TkA03G430270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G430270

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 107066605-107068246 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1174 bp · TkA03G430270|TK1151|cDNA

TGCAAATGTGAAAATTCAAACAAAAGAAAAAGAAGGATCAGATGTTAGGAAGAAGGGTTCCGCCGTTCACTTCGTCGGTCACAGGAGCGCCACTCTACACATTTATCATCGAGTTTGTCAACCGAAGATCGTGAAATGGCGTCGCTAGCACGGTTATCAAGAAAAGCCCTAACTTCCTCACTCAGCTCCCACCGTCACCTACTCAGCCGCGCTCTCGCCACCGAATCGGCGGTGAAGGTAGCCCAATCATCACCTCCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

774 bp · TkA03G430270|TK1151|CDS

ATGGCGTCGCTAGCACGGTTATCAAGAAAAGCCCTAACTTCCTCACTCAGCTCCCACCGTCACCTACTCAGCCGCGCTCTCGCCACCGAATCGGCGGTGAAGGTAGCCCAATCATCACCTCCGCCGGCACAAAGCATAACTGAATGTGCGGATCGAGTGAAGTGGGACTACAGAGGGCAGAGGCAAATCATTCCCTTAGGTCAGTGGCTTCCGAAGATCGCTGTCGATGCTTATGTTGCCCCCAACGTTGTATTGGCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

257 aa · TkA03G430270|TK1151|PROTEIN

MASLARLSRKALTSSLSSHRHLLSRALATESAVKVAQSSPPPAQSITECADRVKWDYRGQRQIIPLGQWLPKIAVDAYVAPNVVLAGQVNVLDGSSVWNGAVLRGDLNKITVGFCSNVQEKCVVHAAWSSPTGLPAETMIERFVTVGAYCLLRSCTIEPECIIGQHSILMEGSLVETHSILEAGSVVPPGRRIPSGELWSGNPAKFVRKLTHEETLEIPKLAVAINDLSKEYFNEFLPYSTVYLEVEKLVKSHGITI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G430270`
TK1151 ID	TkA03G430270
OH-1004 ID	LXL04_030482
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	37.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 64.202 / OH-1004 67.901 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G430270

位置 Chr03:107066605-107068246 (-)

描述 Similar to GAMMACA1: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48680`	参与线粒体复合物I的组装和呼吸。	暂无已核实直接文献
`At5g63510`	参与线粒体复合物I的组装和呼吸。	暂无已核实直接文献
`At5g66510`	参与H(2)CO(3)分解代谢的酶，但不介导二氧化碳的可逆水化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g19580`	参与H(2)CO(3)分解代谢的酶，但不介导二氧化碳的可逆水化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g47260`	可能参与碳酸分解，但不介导二氧化碳的可逆水合。	Disruption of a nuclear gene encoding a mitochondrial gamma carbonic anhydrase reduces complex I and supercomplex I + III2 levels and alters mitochondrial physiology in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.062 Recombinant plant gamma carbonic anhydrase homotrimers bind inorganic carbon.2009 · DOI: 10.1016/j.febslet.2009.09.055

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030482 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0070207 protein homotrimerization 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19580

ath:AT1G47260

ath:AT5G63510

ath:AT5G66510

ddi:DDB_G0288155

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.939

排名 1 · TkA03G430270 · TK1151

细胞质0.074

排名 2 · TkA03G430270 · TK1151

细胞核0.063

排名 3 · TkA03G430270 · TK1151

细胞膜0.029

排名 4 · TkA03G430270 · TK1151

质体0.020

排名 5 · TkA03G430270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16524RisS_PPD1-38 aa

PF25087GMPPB_C72-105 aa

PF00132Hexapep76-105 aa

PF21711DCTN579-241 aa

PF25084LbH_EIF2B83-103 aa

PF25084LbH_EIF2B111-189 aa

PF25087GMPPB_C137-181 aa

PF00132Hexapep138-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G430270	`PF16524`	RisS_PPD	1	38	0.27	12.4
TkA03G430270	`PF25087`	GMPPB_C	72	105	8.3e-05	23.0
TkA03G430270	`PF00132`	Hexapep	76	105	2e-09	37.4
TkA03G430270	`PF21711`	DCTN5	79	241	8.3e-07	29.6
TkA03G430270	`PF25084`	LbH_EIF2B	83	103	0.00095	19.9
TkA03G430270	`PF25084`	LbH_EIF2B	111	189	0.00095	19.9
TkA03G430270	`PF25087`	GMPPB_C	137	181	8.3e-05	23.0
TkA03G430270	`PF00132`	Hexapep	138	155	2e-09	37.4
TkA03G430270	`PF00132`	Hexapep	155	187	2e-09	37.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMN1`	拟南芥	sp\|Q9SMN1\|GCAL2_ARATH Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial	74.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FMV1`	拟南芥	sp\|Q9FMV1\|GCAL1_ARATH Gamma carbonic anhydrase-like 1, mitochondrial	74.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q94AU7`	拟南芥	sp\|Q94AU7\|GCA3_ARATH Gamma carbonic anhydrase 3, mitochondrial	51.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FWR5`	拟南芥	sp\|Q9FWR5\|GCA1_ARATH Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial	34.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C6B3`	拟南芥	sp\|Q9C6B3\|GCA2_ARATH Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial	31.400%	Swiss-Prot	中等置信

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