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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G542500
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 136774114-136778390 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1283 bp · TkA03G542500|TK1151|cDNA

GTAGTTTACCTTTTTTTTTTGTTTTCTTTACTTGATCGTACATCATGTGTTGAAACTTGTAAATAATGCCTTACAACTTGTTCATTAAGATTGAATTTTCCTAGTCTAGAAAAAGGTGTTTAGCAGGGGTGAGTTCATATTGCAATCTCTTTCTTTTTAAAGACTTGAAGAGAGTAACCAATCAATCAACTCCAACATACCTATGTAAATAGCCATTTTAAGGCCTACCACTCCACCCCCAATCACTCTCTACTTTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · TkA03G542500|TK1151|CDS

ATGGTGAGAGGAAAGACCCAGATGAGGAGGATAGAGAACGCTACAAGTAGGCAAGTGACTTTCTCCAAAAGGAGAAATGGTCTATTGAAGAAAGCTTTTGAGCTTTCTGTGCTTTGTGATGCTGAAGTTGCTTTGATTATCTTCTCTCCAAGAGGCAAGCTCTGTGAATTTGCAAGCTCAAGCATGGAGGAAACCATTGAACGTTATAGGAATCACTCAAAAGAAGTTCAAACCGATAATTCTTCAAGTGTAGAAGATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

219 aa · TkA03G542500|TK1151|PROTEIN

MVRGKTQMRRIENATSRQVTFSKRRNGLLKKAFELSVLCDAEVALIIFSPRGKLCEFASSSMEETIERYRNHSKEVQTDNSSSVEDAQWQHLKHETASMAKKIEDLEIAKRKLLGEGLGSSTIDELQELEQQLERSVSIIRARKMQVYNEQIEELKAKERFLASQNAMLVSKCLVLQTNGKLDEQRAMLQITECVESSDVETDLFIGLPEKRMNKERQK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G542500
TK1151 IDTkA03G542500
OH-1004 IDLXL04_010673
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G542500
位置Chr03:136774114-136778390 (-)
描述Similar to SOC1: MADS-box protein SOC1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g45660 可能参与开花时间及花发育的转录调控。
The AGAMOUS-LIKE 20 MADS domain protein integrates floral inductive pathways in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1101/gad.813600
Direct interaction of AGL24 and SOC1 integrates flowering signals in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1242/dev.020255
The Arabidopsis floral meristem identity genes AP1, AGL24 and SVP directly repress class B and C floral homeotic genes.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03985.x
At4g22950 可能的转录因子，以 FLC 独立的方式促进开花，特别是对短时间寒冷的春化反应。
Polycomb-group proteins repress the floral activator AGL19 in the FLC-independent vernalization pathway.2006 · DOI: 10.1101/gad.377206
At4g11880 转录激活剂，通过控制根尖分生组织的大小和图案来调节根发育。
The MADS transcription factor XAL2/AGL14 modulates auxin transport during Arabidopsis root development by regulating PIN expression.2013 · DOI: 10.1038/emboj.2013.216
At5g62165 MADS盒转录因子，与 AGL71 和 AGL72 一起调控开花时间。
The Arabidopsis SOC1-like genes AGL42, AGL71 and AGL72 promote flowering in the shoot apical and axillary meristems.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04653.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os10g0536100 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010673 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009838 abscission 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程
GO:0010048 vernalization response 生物过程
GO:0010076 maintenance of floral meristem identity 生物过程
GO:0010077 maintenance of inflorescence meristem identity 生物过程
GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G45660
ath:AT4G11880
ath:AT4G22950
ath:AT5G62165
dosa:Os03g0122600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.969
排名 1 · TkA03G542500 · TK1151
细胞质0.093
排名 2 · TkA03G542500 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA03G542500 · TK1151
内质网0.012
排名 4 · TkA03G542500 · TK1151
质体0.010
排名 5 · TkA03G542500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319SRF-TF10-57 aa
PF21718KH_DTX3L41-97 aa
PF01486K-box62-81 aa
PF24217DUF743662-142 aa
PF01486K-box85-172 aa
PF21718KH_DTX3L122-160 aa
PF09358E1_UFD126-200 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G542500PF00319SRF-TF10573.1e-2691.3
TkA03G542500PF21718KH_DTX3L41970.0116.4
TkA03G542500PF01486K-box62819.3e-2587.3
TkA03G542500PF24217DUF7436621420.1312.9
TkA03G542500PF01486K-box851729.3e-2587.3
TkA03G542500PF21718KH_DTX3L1221600.0116.4
TkA03G542500PF09358E1_UFD1262000.09514.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O64645拟南芥sp|O64645|SOC1_ARATH MADS-box protein SOC161.800%Swiss-Prot高置信
O82743拟南芥sp|O82743|AGL19_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL1956.600%Swiss-Prot高置信
Q38838拟南芥sp|Q38838|AGL14_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL1456.300%Swiss-Prot高置信
Q9FIS1拟南芥sp|Q9FIS1|AGL42_ARATH MADS-box protein AGL4254.300%Swiss-Prot高置信
P0C5B2水稻sp|P0C5B2|MAD56_ORYSJ MADS-box transcription factor 5648.200%Swiss-Prot中等置信

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