TkA03G496160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G496160

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 124550215-124552160 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1659 bp · TkA03G496160|TK1151|cDNA

TTTCCATACTGAAAACAACCTGCTCCAGATTATGCAGAACAGCAAGCTCTTGATCAAAGCACTCTCCAGTAACACAACAAAGACCACCCAAAACTGGAGATCCCAAATAAATCAATCCAATTTAATTTCTCAAATCTCATCTATCCTTTTACAAAGACACAATTGGCCTTCACTTCTCCAAACCCTAAATCTCAAATCGAAATTGACCCCACCACTCTTCCTTCAAATCCTCAACACAACAAAAACCCAACCTCAAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1101 bp · TkA03G496160|TK1151|CDS

ATGATTAGACATGGGGTTTTAATTGATGGGTTTACATGGCGTATACTTGCCAAGATTTTTGGAAAACAAGGAAAGGTTGATGCGATGCTTAGAATTATCAAAATGGGTGTGCACGATCCATTGATATATAATTTAGTGATTGAATGTAGCAGTGAGATGGGAATGTTTGAAGTCGCACTCCACATGTTCGATGAAATGTCCAAGAGAAAACTCAATCCTGGATTCAACACCTATCTTTCAATTCTCAATGGTGCTTGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

366 aa · TkA03G496160|TK1151|PROTEIN

MIRHGVLIDGFTWRILAKIFGKQGKVDAMLRIIKMGVHDPLIYNLVIECSSEMGMFEVALHMFDEMSKRKLNPGFNTYLSILNGACKHKNEKVIKFAMESITEKGHIPQRLIKHDSVIQNLCNMRKTYAAEMFFKTACDLQNSLENKTYGFMLQALSIEGRVKDAIETHQVIENRGIQVNPIFYNEFVDIICNEYPSKELSSILIDMISKGHKPSPMALSKYIISQCKKHKWNEAKELANLAFQESIFLEASCCGFLVKH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G496160`
TK1151 ID	TkA03G496160
OH-1004 ID	LXL04_010084
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 62.779 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G496160`
位置	Chr03:124550215-124552160 (-)
描述	Similar to At4g21170: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21170
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010084` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0009536 plastid 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G32630 ath:AT4G21170 ath:AT5G01110 ath:AT5G61990 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.840

排名 1 · TkA03G496160 · TK1151

质体0.064

排名 2 · TkA03G496160 · TK1151

细胞核0.053

排名 3 · TkA03G496160 · TK1151

细胞质0.029

排名 4 · TkA03G496160 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA03G496160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-18 aa

PF13812PPR_32-34 aa

PF12854PPR_15-27 aa

PF13041PPR_211-32 aa

PF01535PPR11-34 aa

PF12854PPR_141-67 aa

PF30722DUF870441-77 aa

PF13041PPR_242-87 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G496160	`PF13041`	PPR_2	1	18	1.3e-31	109.2
TkA03G496160	`PF13812`	PPR_3	2	34	7.4e-11	42.7
TkA03G496160	`PF12854`	PPR_1	5	27	2.5e-16	59.8
TkA03G496160	`PF13041`	PPR_2	11	32	1.3e-31	109.2
TkA03G496160	`PF01535`	PPR	11	34	2e-22	78.5
TkA03G496160	`PF12854`	PPR_1	41	67	2.5e-16	59.8
TkA03G496160	`PF30722`	DUF8704	41	77	0.015	16.2
TkA03G496160	`PF13041`	PPR_2	42	87	1.3e-31	109.2
TkA03G496160	`PF01535`	PPR	42	70	2e-22	78.5
TkA03G496160	`PF23276`	TPR_24	42	102	1.9e-09	38.3
TkA03G496160	`PF29070`	MSC6_N	44	91	0.0029	17.5
TkA03G496160	`PF25245`	TPR_At1g68980	44	70	0.33	11.7
TkA03G496160	`PF17177`	PPR_long	57	101	4.1e-05	23.8
TkA03G496160	`PF16213`	DCB	58	120	0.019	15.4
TkA03G496160	`PF22330`	Rib_mS39_PPR	58	89	0.032	14.7
TkA03G496160	`PF13812`	PPR_3	62	108	7.4e-11	42.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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