TkA03G485630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G485630

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 121521434-121524237 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

834 bp · TkA03G485630|TK1151|cDNA

CACTATTGTCATAGTCGCTTTTATATAAGGGATTCAACAACCGGACATGAAGCTTAAGCTCCCCGAAATCACAAACAACAACAACAACAACACATCCACAGACGACAACGAATGCACAGTGAGAGAACAAGACCGTTTCATGCCAATAGCAAATGTGATCCGAATCATGCGAAAAATCCTCCCTCCACACGCCAAAATCTCTGATGATGCCAAAGAAACAATCCAAGAATGTGTCTCCGAATACATAAGCTTTGTCACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

825 bp · TkA03G485630|TK1151|CDS

ATGTGCCTTCATGCCACGTGTCTTCATCTTTCCCACCACCCCACCATCGTCTTAATTCTCCATTTGCCTAAGAAAACGAACATACACACTCTCTCTCTTCTCTCTCTTTCTATCCGGCTTCTATTTTCAAATTGTAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGCTTCCTAGAGAGAGAAAGGAGATGGAACGTGGAGGAGGTTTCCATGGCTACCACAGGCTCCCCATCCACCCTACATCTGGGATTCAACAACCGGACATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

274 aa · TkA03G485630|TK1151|PROTEIN

MCLHATCLHLSHHPTIVLILHLPKKTNIHTLSLLSLSIRLLFSNCRERERERELPRERKEMERGGGFHGYHRLPIHPTSGIQQPDMKLKLPEITNNNNNNTSTDDNECTVREQDRFMPIANVIRIMRKILPPHAKISDDAKETIQECVSEYISFVTGEANDRCQREQRKTITAEDVLWAMSKLGFDDYIEPLTVYLHRYREFDGGERGSIRGEPLVKRSADHGAFGMGAYVHGFHHNGFFGPASIGGFFKDPAGGAAAGP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G485630`
TK1151 ID	TkA03G485630
OH-1004 ID	LXL04_009961
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G485630

位置 Chr03:121521434-121524237 (-)

描述 Similar to NFYB6: Nuclear transcription factor Y subunit B-6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47670`	NF-Y/HAP转录因子复合物的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At1g21970`	NF-Y/HAP转录因子复合物的组成部分。	Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 represents a functionally specialized subunit of the CCAAT binding transcription factor.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0437909100 LEAFY COTYLEDON1 controls seed storage protein genes through its regulation of FUSCA3 and ABSCISIC ACID INSENSITIVE3.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci048 Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 is sufficient to induce embryo development in vegetative cells.1998 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)81463-4
`At4g14540`	NF-Y/HAP 转录因子复合物的组分（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g38880`	NF-Y/HAP 转录因子复合物的组分（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045723 positive regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21970

ath:AT2G38880

ath:AT4G14540

ath:AT5G47670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · TkA03G485630 · TK1151

细胞质0.123

排名 2 · TkA03G485630 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA03G485630 · TK1151

内质网0.019

排名 4 · TkA03G485630 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA03G485630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00125Histone104-180 aa

PF00808CBFD_NFYB_HMF116-180 aa

PF15511CENP-T_C116-180 aa

PF02269TFIID-18kDa140-182 aa

PF07524Bromo_TP141-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G485630	`PF00125`	Histone	104	180	2.6e-06	28.5
TkA03G485630	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	116	180	1e-25	90.5
TkA03G485630	`PF15511`	CENP-T_C	116	180	0.088	13.6
TkA03G485630	`PF02269`	TFIID-18kDa	140	182	0.004	17.9
TkA03G485630	`PF07524`	Bromo_TP	141	186	0.05	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84W66`	拟南芥	sp\|Q84W66\|NFYB6_ARATH Nuclear transcription factor Y subunit B-6	59.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SFD8`	拟南芥	sp\|Q9SFD8\|NFYB9_ARATH Nuclear transcription factor Y subunit B-9	70.500%	Swiss-Prot	中等置信
`O23310`	拟南芥	sp\|O23310\|NFYB3_ARATH Nuclear transcription factor Y subunit B-3	68.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SLG0`	拟南芥	sp\|Q9SLG0\|NFYB1_ARATH Nuclear transcription factor Y subunit B-1	57.600%	Swiss-Prot	中等置信

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