TkA03G130260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G130260

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 33420918-33424922 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2324 bp · TkA03G130260|TK1151|cDNA

GAACCCCCCTCAAATGACCGAAATCTCCCTCGTTCCATTTCCGTTACTCGAATTCAACTGAGATTTTCTTAAAACCCTAAACGTGAAAAGGGGGTTTATGCTCTACCTCCGAATCTTATCAGACTTTCATTGCAGTGAACTGAGCTTCCCATAGGTCTATACTTTTGAAAGTCCGTCAATGGCGGCTTCCAGGTTCGCATCGGTGGCTGCTATGGCGGCTGTCGCGGCCGCATCAAGCACCACTTACTCGTACGCCGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · TkA03G130260|TK1151|CDS

ATGGCGGCTTCCAGGTTCGCATCGGTGGCTGCTATGGCGGCTGTCGCGGCCGCATCAAGCACCACTTACTCGTACGCCGACGCTCCGTCGTATCGTTTCAATCCGTTTGGTCAATCTTCGACACCATCCGAGTCGCCTCAGTCGGGGTCGGAGCCTTCAAACGCGGATCCTAAGCCCGAGGTCGAGGATTCCAAAGGCGGGTTTGATCCTGAAGCTTTAGAAAGGGGGGCTAAAGCACTTAGGGAAATCAATAGCTCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · TkA03G130260|TK1151|PROTEIN

MAASRFASVAAMAAVAAASSTTYSYADAPSYRFNPFGQSSTPSESPQSGSEPSNADPKPEVEDSKGGFDPEALERGAKALREINSSPYSKQVFEVMRKQEQARLTELAAEKAHQEAIQAQLDIERQRKLAEDQRNLVQQQSQAKAQMLRYEDELARKRMQTDNEAQRLHNAELARMQEESLIRKEQARRATEEQIQAQQRQTEKERAEIERETIRVKAMAEAEGRAHEAKLTEDHNRRMLVERVNGEKEKWLAAINTTFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G130260`
TK1151 ID	TkA03G130260
OH-1004 ID	LXL04_007173
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G130260`
位置	Chr03:33420918-33424922 (+)
描述	Similar to atad3: ATPase family AAA domain-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007173` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0140374 antiviral innate immune response 生物过程 GO:0140468 HRI-mediated signaling 生物过程 GO:1903898 negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分 GO:0042645 mitochondrial nucleoid 细胞组分 GO:0044233 mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site 细胞组分 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:784353 cel:CELE_F54B3.3 xla:398759 xla:734380 xtr:407895 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.944

排名 1 · TkA03G130260 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA03G130260 · TK1151

细胞核0.079

排名 3 · TkA03G130260 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA03G130260 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkA03G130260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05283MGC-2436-69 aa

PF12037ATAD3_N50-315 aa

PF29202AAA_chap_N99-179 aa

PF07728AAA_5110-141 aa

PF13521AAA_28130-171 aa

PF23242AAA_lid_TRIP13_C145-168 aa

PF13401AAA_22158-169 aa

PF13521AAA_28172-227 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G130260	`PF05283`	MGC-24	36	69	1.1	10.3
TkA03G130260	`PF12037`	ATAD3_N	50	315	3.6e-106	355.0
TkA03G130260	`PF29202`	AAA_chap_N	99	179	0.66	10.4
TkA03G130260	`PF07728`	AAA_5	110	141	0.023	15.4
TkA03G130260	`PF13521`	AAA_28	130	171	0.29	12.1
TkA03G130260	`PF23242`	AAA_lid_TRIP13_C	145	168	0.011	16.7
TkA03G130260	`PF13401`	AAA_22	158	169	0.025	15.6
TkA03G130260	`PF13521`	AAA_28	172	227	0.29	12.1
TkA03G130260	`PF13207`	AAA_17	181	219	0.031	15.3
TkA03G130260	`PF23242`	AAA_lid_TRIP13_C	186	189	0.011	16.7
TkA03G130260	`PF20720`	nSTAND3	191	191	0.02	15.3
TkA03G130260	`PF00931`	NB-ARC	249	278	0.027	14.7
TkA03G130260	`PF05283`	MGC-24	337	438	1.1	10.3
TkA03G130260	`PF13191`	AAA_16	369	410	7.2e-05	24.1
TkA03G130260	`PF05496`	RuvB_N	371	455	0.00048	20.6
TkA03G130260	`PF12775`	AAA_7	381	411	0.019	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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