TkA03G396650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G396650

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 98582212-98584392 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1198 bp · TkA03G396650|TK1151|cDNA

ATGCGAGTATGCGACTCACTTCTTCAAACTCAACCCCACTTGCTTCTCCCTTCTTCACTCGAGTCCCAATCCATTGAATACACCGAAAATATCAAAGATTTCTTCGCCGGAATCATGGACTCCGGTAAGAACATTAACCTATCCAGCAAAAGAAAAAAACTCCTCTTATCTACTTTTGCAGCAATCCTACTAGTCTCGGCTCTAATTGGCATTGTCGCCGGAGTAAAATCTCGCAAATCCAACACAGAAAACCTCACCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

741 bp · TkA03G396650|TK1151|CDS

ATGACCAAAAAGGTCAAAACTCAAAAAGACGTCATCGAGCTTGCTGTTAATATCACAACAACTGCCGTAGAGCACAGCTACTTCCAGATAAAGAAACTCACCACTCGCAAAAGCCTAACCCATCGCCAGATGACGGCGCTTCACGACTGCCTGGAAATGGTGTCGGAGACATTGGACGATCTCCACGATGTCATCAAAGACCTCGAACAATATCAAACCAAGAAATCGCTCCGGCAGCATGCCGACGACCTCAAGACGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

246 aa · TkA03G396650|TK1151|PROTEIN

MTKKVKTQKDVIELAVNITTTAVEHSYFQIKKLTTRKSLTHRQMTALHDCLEMVSETLDDLHDVIKDLEQYQTKKSLRQHADDLKTLMSSAITNQETCLDGFSHDDEDKKVRKQLEKGERRVEKMCSNALAMICNMTNTDLANERKLNYGRKLKEEHDNVWPEWLSTGERKLLQSGTVKPNVVVAADGSGNYKTVAAAVAAAPSKSKTRYVIRIKAGVYRENVEVDKSKTNIMFMGDGRKKYNHHR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G396650`
TK1151 ID	TkA03G396650
OH-1004 ID	LXL04_009080
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.561 / OH-1004 39.474 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G396650

位置 Chr03:98582212-98584392 (+)

描述 Similar to PMEU1: Pectinesterase/pectinesterase inhibitor U1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14310`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	Pectin methylesterase is induced in Arabidopsis upon infection and is necessary for a successful colonization by necrotrophic pathogens.2011 · DOI: 10.1094/mpmi-07-10-0157 A mutation in the Arabidopsis thaliana cell wall biosynthesis gene pectin methylesterase 3 as well as its aberrant expression cause hypersensitivity specifically to Zn.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12279 Tuning of Pectin Methylesterification: PECTIN METHYLESTERASE INHIBITOR 7 MODULATES THE PROCESSIVE ACTIVITY OF CO-EXPRESSED PECTIN METHYLESTERASE 3 IN A pH-DEPENDENT MANNER.2015 · DOI: 10.1074/jbc.m115.639534 AtPME3, a ubiquitous cell wall pectin methylesterase of Arabidopsis thaliana, alters the metabolism of cruciferin seed storage proteins during post-germinative growth of seedlings.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx023
`At1g53830`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53830

ath:AT3G14310

cit:102578056

sly:544016

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.715

排名 1 · TkA03G396650 · TK1151

内质网0.101

排名 2 · TkA03G396650 · TK1151

细胞质0.098

排名 3 · TkA03G396650 · TK1151

细胞膜0.076

排名 4 · TkA03G396650 · TK1151

溶酶体／液泡0.048

排名 5 · TkA03G396650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01519DUF163-69 aa

PF04518Effector_13-73 aa

PF04043PMEI8-132 aa

PF18100PDE4_UCR17-81 aa

PF27227Endonuc-like_C19-66 aa

PF09177STX6_10_61_N24-79 aa

PF29947C5orf2225-90 aa

PF11887Mce4_CUP131-98 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G396650	`PF01519`	DUF16	3	69	0.13	13.4
TkA03G396650	`PF04518`	Effector_1	3	73	2.1	8.1
TkA03G396650	`PF04043`	PMEI	8	132	2.6e-27	96.6
TkA03G396650	`PF18100`	PDE4_UCR	17	81	0.048	15.1
TkA03G396650	`PF27227`	Endonuc-like_C	19	66	0.044	14.4
TkA03G396650	`PF09177`	STX6_10_61_N	24	79	0.11	13.7
TkA03G396650	`PF29947`	C5orf22	25	90	0.39	12.1
TkA03G396650	`PF11887`	Mce4_CUP1	31	98	0.0028	18.0
TkA03G396650	`PF18052`	Rx_N	31	114	0.052	14.4
TkA03G396650	`PF30748`	DUF8721	34	92	0.35	11.4
TkA03G396650	`PF25617`	PhiKZ_gp86	45	155	0.056	13.1
TkA03G396650	`PF24531`	ANC1_spectrin	51	126	0.094	13.8
TkA03G396650	`PF08664`	YcbB	58	153	0.00022	22.0
TkA03G396650	`PF01519`	DUF16	69	125	0.13	13.4
TkA03G396650	`PF09177`	STX6_10_61_N	74	114	0.11	13.7
TkA03G396650	`PF29947`	C5orf22	105	141	0.39	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49006`	拟南芥	sp\|O49006\|PME3_ARATH Pectinesterase/pectinesterase inhibitor 3	64.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q42534`	拟南芥	sp\|Q42534\|PME2_ARATH Pectinesterase 2	62.300%	Swiss-Prot	高置信

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