TkA03G069950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G069950

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 18025125-18026768 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1614 bp · TkA03G069950|TK1151|cDNA

ATGGGCCAATCTTCTTCCTCCCATTCGCCGTCGCCGTCGCCGGCGGGGTCAACACACCTCCGGTCCATCACCAGGACGTCGTCTTCTTCCTCTGCTAGATCCGAGATTCTTGGTTTTAGGTACGCCAAAGAGGAGGCGTGTATCGAGTTTCCGGATTCAACCACTTCATGTGTCGACTATACATCTGAAATTCCCGATGATTGCTTAGCCGTAGTTTTCCAGTTTCTTGGTGCAGGCGACCGGAAGCGCTGCTCCCTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA03G069950|TK1151|CDS

ATGGGCCAATCTTCTTCCTCCCATTCGCCGTCGCCGTCGCCGGCGGGGTCAACACACCTCCGGTCCATCACCAGGACGTCGTCTTCTTCCTCTGCTAGATCCGAGATTCTTGGTTTTAGGTACGCCAAAGAGGAGGCGTGTATCGAGTTTCCGGATTCAACCACTTCATGTGTCGACTATACATCTGAAATTCCCGATGATTGCTTAGCCGTAGTTTTCCAGTTTCTTGGTGCAGGCGACCGGAAGCGCTGCTCCCTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · TkA03G069950|TK1151|PROTEIN

MGQSSSSHSPSPSPAGSTHLRSITRTSSSSSARSEILGFRYAKEEACIEFPDSTTSCVDYTSEIPDDCLAVVFQFLGAGDRKRCSLVSRRWLLVEGQSRHRLALDAKSGVVPFIPSIFSRFDSVTKLSLRCDRRSVSIDDNGLILISLRCVNLTRLKLRGCREITDVGMAALAKNCKGLKKFSCGSCMFGAKGMNALLDNCSALEELSVKRLRGINDGVTAEPIGPGAAAMSLKSVCLKELYNGQFFGPLISGAKNLKTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G069950`
TK1151 ID	TkA03G069950
OH-1004 ID	LXL04_006772
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G069950

位置 Chr03:18025125-18026768 (+)

描述 Similar to SKIP2: F-box protein SKIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67250`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g07400`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At1g47056`	F-盒蛋白 At1g47056。	暂无已核实直接文献
`At3g50080`	F-box/LRR重复蛋白 16。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006772 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47056

ath:AT3G50080

ath:AT4G07400

ath:AT4G15475

ath:AT5G67250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.646

排名 1 · TkA03G069950 · TK1151

细胞质0.206

排名 2 · TkA03G069950 · TK1151

细胞膜0.122

排名 3 · TkA03G069950 · TK1151

质体0.079

排名 4 · TkA03G069950 · TK1151

内质网0.040

排名 5 · TkA03G069950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box62-91 aa

PF12937F-box-like62-91 aa

PF18511F-box_562-100 aa

PF29594LRR_SKP2114-202 aa

PF00646F-box116-131 aa

PF25372LRR_FBXL15119-186 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1119-184 aa

PF18511F-box_5130-137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G069950	`PF00646`	F-box	62	91	5.3e-06	26.8
TkA03G069950	`PF12937`	F-box-like	62	91	0.00014	22.3
TkA03G069950	`PF18511`	F-box_5	62	100	0.035	14.3
TkA03G069950	`PF29594`	LRR_SKP2	114	202	2.4e-14	53.9
TkA03G069950	`PF00646`	F-box	116	131	5.3e-06	26.8
TkA03G069950	`PF25372`	LRR_FBXL15	119	186	3.9e-17	62.5
TkA03G069950	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	119	184	0.0026	17.9
TkA03G069950	`PF18511`	F-box_5	130	137	0.035	14.3
TkA03G069950	`PF13516`	LRR_6	138	146	2e-08	34.4
TkA03G069950	`PF24758`	LRR_At5g56370	143	211	2.4e-11	44.4
TkA03G069950	`PF13516`	LRR_6	150	173	2e-08	34.4
TkA03G069950	`PF23952`	LRR_EndoS	151	212	0.0019	19.1
TkA03G069950	`PF12799`	LRR_4	152	186	1.7e-07	32.0
TkA03G069950	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	184	212	0.0026	17.9
TkA03G069950	`PF12799`	LRR_4	198	209	1.7e-07	32.0
TkA03G069950	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	231	265	0.0026	17.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FE83`	拟南芥	sp\|Q9FE83\|SKIP2_ARATH F-box protein SKIP2	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S9X4`	拟南芥	sp\|Q9S9X4\|FBL8_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 8	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C626`	拟南芥	sp\|Q9C626\|FB37_ARATH F-box protein At1g47056	55.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SN10`	拟南芥	sp\|Q9SN10\|FBL16_ARATH F-box/LRR-repeat protein 16	54.900%	Swiss-Prot	高置信

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