TkA03G512060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G512060

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 128443756-128445018 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1179 bp · TkA03G512060|TK1151|cDNA

ATGAAACGAACTGCAATGGAATTCAACACCAGAAACAAGAAGAAATCTGTTTTTTTCGCTTTCATCTCTGTCGTGTTCCTTTTCTTGTTATCATTCAATGGCGCTTCCATTTTCTCCGTCAAGATTCCTTCACTGGATCGCAGTACCGCCAACTCGCCGCCAAAAGTTGGCCGATATTCAAAAGAAACACCATCTGAAATTTCAATTTCAATTCCACATCTGAAACTACAAGCAAACTCAAAAGAAACAGAAGTTACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1179 bp · TkA03G512060|TK1151|CDS

ATGAAACGAACTGCAATGGAATTCAACACCAGAAACAAGAAGAAATCTGTTTTTTTCGCTTTCATCTCTGTCGTGTTCCTTTTCTTGTTATCATTCAATGGCGCTTCCATTTTCTCCGTCAAGATTCCTTCACTGGATCGCAGTACCGCCAACTCGCCGCCAAAAGTTGGCCGATATTCAAAAGAAACACCATCTGAAATTTCAATTTCAATTCCACATCTGAAACTACAAGCAAACTCAAAAGAAACAGAAGTTACCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

392 aa · TkA03G512060|TK1151|PROTEIN

MKRTAMEFNTRNKKKSVFFAFISVVFLFLLSFNGASIFSVKIPSLDRSTANSPPKVGRYSKETPSEISISIPHLKLQANSKETEVTGAGHPVQVNPHTRLPHVRKSHSFTIESEDSSSTRNKKLLKMLTAFGSSRGRRGIDFPARVKEFFSKRNDSGSCKVRFFMTWIAPVNAFNERTFHSIESIFKTHPNGCLLIVSNSLDSIKGRQILKPFSEKGFRVTAISPDFDYLFKSTMAESWFSRLIRGHVHSGEIPLGQNIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G512060`
TK1151 ID	TkA03G512060
OH-1004 ID	LXL04_010212
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.714 / OH-1004 74.505 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G512060

位置 Chr03:128443756-128445018 (-)

描述 Similar to At4g19900: Uncharacterized protein At4g19900

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g19900`	未表征蛋白质 At4g19900。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010212 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001576 globoside biosynthetic process 生物过程

GO:0006688 glycosphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008378 galactosyltransferase activity 分子功能

GO:0015643 toxic substance binding 分子功能

GO:0050512 lactosylceramide 4-alpha-galactosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G19900

hsa:53947

mmu:239559

rno:63888

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.718

排名 1 · TkA03G512060 · TK1151

内质网0.100

排名 2 · TkA03G512060 · TK1151

细胞膜0.079

排名 3 · TkA03G512060 · TK1151

细胞外0.073

排名 4 · TkA03G512060 · TK1151

细胞质0.067

排名 5 · TkA03G512060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07962Swi3107-129 aa

PF04488Gly_transf_sug177-296 aa

PF05704Caps_synth245-333 aa

PF12919TcdA_TcdB260-282 aa

PF07962Swi3350-386 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G512060	`PF07962`	Swi3	107	129	0.11	13.1
TkA03G512060	`PF04488`	Gly_transf_sug	177	296	1.5e-19	71.2
TkA03G512060	`PF05704`	Caps_synth	245	333	3.7e-05	24.0
TkA03G512060	`PF12919`	TcdA_TcdB	260	282	0.04	13.9
TkA03G512060	`PF07962`	Swi3	350	386	0.11	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C8Q4`	拟南芥	sp\|P0C8Q4\|Y4990_ARATH Uncharacterized protein At4g19900	33.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情