TkA03G100180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G100180

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 25331262-25336459 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3231 bp · TkA03G100180|TK1151|cDNA

ATGGCTGCCTCGTCGGACTGTCACCGGATGGGGGAAGAAGACCGCCGGCGTGATCTTGGCAGTCACTGCAATGAACCCGCGTCGCCGTTCGATGAAAATGATAAGCGTCAGTATAGTCTTGACGTAAGAGCAAGAGCAGCCATCAGCAACTCACTCCCTTATGACACTTACCACCTTGTTCAAAACTGCAAGTCTTCCAAAGACATGATGGACACACTGACTGTCTCTTCCGAAGGAATTGAAGAAGTGAAGGTTCAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

3231 bp · TkA03G100180|TK1151|CDS

ATGGCTGCCTCGTCGGACTGTCACCGGATGGGGGAAGAAGACCGCCGGCGTGATCTTGGCAGTCACTGCAATGAACCCGCGTCGCCGTTCGATGAAAATGATAAGCGTCAGTATAGTCTTGACGTAAGAGCAAGAGCAGCCATCAGCAACTCACTCCCTTATGACACTTACCACCTTGTTCAAAACTGCAAGTCTTCCAAAGACATGATGGACACACTGACTGTCTCTTCCGAAGGAATTGAAGAAGTGAAGGTTCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1076 aa · TkA03G100180|TK1151|PROTEIN

MAASSDCHRMGEEDRRRDLGSHCNEPASPFDENDKRQYSLDVRARAAISNSLPYDTYHLVQNCKSSKDMMDTLTVSSEGIEEVKVQLLVNDMRHLNIHKAKQVLVLKFLDSLNDEWEHHVDVLKNSENIECMNLSSMFGNLRNYEETKLMQRKIMKESHRDRSVALYSQKKVVASDSDSERSKESDENAALFVKRSGYKYVKRQSSSRRYPTRNDHSASKSFESQGRRDHDVAKRSNADEKDKCFNCGSTDHYARDCKEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G100180`
TK1151 ID	TkA03G100180
OH-1004 ID	LXL04_006603
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	48.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.677 / OH-1004 90.046 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G100180`
位置	Chr03:25331262-25336459 (+)
描述	Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006603` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · TkA03G100180 · TK1151

细胞核0.397

排名 2 · TkA03G100180 · TK1151

线粒体0.053

排名 3 · TkA03G100180 · TK1151

内质网0.045

排名 4 · TkA03G100180 · TK1151

细胞膜0.036

排名 5 · TkA03G100180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223Retrotran_gag_228-74 aa

PF14787zf-CCHC_557-66 aa

PF13696zf-CCHC_258-63 aa

PF22936Pol_BBD68-95 aa

PF14223Retrotran_gag_285-147 aa

PF30379SLU7_N234-260 aa

PF14787zf-CCHC_5242-260 aa

PF00098zf-CCHC243-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G100180	`PF14223`	Retrotran_gag_2	28	74	2.6e-05	24.8
TkA03G100180	`PF14787`	zf-CCHC_5	57	66	1.6	9.2
TkA03G100180	`PF13696`	zf-CCHC_2	58	63	0.31	11.6
TkA03G100180	`PF22936`	Pol_BBD	68	95	3.7e-14	53.5
TkA03G100180	`PF14223`	Retrotran_gag_2	85	147	2.6e-05	24.8
TkA03G100180	`PF30379`	SLU7_N	234	260	1.6e-05	25.0
TkA03G100180	`PF14787`	zf-CCHC_5	242	260	1.6	9.2
TkA03G100180	`PF00098`	zf-CCHC	243	259	2e-06	28.3
TkA03G100180	`PF13696`	zf-CCHC_2	243	257	0.31	11.6
TkA03G100180	`PF22936`	Pol_BBD	359	431	3.7e-14	53.5
TkA03G100180	`PF13976`	gag_pre-integrs	483	518	0.00032	21.1
TkA03G100180	`PF00665`	rve	537	590	0.074	14.0
TkA03G100180	`PF29688`	TnsB_C	544	603	2e-06	28.4
TkA03G100180	`PF13683`	rve_3	579	604	0.022	15.2
TkA03G100180	`PF25597`	SH3_retrovirus	664	720	2.4e-17	63.2
TkA03G100180	`PF07727`	RVT_2	795	895	6.9e-43	147.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情