TkA03G021090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G021090

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 5441545-5446449 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2852 bp · TkA03G021090|TK1151|cDNA

CTCATTTCCTTTCTTTTCCCTCGATAAATTAAACTCGGGAACAAGGTCTCACGGCGCGGGTTACTGGTTAGGACTTAGGACCTCGTAAACATGGAGTGGGTTTTGCAATGGAGTTGCTCTAAGAAACCAGTCCCTCTGTAACCTTTTAGGGCAAACACGATTAACTAACGAGGAAGACGAAGCTGCAAACACATTTCATAACCATTACCCGACCACCATTCGCCGTCGGCAATGATTCCGACCACCAGGCGACCCAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA03G021090|TK1151|CDS

ATGGATGTTTTTCATCAAAGGCTTGAACAAGAGTATGGAACTCATATAATTTCTACAGTTCCAACTGTACCATATATATTCGAGTATTCAGATGGCACCAAAGTAGAGGTTCAAAATCCAGGTGCCTTTACTGCAAACCCTAAAATCCGAGTAGTAGCATCATGGGAACCTACAGTATTAGCAACAATTATTATCCCCAGTGAGTATGTTGGAGCTGTTATTACTCTTTGTTCTGAAAGAAGAGGGGAACAACTAGAGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

251 aa · TkA03G021090|TK1151|PROTEIN

MDVFHQRLEQEYGTHIISTVPTVPYIFEYSDGTKVEVQNPGAFTANPKIRVVASWEPTVLATIIIPSEYVGAVITLCSERRGEQLEYSFIDSQRAFMKYRLPLREIVVDFYNELKSITSGYASFDYEDSEYVASDVVKLDVLLNGQPVDAMATIVHSLKAQRVGRELVDKLKKFIDRQMFEITIQAAVGSKVIARETISAMRKNVLAKCYGGDVTRKKKLLEKQKEGKKRMKRVGSVDIPQEAFHAILKVG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G021090`
TK1151 ID	TkA03G021090
OH-1004 ID	LXL04_037667
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	68.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 20.717 / OH-1004 13.953 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G021090

位置 Chr03:5441545-5446449 (-)

描述 Similar to Sb10g003070: Translation factor GUF1 homolog, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39900`	促进线粒体蛋白质合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0144800`	促进线粒体蛋白质合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037667 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0043022 ribosome binding 分子功能

GO:0097177 mitochondrial ribosome binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39900

dosa:Os06g0144800

rcu:8276038

sbi:8068764

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.862

排名 1 · TkA03G021090 · TK1151

细胞核0.232

排名 2 · TkA03G021090 · TK1151

内质网0.068

排名 3 · TkA03G021090 · TK1151

细胞膜0.042

排名 4 · TkA03G021090 · TK1151

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · TkA03G021090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00679EFG_C56-139 aa

PF03170CBM_BcsB_1st116-152 aa

PF29699NOP1_C122-168 aa

PF06421LepA_C143-249 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G021090	`PF00679`	EFG_C	56	139	6.1e-23	81.4
TkA03G021090	`PF03170`	CBM_BcsB_1st	116	152	0.038	14.4
TkA03G021090	`PF29699`	NOP1_C	122	168	0.15	12.2
TkA03G021090	`PF06421`	LepA_C	143	249	2.8e-50	169.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLE4`	拟南芥	sp\|Q9FLE4\|GUF1_ARATH Translation factor GUF1 homolog, mitochondrial	81.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q5VQ69`	水稻	sp\|Q5VQ69\|GUF1_ORYSJ Translation factor GUF1 homolog, mitochondrial	84.000%	Swiss-Prot	高置信

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