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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G396930
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 98632271-98637086 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1386 bp · TkA03G396930|TK1151|cDNA

ATGGAAGGTGTTGAAGTAACGGCGATACAATCAATCCGTGGTCTTGAAGTAACGGCTATACCATCAACAGGAGATAGGACATCGGAGGATTTCATGGAAGATAATCATCCGATTTCATGGAAGGGGAAGTATAACCGGGATACAATCAATTCAGAGGATACGAGAATGAGCAATGGAACTGGAACTGAGACAACAAGCATCAAACACCAGAGGCGGTGCTCAGCTCCGGTTGTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTACCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1386 bp · TkA03G396930|TK1151|CDS

ATGGAAGGTGTTGAAGTAACGGCGATACAATCAATCCGTGGTCTTGAAGTAACGGCTATACCATCAACAGGAGATAGGACATCGGAGGATTTCATGGAAGATAATCATCCGATTTCATGGAAGGGGAAGTATAACCGGGATACAATCAATTCAGAGGATACGAGAATGAGCAATGGAACTGGAACTGAGACAACAAGCATCAAACACCAGAGGCGGTGCTCAGCTCCGGTTGTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTACCGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

461 aa · TkA03G396930|TK1151|PROTEIN

MEGVEVTAIQSIRGLEVTAIPSTGDRTSEDFMEDNHPISWKGKYNRDTINSEDTRMSNGTGTETTSIKHQRRCSAPVVAVVVVVVPLMSMSVAAGADDIHLSVQNPLSRIHVQHPHQQISFCNPPVSNQNLPMFMIPPRQTIKSEVVNTHTIPQGVIKTEEVYGPSFGLLPYSIAKRNKKLKASKLRNQEPNPDSGENLVAACRYDSSLGLLTKKFVNLIHADKDGILDLNKAAVVLEVQKRRIYDITNVLEGIGLVEKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G396930
TK1151 IDTkA03G396930
OH-1004 IDLXL04_009082
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G396930
位置Chr03:98632271-98637086 (+)
描述Similar to E2FC: Transcription factor E2FC
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g47870 参与转录抑制。
The E2F family of transcription factors from Arabidopsis thaliana. Novel and conserved components of the retinoblastoma/E2F pathway in plants.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m110616200
Interaction of the Arabidopsis E2F and DP proteins confers their concomitant nuclear translocation and transactivation.2002 · DOI: 10.1104/pp.010642
Arabidopsis E2Fc functions in cell division and is degraded by the ubiquitin-SCF(AtSKP2) pathway in response to light.2002 · DOI: 10.1105/tpc.006791
The balance between cell division and endoreplication depends on E2FC-DPB, transcription factors regulated by the ubiquitin-SCFSKP2A pathway in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039651
Dissecting regulatory pathways of G1/S control in Arabidopsis: common and distinct targets of CYCD3;1, E2Fa and E2Fc.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9527-5
At5g22220 可能结合靶基因启动子，调控细胞周期及 DNA 复制相关基因的转录。
Arabidopsis E2F1 binds a sequence present in the promoter of S-phase-regulated gene AtCDC6 and is a member of a multigene family with differential activities.2001 · DOI: 10.1023/a:1011848528377
The E2F family of transcription factors from Arabidopsis thaliana. Novel and conserved components of the retinoblastoma/E2F pathway in plants.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m110616200
Interaction of the Arabidopsis E2F and DP proteins confers their concomitant nuclear translocation and transactivation.2002 · DOI: 10.1104/pp.010642
The role of the Arabidopsis E2FB transcription factor in regulating auxin-dependent cell division.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033761
Interplay between Arabidopsis activating factors E2Fb and E2Fa in cell cycle progression and development.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077990
At2g36010 转录激活剂，通过 E2 识别位点 5'-TTTC[CG]CGC-3' 与 DP 蛋白协同结合 DNA，该位点存在于许多基因的启动子区域，其产物涉及细胞周期调节或 DNA 复制。
Arabidopsis E2F1 binds a sequence present in the promoter of S-phase-regulated gene AtCDC6 and is a member of a multigene family with differential activities.2001 · DOI: 10.1023/a:1011848528377
The E2F family of transcription factors from Arabidopsis thaliana. Novel and conserved components of the retinoblastoma/E2F pathway in plants.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m110616200
Control of proliferation, endoreduplication and differentiation by the Arabidopsis E2Fa-DPa transcription factor.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.6.1360
Interaction of the Arabidopsis E2F and DP proteins confers their concomitant nuclear translocation and transactivation.2002 · DOI: 10.1104/pp.010642
Constitutive E2F expression in tobacco plants exhibits altered cell cycle control and morphological change in a cell type-specific manner.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.025080
The plant-specific cyclin-dependent kinase CDKB1;1 and transcription factor E2Fa-DPa control the balance of mitotically dividing and endoreduplicating cells in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024398
Interplay between Arabidopsis activating factors E2Fb and E2Fa in cell cycle progression and development.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.077990
Dissecting regulatory pathways of G1/S control in Arabidopsis: common and distinct targets of CYCD3;1, E2Fa and E2Fc.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9527-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009082 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程
GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程
GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程
GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G47870
ath:AT2G36010
ath:AT5G22220
mmu:13557
mmu:242705
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.926
排名 1 · TkA03G396930 · TK1151
细胞质0.186
排名 2 · TkA03G396930 · TK1151
细胞膜0.021
排名 3 · TkA03G396930 · TK1151
线粒体0.020
排名 4 · TkA03G396930 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA03G396930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02319WHD_E2F_TDP206-268 aa
PF01978TrmB236-263 aa
PF01920Prefoldin_2247-314 aa
PF10779XhlA250-265 aa
PF23203KIF21A264-318 aa
PF06698DUF1192271-297 aa
PF25450Rab11-FIP3276-314 aa
PF28968PMD1-like276-317 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G396930PF02319WHD_E2F_TDP2062683.6e-2691.4
TkA03G396930PF01978TrmB2362630.1612.5
TkA03G396930PF01920Prefoldin_22473140.1812.5
TkA03G396930PF10779XhlA2502652.29.3
TkA03G396930PF23203KIF21A2643180.04414.3
TkA03G396930PF06698DUF11922712970.03115.1
TkA03G396930PF25450Rab11-FIP32763140.006717.4
TkA03G396930PF28968PMD1-like2763170.03814.2
TkA03G396930PF10018Med42773140.1612.4
TkA03G396930PF10779XhlA2783152.29.3
TkA03G396930PF13747DUF41642793270.1713.1
TkA03G396930PF16421E2F_CC-MB2853859.4e-2793.7
TkA03G396930PF10157BORCS62973120.03614.9
TkA03G396930PF06698DUF11923743860.03115.1
TkA03G396930PF10157BORCS63774280.03614.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FV70拟南芥sp|Q9FV70|E2FC_ARATH Transcription factor E2FC45.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FV71拟南芥sp|Q9FV71|E2FB_ARATH Transcription factor E2FB44.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FNY0拟南芥sp|Q9FNY0|E2FA_ARATH Transcription factor E2FA47.000%Swiss-Prot中等置信

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