TkA03G601290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G601290

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 152690295-152692652 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1591 bp · TkA03G601290|TK1151|cDNA

AAAATATTAGATCGAAGAAAAAAAAGTAAAAAACAAAACCAACAGGCGCAATGGAAACGGTTTGGCCTTATTTTTCGCAATGTTTTCTTGCTACTCGCCGGAGTACAGAATTGCCCGCAACTGTCAGTATCTTTCACGACGTCGTCTGATCGCCAACTCATTTCTATTTCTCCTCCGAATTCAAGAACGAAATGTGATCGAACCCTAGTTTTTATGTACTCAAACCACCCGCTTCAGCTCAAATAGCAGAACTATACCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · TkA03G601290|TK1151|CDS

ATGGACCATCATTCATATCACAACCCCCACGAACGGCGGACCTTCATCAAGTCTAAAACTCCTTCTGTTAAATGGTTCAAAGAATGGGTACCACAAGAGGTTGTGTCAACAGGTGGCAAATGCTTCGTTATGAAATGGGTCACAGAGGCTCAATTAAACGCCATGAAAGAAGAAAAGTCAAAAGAGATGGAATCTGTAGAACCTGAACCTGAACCAACAACCGAAGTTCTTTTCCTCTGTAGCTATGAAGGCTGTGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · TkA03G601290|TK1151|PROTEIN

MDHHSYHNPHERRTFIKSKTPSVKWFKEWVPQEVVSTGGKCFVMKWVTEAQLNAMKEEKSKEMESVEPEPEPTTEVLFLCSYEGCGKTFIDAGALRKHSHIHGERQYACHFENCGKKFLDSSKLKRHFLIHTGERDFVCPHEGCGKAFSLDFNLRSHMKTHSQENYHLCPYPECGKRYAHEYKLKNHIMSHHEKFQQNNNHMMVEAPLKYVHVQPVENPKPPPKPTKSTTTAYASASSDRPYACPYEGCEKAYIHEYKLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G601290`
TK1151 ID	TkA03G601290
OH-1004 ID	LXL04_011552
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G601290

位置 Chr03:152690295-152692652 (+)

描述 Similar to YY1: Zinc finger transcription factor YY1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g06634`	具有抑制和激活活性的双功能转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G06634

hsa:404281

rno:103690827

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961

排名 1 · TkA03G601290 · TK1151

细胞质0.132

排名 2 · TkA03G601290 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA03G601290 · TK1151

线粒体0.015

排名 4 · TkA03G601290 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA03G601290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28979DUF849039-92 aa

PF17017zf-C2H2_aberr73-99 aa

PF15909zf-C2H2_875-129 aa

PF30355zf_C2H2-Disco77-89 aa

PF13894zf-C2H2_478-102 aa

PF26176zf_C2H2_17_278-88 aa

PF30018zf-C2H2_ATbp_2nd78-89 aa

PF24757C2H2_ASCIZ78-98 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G601290	`PF28979`	DUF8490	39	92	0.049	13.4
TkA03G601290	`PF17017`	zf-C2H2_aberr	73	99	0.00045	21.1
TkA03G601290	`PF15909`	zf-C2H2_8	75	129	0.4	11.8
TkA03G601290	`PF30355`	zf_C2H2-Disco	77	89	1.0	10.2
TkA03G601290	`PF13894`	zf-C2H2_4	78	102	6.8e-10	39.5
TkA03G601290	`PF26176`	zf_C2H2_17_2	78	88	2.4e-06	28.1
TkA03G601290	`PF30018`	zf-C2H2_ATbp_2nd	78	89	7.6e-06	26.3
TkA03G601290	`PF24757`	C2H2_ASCIZ	78	98	0.0014	19.8
TkA03G601290	`PF01485`	IBR	78	115	0.067	14.0
TkA03G601290	`PF00096`	zf-C2H2	79	102	9.2e-18	64.3
TkA03G601290	`PF16159`	FOXP-CC	79	100	1.1	10.5
TkA03G601290	`PF11706`	zf-CGNR	80	93	4.4	7.9
TkA03G601290	`PF21816`	Zap1_zf1	83	98	0.15	12.5
TkA03G601290	`PF13465`	zf-H2C2_2	84	89	1.3e-07	32.2
TkA03G601290	`PF13913`	zf-C2HC_2	84	98	3.0	8.4
TkA03G601290	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	85	98	0.033	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q2V3L3`	拟南芥	sp\|Q2V3L3\|YY1_ARATH Zinc finger transcription factor YY1	62.000%	Swiss-Prot	高置信

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