TkA03G561560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G561560

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142496569-142498595 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1738 bp · TkA03G561560|TK1151|cDNA

CTCCAATTAACTTTGTGCATCAATGGCTGTTAATGATCATCATATGAGACACATGGCGGCGGCGGCGGTGGCTCTTTAAAGCCCAACTGCTTCTGCCTCCTTTCGGGTCGAACCCGGCTTAAAGTATCCCTATCACACGCCATTCTCTCCCCTTTCTCTTGAAATCAAACACACGGTTCCAGATTAAACTCGATCAATCCGAAGAAGCTATTCGACTACAAAGTCAACTTATCGTCGTCTTCCTCTATTCTAGTCAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1134 bp · TkA03G561560|TK1151|CDS

ATGGATGGTTCTCAAGGGGGTTCAAGTTCATCGCCTCCTTTCCTCATCAAAACATACGAAATGGTAGACGACCCTTTGACAGATCATATCGTTTCCTGGAGTCATACCGGAAGTAGTTTCGTCGTTTGGAATCCACCGGAATTTGCTAGCGAATTGCTTCCTAAATACTTCAAACACAACAATTTCTCCAGTTTCGTTCGACAACTCAATACATACGGTTTTAGAAAGATAGATCCCGACCAATGGGAGTTTGCAAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

377 aa · TkA03G561560|TK1151|PROTEIN

MDGSQGGSSSSPPFLIKTYEMVDDPLTDHIVSWSHTGSSFVVWNPPEFASELLPKYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKIDPDQWEFANDEFLKGQRHLLKNIHRRKPIHSHSTPPQGTSPATLSPSERQEYEDDIQKLKNETTSLRLLLQRHKQENQEHEQKFALLREQVQKIQLRHKKTISFLAQILEKPGFLETNSKKRRMLITTYLHDEANSDDNNGNPDSVPLLNKLESSLKFWMDLVNDIVKVSGEETYDFGILTQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G561560`
TK1151 ID	TkA03G561560
OH-1004 ID	LXL04_027419
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	39.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.347 / OH-1004 98.082 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G561560

位置 Chr03:142496569-142498595 (-)

描述 Similar to HSFA4A: Heat stress transcription factor A-4a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45710`	特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3' 的转录激活剂，称为热休克启动子元件 (HSE)。	暂无已核实直接文献
`At4g18880`	特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3' 的转录激活剂，称为热休克启动子元件 (HSE)。	暂无已核实直接文献
`At4g13980`	特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3' 的转录激活剂，称为热休克启动子元件 (HSE)。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0749300`	转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。	暂无已核实直接文献
`Os03g0854500`	转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027419 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0048530 fruit morphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G18880

ath:AT5G45710

dosa:Os01g0749300

dosa:Os10g0419300

sly:101263626

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901

排名 1 · TkA03G561560 · TK1151

细胞质0.190

排名 2 · TkA03G561560 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA03G561560 · TK1151

线粒体0.022

排名 4 · TkA03G561560 · TK1151

内质网0.015

排名 5 · TkA03G561560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00447HSF_DNA-bind14-103 aa

PF13476AAA_2347-171 aa

PF29363ENTR1120-181 aa

PF29075NOCA1_mid126-180 aa

PF00447HSF_DNA-bind166-198 aa

PF13476AAA_23234-285 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G561560	`PF00447`	HSF_DNA-bind	14	103	7.5e-31	107.3
TkA03G561560	`PF13476`	AAA_23	47	171	1.1	10.6
TkA03G561560	`PF29363`	ENTR1	120	181	0.003	18.0
TkA03G561560	`PF29075`	NOCA1_mid	126	180	0.027	15.1
TkA03G561560	`PF00447`	HSF_DNA-bind	166	198	7.5e-31	107.3
TkA03G561560	`PF13476`	AAA_23	234	285	1.1	10.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK72`	拟南芥	sp\|Q9FK72\|HFA4C_ARATH Heat stress transcription factor A-4c	42.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O49403`	拟南芥	sp\|O49403\|HFA4A_ARATH Heat stress transcription factor A-4a	41.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94BZ5`	拟南芥	sp\|Q94BZ5\|HSFA5_ARATH Heat stress transcription factor A-5	49.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94J16`	水稻	sp\|Q94J16\|HFA4B_ORYSJ Heat stress transcription factor A-4b	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84T61`	水稻	sp\|Q84T61\|HSFA1_ORYSJ Heat stress transcription factor A-1	49.000%	Swiss-Prot	中等置信

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