TkA03G537700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G537700

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 135368732-135373964 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1115 bp · TkA03G537700|TK1151|cDNA

TAAAAGATAAAAACTTTATTAGAGATTTCCTTATCTTAAAAGGAGAGAACCATAATACTTTTGTAGCACACAATAAAAAATCGAAAAGAGGATGCCTAAATGGCAACATCAAAGCGTAAATTAGACATTTCAGGTATATATATATATATATATGGTCCTCATGTTCACGGAATCCAAATATTCCTCCGTTTGGTCTCTTCTCTAGATCTTCGACGTCAATATCAAGTCGCCATGAACGACGGACTAATCGAGCTCATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

618 bp · TkA03G537700|TK1151|CDS

ATGGCAACATCAAAGCGTAAATTAGACATTTCAGGTATATATATATATATATATGGTCCTCATGTTCACGGAATCCAAATATTCCTCCGTTTGGTCTCTTCTCTAGATCTTCGACGTCAATATCAAGTCGCCATGAACGACGGACTAATCGAGCTCATTATCTCCAAATTATCCAGCACCGTCGTCTTAATTCTCACCAACAAGTCCAATATATTTGTCACCGTCGTCGCCGTTCACATCCTCCGCCGCATTCTCAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

205 aa · TkA03G537700|TK1151|PROTEIN

MATSKRKLDISGIYIYIYGPHVHGIQIFLRLVSSLDLRRQYQVAMNDGLIELIISKLSSTVVLILTNKSNIFVTVVAVHILRRILKTIYHRHQFPIFTAKHNKYTNTSTKPLYCAVCLHDVDGGQRYRRLPKCRHCFHVNCIDPWLESRSTCPLCRNEIPIHLLPRKEEKEPGFLYLFFYFSMKAIRRRIESNFNKMMLFEATAL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G537700`
TK1151 ID	TkA03G537700
OH-1004 ID	LXL04_010623
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 83.415 / OH-1004 43.959 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G537700

位置 Chr03:135368732-135373964 (+)

描述 Similar to ATL46: RING-H2 finger protein ATL46

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g40070`	RING-H2指蛋白ATL32。	暂无已核实直接文献
`At1g53820`	RING-H2指蛋白ATL60。	暂无已核实直接文献
`At2g20030`	推测的RING-H2指蛋白ATL12。	暂无已核实直接文献
`At1g72310`	RING-H2锌指蛋白ATL3。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23980

ath:AT1G53820

ath:AT3G16720

ath:AT4G40070

ath:AT5G40250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.337

排名 1 · TkA03G537700 · TK1151

细胞核0.238

排名 2 · TkA03G537700 · TK1151

细胞质0.208

排名 3 · TkA03G537700 · TK1151

细胞膜0.153

排名 4 · TkA03G537700 · TK1151

高尔基体0.147

排名 5 · TkA03G537700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17120zf-RING_1668-81 aa

PF04641Rtf2100-169 aa

PF29721TMEM129_C102-161 aa

PF23413zf_RING_Vps8_fungal112-117 aa

PF13923zf-C3HC4_2113-155 aa

PF13920zf-C3HC4_3113-159 aa

PF17120zf-RING_16113-153 aa

PF23145Zf_2nd_IFT121113-120 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G537700	`PF17120`	zf-RING_16	68	81	0.2	12.0
TkA03G537700	`PF04641`	Rtf2	100	169	0.076	13.1
TkA03G537700	`PF29721`	TMEM129_C	102	161	0.37	11.8
TkA03G537700	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	112	117	0.045	13.8
TkA03G537700	`PF13923`	zf-C3HC4_2	113	155	3.5e-06	27.4
TkA03G537700	`PF13920`	zf-C3HC4_3	113	159	0.1	13.1
TkA03G537700	`PF17120`	zf-RING_16	113	153	0.2	12.0
TkA03G537700	`PF23145`	Zf_2nd_IFT121	113	120	0.58	10.6
TkA03G537700	`PF26037`	zf-RING_DCST1_C	113	157	4.4	8.1
TkA03G537700	`PF13639`	zf-RING_2	114	156	8.3e-13	49.1
TkA03G537700	`PF17123`	zf-RING_11	114	142	3e-08	33.9
TkA03G537700	`PF00097`	zf-C3HC4	114	155	2.7e-05	24.6
TkA03G537700	`PF14634`	zf-RING_5	114	156	0.013	16.2
TkA03G537700	`PF13445`	zf-RING_UBOX	114	153	0.017	15.8
TkA03G537700	`PF14447`	Prok-RING_4	114	127	0.65	10.6
TkA03G537700	`PF12861`	zf-ANAPC11	130	159	1.1e-05	26.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W571`	拟南芥	sp\|Q8W571\|ATL32_ARATH RING-H2 finger protein ATL32	42.400%	Swiss-Prot	低置信
`P0C035`	拟南芥	sp\|P0C035\|ATL60_ARATH RING-H2 finger protein ATL60	60.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SL78`	拟南芥	sp\|Q9SL78\|ATL12_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL12	56.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9XF63`	拟南芥	sp\|Q9XF63\|ATL3_ARATH RING-H2 finger protein ATL3	54.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GW38`	拟南芥	sp\|Q8GW38\|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL47	39.800%	Swiss-Prot	低置信

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