RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G286070
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 70616616-70617718 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

615 bp · TkA03G286070|TK1151|cDNA

ATGTTAATCGACGACCCCGAGCCCCAAAACGAACAAATCGATGCTATTCCTGATGAATTCAATCCTAATTATCTCAAAGCTTATTACGGTTCAATAAATGAAGTTAATCAAATTGCACAGATCTGCTACCATGTGCTTGGGCTGGTACATGGGATCTGGACCCCCATACCTCGAGCTATGAAAGACTACATTGCAACCCCAAAGCCCAATGGTTATCAGAGCCTTCTGACTTGCATTTATCCTTTTCAAATTAGAACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · TkA03G286070|TK1151|CDS

ATGTTAATCGACGACCCCGAGCCCCAAAACGAACAAATCGATGCTATTCCTGATGAATTCAATCCTAATTATCTCAAAGCTTATTACGGTTCAATAAATGAAGTTAATCAAATTGCACAGATCTGCTACCATGTGCTTGGGCTGGTACATGGGATCTGGACCCCCATACCTCGAGCTATGAAAGACTACATTGCAACCCCAAAGCCCAATGGTTATCAGAGCCTTCTGACTTGCATTTATCCTTTTCAAATTAGAACTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

204 aa · TkA03G286070|TK1151|PROTEIN

MLIDDPEPQNEQIDAIPDEFNPNYLKAYYGSINEVNQIAQICYHVLGLVHGIWTPIPRAMKDYIATPKPNGYQSLLTCIYPFQIRTEEMDLIAERGIAAHYSGKVIVNGLVRHTVANDKHMKGKPICLNNANVALRIGWLNSIREWQEEFVGNMSSREFVDTITKDLLGSRVFVFTPRGEIKNLPKGATVIDYGYMIHTDIGNN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G286070
TK1151 IDTkA03G286070
OH-1004 IDLXL04_031819
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)78.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 88.931
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G286070
位置Chr03:70616616-70617718 (+)
描述Similar to RSH1: Putative GTP diphosphokinase RSH1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: P0DKG8 可能参与植物对病原体和其他压力的快速ppGpp（鸟苷酸3'-二磷酸5'-二磷酸）介导的反应。 暂无已核实直接文献
At4g02260 可能参与植物对病原体和其他胁迫的快速ppGpp（鸟苷3'-二磷酸5'-二磷酸）介导的应答（通过相似性推测）。
Expression profiling of four RelA/SpoT-like proteins, homologues of bacterial stringent factors, in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1007/s00425-008-0758-5

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0340900 可能参与植物对病原体和其他压力的快速ppGpp（鸟苷酸3'-二磷酸5'-二磷酸）介导的反应。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031819 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0015949 nucleobase-containing small molecule interconversion 生物过程
GO:0015969 guanosine tetraphosphate metabolic process 生物过程
GO:0015970 guanosine tetraphosphate biosynthetic process 生物过程
GO:0015979 photosynthesis 生物过程
GO:0042594 response to starvation 生物过程
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0005525 GTP binding 分子功能
GO:0008728 GTP diphosphokinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G02260
dosa:Os03g0340900
sar:SAR1714
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.249
排名 1 · TkA03G286070 · TK1151
质体0.181
排名 2 · TkA03G286070 · TK1151
细胞外0.162
排名 3 · TkA03G286070 · TK1151
线粒体0.137
排名 4 · TkA03G286070 · TK1151
过氧化物酶体0.097
排名 5 · TkA03G286070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28864F59B10_3_N14-47 aa
PF04607RelA_SpoT39-101 aa
PF28864F59B10_3_N74-82 aa
PF04607RelA_SpoT165-174 aa
PF02824TGS172-203 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G286070PF28864F59B10_3_N14470.04314.3
TkA03G286070PF04607RelA_SpoT391012.3e-1454.4
TkA03G286070PF28864F59B10_3_N74820.04314.3
TkA03G286070PF04607RelA_SpoT1651742.3e-1454.4
TkA03G286070PF02824TGS1722032.6e-0834.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0DKG8拟南芥sp|P0DKG8|RSH1L_ARATH Putative GTP diphosphokinase RSH1, chloroplastic65.900%Swiss-Prot高置信
F4JHA2拟南芥sp|F4JHA2|RSH1C_ARATH Putative GTP diphosphokinase RSH1, chloroplastic65.500%Swiss-Prot高置信
Q9AYT5水稻sp|Q9AYT5|RSH1_ORYSJ Putative GTP diphosphokinase RSH1, chloroplastic67.600%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看