

内质网0.041

排名 5 · TkA03G602320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17284Spermine_synt_N44-98 aa

PF01564Spermine_synth82-93 aa

PF01564Spermine_synth101-289 aa

PF05175MTS114-255 aa

PF13489Methyltransf_23114-155 aa

PF13649Methyltransf_25122-227 aa

PF08242Methyltransf_12123-228 aa

PF08241Methyltransf_11124-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G602320	`PF17284`	Spermine_synt_N	44	98	1.2e-24	86.7
TkA03G602320	`PF01564`	Spermine_synth	82	93	8.1e-81	270.7
TkA03G602320	`PF01564`	Spermine_synth	101	289	8.1e-81	270.7
TkA03G602320	`PF05175`	MTS	114	255	0.00066	20.0
TkA03G602320	`PF13489`	Methyltransf_23	114	155	0.18	12.2
TkA03G602320	`PF13649`	Methyltransf_25	122	227	0.00013	23.3
TkA03G602320	`PF08242`	Methyltransf_12	123	228	0.018	16.4
TkA03G602320	`PF08241`	Methyltransf_11	124	230	0.024	16.0
TkA03G602320	`PF13578`	Methyltransf_24	164	229	0.023	16.3
TkA03G602320	`PF05430`	Methyltransf_30	166	233	0.0037	17.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48661`	拟南芥	sp\|O48661\|SPDS2_ARATH Spermidine synthase 2	81.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZUB3`	拟南芥	sp\|Q9ZUB3\|SPDS1_ARATH Spermidine synthase 1	81.300%	Swiss-Prot	高置信

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