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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G580340
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 149712322-149714655 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2248 bp · TkA02G580340|TK1151|cDNA

AGAAAAGCCACACCTTCCTGCTCCCTTCTTCCATATCCCCTTGTGTCTTTTTTCTTCATTATTTATTCATCACTTTGAACAATATATATAACATCGTTAATCCCAATTCATTCTCTTCATCGGTCTACTCGATTTGTTGAACATTCATCACAAACTCTTTACAGCTAACCTTCAGCTGTTTTCTTCTTCAATCCCTTTAGGTTTTGATGTGTAAGGGTTCGAAGAGTAAACTTTGTTCTACAAATTTAATCATGGAAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1797 bp · TkA02G580340|TK1151|CDS

ATGTGTAAGGGTTCGAAGAGTAAACTTTGTTCTACAAATTTAATCATGGAAGGAGAAATGTTTCAAGAAAACAAAAAAGGGTTTTTCTTGAAATCATCGATTTTACTAGAATTAGCAGCCGCCGATGATGTTTCTGAGTTCGTATCGGTGGTAGAAAACAACGGGATGAATCTAGACGAGGTTAGTTTCTGGTACGGAAGAAGAAACGGGTGTAAAGCGAAGATGGGATTTGAGGAACGAACTCCACTAATGATCGCCGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

598 aa · TkA02G580340|TK1151|PROTEIN

MCKGSKSKLCSTNLIMEGEMFQENKKGFFLKSSILLELAAADDVSEFVSVVENNGMNLDEVSFWYGRRNGCKAKMGFEERTPLMIAAVYGSTEVLKYIIGTKKVDINQTSDSDGATALHCAAAGGSSSSVETVKLLLEASADPDLTDDSDYKPVDLIARGIKSSKRKALEMLLRGFSVEETEETETEIISSKKEYPVDVSLPDINDGVYGTDEFRMYMFKVKPCSRAYSHDWTECPFVHPGENARRRDPRKHQYSCVPCP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G580340
TK1151 IDTkA02G580340
OH-1004 IDLXL04_012227
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.492 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G580340
位置Chr02:149712322-149714655 (+)
描述Similar to At2g40140: Zinc finger CCCH domain-containing protein 29
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40140 参与盐胁迫响应。 暂无已核实直接文献
At3g55980 参与盐胁迫响应。 暂无已核实直接文献
At5g58620 含锌指CCCH结构域的蛋白66。 暂无已核实直接文献
At2g41900 含锌指 CCCH 结构域蛋白 30。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0698800 含锌指CCCH结构域的蛋白质24。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012227 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程
GO:1902074 response to salt 生物过程
GO:0000932 P-body 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40140
ath:AT2G41900
ath:AT3G55980
ath:AT5G58620
dosa:Os03g0698800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534
排名 1 · TkA02G580340 · TK1151
细胞核0.395
排名 2 · TkA02G580340 · TK1151
细胞膜0.112
排名 3 · TkA02G580340 · TK1151
高尔基体0.047
排名 4 · TkA02G580340 · TK1151
线粒体0.046
排名 5 · TkA02G580340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796Ank_259-147 aa
PF24521Ank_KRIT177-144 aa
PF00023Ank80-109 aa
PF13606Ank_380-107 aa
PF13857Ank_580-119 aa
PF13637Ank_484-137 aa
PF13857Ank_5109-156 aa
PF00023Ank113-148 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G580340PF12796Ank_2591476.4e-1349.8
TkA02G580340PF24521Ank_KRIT1771440.1112.9
TkA02G580340PF00023Ank801091.6e-1350.8
TkA02G580340PF13606Ank_3801072.8e-0937.1
TkA02G580340PF13857Ank_5801191.1e-0629.6
TkA02G580340PF13637Ank_4841372.6e-1144.2
TkA02G580340PF13857Ank_51091561.1e-0629.6
TkA02G580340PF00023Ank1131481.6e-1350.8
TkA02G580340PF13606Ank_31131442.8e-0937.1
TkA02G580340PF13637Ank_41271542.6e-1144.2
TkA02G580340PF25512zf-CCCH_AtC3H232132462.2e-2072.8
TkA02G580340PF23261zf-CCCH_112312420.6610.3
TkA02G580340PF25542zf-CCCH_122322390.959.9
TkA02G580340PF18345zf_CCCH_42342394.5e-0524.1
TkA02G580340PF00642zf-CCCH2342400.0001722.1
TkA02G580340PF14608zf-CCCH_22342400.113.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XEE6拟南芥sp|Q9XEE6|C3H29_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2951.500%Swiss-Prot高置信
Q93ZS9拟南芥sp|Q93ZS9|C3H47_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4749.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LUZ4拟南芥sp|Q9LUZ4|C3H66_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 6648.700%Swiss-Prot中等置信
P93755拟南芥sp|P93755|C3H30_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3040.500%Swiss-Prot中等置信
Q10EL1水稻sp|Q10EL1|C3H24_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 2442.600%Swiss-Prot中等置信

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