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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G197880
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 49662105-49664308 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

351 bp · TkA03G197880|TK1151|cDNA

AAAAAATGTCAATTTTATATGTTCGAGAAGTACAAAAATCAGGCGGCCTTTCCCTTCCCTTTCCAGCAGCTTATAAAAAGAGAGAATAAAAAGAAACGAACCCTTCTTGTCTTTCCTCACTTTTGCGCCACTTTTGCTTTCGTATACCGACCACCACTATACACTTATTACGTCTCTTGGCTGATACGAAATCCCTCTTTCAGAAACCCACCGACGATCTTCTCGATATGGCAACGACTGGTCCCAGCAATCTCAATGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · TkA03G197880|TK1151|CDS

ATGGCAACGACTGGTCCCAGCAATCTCAATGCAAAATTGGTCTTGCTCGGAGACATGGGAGCCGGTAAATCCAGTCTCGTATTGCGGTTCGTCAAAGGCCAATTTCTGGAATTCCAGGAATCCACCATCGGCGCAGCCTTCTTTTCACAAACTTTAGCGGTAAACGACGCCACTGTGAAATTTGAGATTTGGGATACGGCGGGTCAAGAAAGGTATCATAGTTTGGCCCCTATGTACTACAGAGGAGCTGCTGCGGCCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

202 aa · TkA03G197880|TK1151|PROTEIN

MATTGPSNLNAKLVLLGDMGAGKSSLVLRFVKGQFLEFQESTIGAAFFSQTLAVNDATVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAAAAIIVYDITNMDSFTRAKKWVQELQKQGNPNMVTALAGNKADLEEKRNVTTEEARVYAEENGLFFMETSAKAATNVNDIFHEIAKRLPRGQQPTQSSSGMVLVDRPTQGPRASATCCS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G197880
TK1151 IDTkA03G197880
OH-1004 IDLXL04_007623
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 85.232
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G197880
位置Chr03:49662105-49664308 (+)
描述Similar to RHN1: Ras-related protein RHN1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g45130 参与可溶性货物蛋白从前液泡区向中央液泡的转运。 暂无已核实直接文献
At4g19640 可能参与内吞作用的内体蛋白。
ARA7(Q69L) expression in transgenic Arabidopsis cells induces the formation of enlarged multivesicular bodies.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert125

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0631100 在种子储存蛋白向蛋白质储存液泡 的细胞内运输中发挥重要作用。
OsRab5a regulates endomembrane organization and storage protein trafficking in rice endosperm cells.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04370.x
The small GTPase Rab5a is essential for intracellular transport of proglutelin from the Golgi apparatus to the protein storage vacuole and endosomal membrane organization in developing rice endosperm.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180505
OsVPS9A functions cooperatively with OsRAB5A to regulate post-Golgi dense vesicle-mediated storage protein trafficking to the protein storage vacuole in rice endosperm cells.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst081
Zipcode RNA-Binding Proteins and Membrane Trafficking Proteins Cooperate to Transport Glutelin mRNAs in Rice Endosperm.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00111
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0007033 vacuole organization 生物过程
GO:0007034 vacuolar transport 生物过程
GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005769 early endosome 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G19640
ath:AT5G45130
dosa:Os12g0631100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519
排名 1 · TkA03G197880 · TK1151
高尔基体0.408
排名 2 · TkA03G197880 · TK1151
细胞膜0.225
排名 3 · TkA03G197880 · TK1151
溶酶体／液泡0.172
排名 4 · TkA03G197880 · TK1151
内质网0.149
排名 5 · TkA03G197880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf8-134 aa
PF13479AAA_2410-70 aa
PF02367TsaE11-33 aa
PF00071Ras12-171 aa
PF08477Roc12-126 aa
PF04670Gtr1_RagA12-130 aa
PF01926MMR_HSR113-117 aa
PF03193RsgA_GTPase13-34 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G197880PF00025Arf81342.9e-1247.1
TkA03G197880PF13479AAA_2410700.01316.0
TkA03G197880PF02367TsaE11330.1512.8
TkA03G197880PF00071Ras121711.4e-60204.3
TkA03G197880PF08477Roc121266.5e-34117.4
TkA03G197880PF04670Gtr1_RagA121300.001618.6
TkA03G197880PF01926MMR_HSR1131170.0006420.5
TkA03G197880PF03193RsgA_GTPase13340.001718.9
TkA03G197880PF13191AAA_1613500.09114.0
TkA03G197880PF06745ATPase14470.1112.6
TkA03G197880PF00009GTP_EFTU391720.0001821.9
TkA03G197880PF06745ATPase1061720.1112.6
TkA03G197880PF01926MMR_HSR11171430.0006420.5
TkA03G197880PF03193RsgA_GTPase1191700.001718.9
TkA03G197880PF29835SOV1_N1231660.2312.3
TkA03G197880PF02367TsaE1361580.1512.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P31582拟南芥sp|P31582|RAF2A_ARATH Ras-related protein RABF2a77.200%Swiss-Prot高置信
Q9SN68拟南芥sp|Q9SN68|RAF2B_ARATH Ras-related protein RABF2b76.200%Swiss-Prot高置信
Q0ILQ6水稻sp|Q0ILQ6|RAB5A_ORYSJ Ras-related protein Rab5A76.600%Swiss-Prot高置信

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