TkA03G036420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G036420

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 9588210-9590426 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · TkA03G036420|TK1151|cDNA

TATCACTATCAGTAACCAGTCTATCAAATGGAGTTTGGAGCCTGACCCATTAAACTGAGACGCAAAACACAATCGGAGTTCAGATTCGTTGTGTTCACCTTCAACCGCCGACGACCGAAATTCTACCAGTCATCGAAATTTGATCCGGCAGATATTAGATATGGCAGGCCTATTAGCATGGGCGGCGGACGTAGTCAGAACAGGAGGTGGCGCAACCAGCGAGGAAAACGAGTCTGATTCGATCCCTTTGATATTCAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · TkA03G036420|TK1151|CDS

ATGGCAGGCCTATTAGCATGGGCGGCGGACGTAGTCAGAACAGGAGGTGGCGCAACCAGCGAGGAAAACGAGTCTGATTCGATCCCTTTGATATTCAATCCCGAACAGGAGAAGTACGTTAGGGAGCTGAACGTGAAAGCAGCGGCGCTGAGCCGGTCTGTACAAGACCTCCGTCAGAGAATACCTCCGTCTGATATCTCCCAACGCCTCCCTGATCTCCACGCACATTCTCTCGCCTCTAATGCTGCCCTAGCTCTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

343 aa · TkA03G036420|TK1151|PROTEIN

MAGLLAWAADVVRTGGGATSEENESDSIPLIFNPEQEKYVRELNVKAAALSRSVQDLRQRIPPSDISQRLPDLHAHSLASNAALALQLNAHSSTKEQAHLRELTLLEENAAFEKAISDCEGKIQEKLREADELHAKLQEMDATLKTDLQVEQSAHDGNESDDSSSLKSKAESEARTSASISSLKDSLEKKKNELASMEEIVQNLERKWSKVQEESLKHPSPAQREKMLDKQLHSLLEQLAAKQGQAEGLVGEIHTKEMEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G036420`
TK1151 ID	TkA03G036420
OH-1004 ID	LXL04_006430
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.461 / OH-1004 44.938 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G036420`
位置	Chr03:9588210-9590426 (+)
描述	Similar to At1g65750: Putative ribonuclease H protein At1g65750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006430` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.344

排名 1 · TkA03G036420 · TK1151

细胞质0.210

排名 2 · TkA03G036420 · TK1151

内质网0.187

排名 3 · TkA03G036420 · TK1151

细胞核0.176

排名 4 · TkA03G036420 · TK1151

细胞膜0.120

排名 5 · TkA03G036420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05859Mis1234-61 aa

PF23991DUF731039-75 aa

PF05531NPV_P1040-75 aa

PF08702Fib_alpha41-60 aa

PF05377FlaC_arch49-59 aa

PF28422CCDC8979-294 aa

PF02507PSI_PsaF83-145 aa

PF09787Golgin_A588-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G036420	`PF05859`	Mis12	34	61	0.82	10.1
TkA03G036420	`PF23991`	DUF7310	39	75	0.54	11.5
TkA03G036420	`PF05531`	NPV_P10	40	75	0.039	15.2
TkA03G036420	`PF08702`	Fib_alpha	41	60	0.033	15.1
TkA03G036420	`PF05377`	FlaC_arch	49	59	4.0	8.6
TkA03G036420	`PF28422`	CCDC89	79	294	3.0	7.8
TkA03G036420	`PF02507`	PSI_PsaF	83	145	6.7	7.3
TkA03G036420	`PF09787`	Golgin_A5	88	281	8.7e-05	22.9
TkA03G036420	`PF11559`	ADIP	89	149	0.43	11.4
TkA03G036420	`PF05859`	Mis12	96	213	0.82	10.1
TkA03G036420	`PF23991`	DUF7310	102	138	0.54	11.5
TkA03G036420	`PF05667`	CCDC22_CC	104	149	0.43	10.4
TkA03G036420	`PF08702`	Fib_alpha	105	153	0.033	15.1
TkA03G036420	`PF05377`	FlaC_arch	112	145	4.0	8.6
TkA03G036420	`PF01496`	V_ATPase_I	119	274	0.024	13.3
TkA03G036420	`PF05531`	NPV_P10	122	146	0.039	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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