TkA03G555630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G555630

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140659210-140659632 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

423 bp · TkA03G555630|TK1151|cDNA

ATGAACAAATCAAGTGATTATGAACGCGTTTTCAATCACTTCGATAGAGACGGTAACGGCATGATCTCTCCATCAGAGCTGCAACGTTGTGTCGGATTGATCTGGGACGAAGAAATTTTACTCGAAGAAGTAGAAATCGTTGTGGAATCGTCACGGGGAAACAACGGAGAGTTAGGGTTTGAAGATTTTGTTAGTTTAATGGAAAGCGCACAGGAAGATGAGAAGGTTGAGGACCTGCGGAAAGCTTTCAGAATGTATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

423 bp · TkA03G555630|TK1151|CDS

ATGAACAAATCAAGTGATTATGAACGCGTTTTCAATCACTTCGATAGAGACGGTAACGGCATGATCTCTCCATCAGAGCTGCAACGTTGTGTCGGATTGATCTGGGACGAAGAAATTTTACTCGAAGAAGTAGAAATCGTTGTGGAATCGTCACGGGGAAACAACGGAGAGTTAGGGTTTGAAGATTTTGTTAGTTTAATGGAAAGCGCACAGGAAGATGAGAAGGTTGAGGACCTGCGGAAAGCTTTCAGAATGTATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

140 aa · TkA03G555630|TK1151|PROTEIN

MNKSSDYERVFNHFDRDGNGMISPSELQRCVGLIWDEEILLEEVEIVVESSRGNNGELGFEDFVSLMESAQEDEKVEDLRKAFRMYEMDGTNCITADSLNRMLNRLGESRSVDECAGMINRFDLNGDGVLNFDEFRAMMV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G555630`
TK1151 ID	TkA03G555630
OH-1004 ID	LXL04_010922
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G555630

位置 Chr03:140659210-140659632 (-)

描述 Similar to CML19: Putative calcium-binding protein CML19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50770`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g01830`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0955500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0955400`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0955100`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010922 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005102 signaling receptor binding 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76650

ath:AT3G01830

ath:AT5G42380

dosa:Os01g0955100

osa:107277351

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.620

排名 1 · TkA03G555630 · TK1151

细胞核0.414

排名 2 · TkA03G555630 · TK1151

细胞膜0.061

排名 3 · TkA03G555630 · TK1151

内质网0.053

排名 4 · TkA03G555630 · TK1151

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · TkA03G555630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23564EF-hand_FSTL15-32 aa

PF13833EF-hand_86-27 aa

PF21008AIF-16-68 aa

PF30624EF_SSP1206-43 aa

PF00036EF-hand_17-31 aa

PF13405EF-hand_67-31 aa

PF12763EH7-36 aa

PF13499EF-hand_78-67 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G555630	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	5	32	0.00017	22.7
TkA03G555630	`PF13833`	EF-hand_8	6	27	2.3e-15	56.8
TkA03G555630	`PF21008`	AIF-1	6	68	8.5e-07	30.0
TkA03G555630	`PF30624`	EF_SSP120	6	43	0.017	16.5
TkA03G555630	`PF00036`	EF-hand_1	7	31	2.6e-21	74.3
TkA03G555630	`PF13405`	EF-hand_6	7	31	5.2e-20	69.9
TkA03G555630	`PF12763`	EH	7	36	0.12	13.1
TkA03G555630	`PF13499`	EF-hand_7	8	67	1.5e-21	77.2
TkA03G555630	`PF22592`	FCaBP_EF-hand	9	49	0.15	13.1
TkA03G555630	`PF13202`	EF-hand_5	10	31	6.6e-14	51.4
TkA03G555630	`PF05042`	Caleosin	11	29	0.037	14.7
TkA03G555630	`PF29176`	Allatotropin-like_C	15	29	0.00015	22.0
TkA03G555630	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	49	69	0.00017	22.7
TkA03G555630	`PF13405`	EF-hand_6	53	69	5.2e-20	69.9
TkA03G555630	`PF00036`	EF-hand_1	54	69	2.6e-21	74.3
TkA03G555630	`PF13833`	EF-hand_8	54	68	2.3e-15	56.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L3R2`	拟南芥	sp\|Q8L3R2\|CML41_ARATH Probable calcium-binding protein CML41	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SGI8`	拟南芥	sp\|Q9SGI8\|CML40_ARATH Probable calcium-binding protein CML40	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RYJ8`	水稻	sp\|Q8RYJ8\|CML19_ORYSJ Putative calcium-binding protein CML19	44.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RYJ9`	水稻	sp\|Q8RYJ9\|CML23_ORYSJ Putative calcium-binding protein CML23	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RYK0`	水稻	sp\|Q8RYK0\|CML31_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML31	45.200%	Swiss-Prot	中等置信

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