TkA03G561460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G561460

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142462215-142465735 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1833 bp · TkA03G561460|TK1151|cDNA

ATGGCTATGATTGGGATTGTACCTGAAGAACTAACAGAAGAAAACCATGAATTCTGGAAAGTATGCTTAAAGAGTTATCTAGTTGGCCAAGATCTATGGGATATTGTCTCGAAAGAAGCTACGGCCAATGAACAGGCGACACCAGAATGGCAAAGGAAGAATGCTCAGGCTATACATGCAATTCAGTTAGCATGTGGGTCACGTGTCTACTCCAAGTACAAGAAGAGTACACATTTGTCCGCAAAATTTGCTTGGGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1833 bp · TkA03G561460|TK1151|CDS

ATGGCTATGATTGGGATTGTACCTGAAGAACTAACAGAAGAAAACCATGAATTCTGGAAAGTATGCTTAAAGAGTTATCTAGTTGGCCAAGATCTATGGGATATTGTCTCGAAAGAAGCTACGGCCAATGAACAGGCGACACCAGAATGGCAAAGGAAGAATGCTCAGGCTATACATGCAATTCAGTTAGCATGTGGGTCACGTGTCTACTCCAAGTACAAGAAGAGTACACATTTGTCCGCAAAATTTGCTTGGGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

610 aa · TkA03G561460|TK1151|PROTEIN

MAMIGIVPEELTEENHEFWKVCLKSYLVGQDLWDIVSKEATANEQATPEWQRKNAQAIHAIQLACGSRVYSKYKKSTHLSAKFAWDHLAEMSPHTSHHTQVTLDHGASRVKEHFRYENLHHAVEDGHIELVKEILKNEPNAGRVIVTCHGDTALHLAILSGKIKIALELVKLMTSEDLEIANEFGATPLSLTAITESTKLARAMVQKNHKLVEIKKGNIDESSLPVIVASMYGRKKMVHYLYYKTPKELLDPTRGIEGAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G561460`
TK1151 ID	TkA03G561460
OH-1004 ID	LXL04_011037
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.836 / OH-1004 81.408 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G561460`
位置	Chr03:142462215-142465735 (+)
描述	Similar to ITN1: Ankyrin repeat-containing protein ITN1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011037` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G01680 ath:AT3G12360 dosa:Os01g0837000 hsa:283373 mmu:237615 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.813

排名 1 · TkA03G561460 · TK1151

细胞质0.120

排名 2 · TkA03G561460 · TK1151

内质网0.072

排名 3 · TkA03G561460 · TK1151

细胞核0.072

排名 4 · TkA03G561460 · TK1151

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · TkA03G561460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13961DUF421911-37 aa

PF14223Retrotran_gag_224-103 aa

PF12796Ank_2114-171 aa

PF13857Ank_5114-157 aa

PF13637Ank_4119-165 aa

PF00023Ank119-140 aa

PF13606Ank_3119-139 aa

PF00023Ank149-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G561460	`PF13961`	DUF4219	11	37	3.3e-08	33.8
TkA03G561460	`PF14223`	Retrotran_gag_2	24	103	2e-05	25.1
TkA03G561460	`PF12796`	Ank_2	114	171	1.1e-19	71.5
TkA03G561460	`PF13857`	Ank_5	114	157	0.0014	19.7
TkA03G561460	`PF13637`	Ank_4	119	165	1.1e-10	42.2
TkA03G561460	`PF00023`	Ank	119	140	5.3e-08	33.4
TkA03G561460	`PF13606`	Ank_3	119	139	3.6e-07	30.6
TkA03G561460	`PF00023`	Ank	149	170	5.3e-08	33.4
TkA03G561460	`PF13606`	Ank_3	149	171	3.6e-07	30.6
TkA03G561460	`PF13857`	Ank_5	150	190	0.0014	19.7
TkA03G561460	`PF12796`	Ank_2	168	244	1.1e-19	71.5
TkA03G561460	`PF00023`	Ank	185	206	5.3e-08	33.4
TkA03G561460	`PF13606`	Ank_3	185	206	3.6e-07	30.6
TkA03G561460	`PF00023`	Ank	226	242	5.3e-08	33.4
TkA03G561460	`PF13637`	Ank_4	228	277	1.1e-10	42.2
TkA03G561460	`PF13606`	Ank_3	228	241	3.6e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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