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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G572340
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 147767760-147770179 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1245 bp · TkA02G572340|TK1151|cDNA

AAATAGGAAAGAGTGCATGTTGTGAGATACTTGAGGGACTAAATTTGTAGACGAGTCAAGAATCTTTCAGCTATTTCATCATCGATTTATCATCTTCTCGCTCTTTCCACTACGCTGCAAAAAGCACATCTCTTCGCCAGCATTGCTTGATATATAAATATCACACAGTTCCCCAAAAAAACCCATTTCTTTGCGCTGCGTCTTACCTTCTCAGACATTCCCCACAATTTGACCTCTGCAAACCAGAGCGATTTTGACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · TkA02G572340|TK1151|CDS

ATGTCTTTTATGGGAACGCAGCAAAAATGCAAGGCTTGTGGGAAGACAGTTTACCCAGTTGAGCTTTTGTCTGCTGATGGTATCGATTATCACAAATCTTGCTTCAAGTGTAGCCATTGCAAAGGTACCCTTAAGCTGAGCAATTACTCATCAATGGAAGGCGTACTCTACTGCAAGCCTCACTTTGAGCAGCTTTACAAGGAGAGTGGAAATTTCAACAAAAACTTCCAATCACCTGCAAAGACAGTTGACAAGTCATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

201 aa · TkA02G572340|TK1151|PROTEIN

MSFMGTQQKCKACGKTVYPVELLSADGIDYHKSCFKCSHCKGTLKLSNYSSMEGVLYCKPHFEQLYKESGNFNKNFQSPAKTVDKSSPMLTKSPSKAAGMFSGTQEKCATCGKTAYPLEKVTVENQAYHKSCFKCSHGGCSLSPSNYAALEGILYCKHHFSQLFKEKGSYNHLIKSASIKRSAAAATAAAASAAVASIPEA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G572340
TK1151 IDTkA02G572340
OH-1004 IDLXL04_029626
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)61.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.040 / OH-1004 90.863
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G572340
位置Chr02:147767760-147770179 (-)
描述Similar to PLIM2C: LIM domain-containing protein PLIM2c
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g55770 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At2g39900 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。 暂无已核实直接文献
At2g45800 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960
At1g01780 与肌动蛋白丝结合并促进交联成粗束。
Arabidopsis LIM proteins: a family of actin bundlers with distinct expression patterns and modes of regulation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.075960

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0532500 含LIM结构域的蛋白质PLIM2b。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029626 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0051015 actin filament binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G39900
ath:AT2G45800
ath:AT3G55770
ath:AT3G61230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.736
排名 1 · TkA02G572340 · TK1151
细胞核0.232
排名 2 · TkA02G572340 · TK1151
细胞膜0.108
排名 3 · TkA02G572340 · TK1151
高尔基体0.067
排名 4 · TkA02G572340 · TK1151
溶酶体／液泡0.036
排名 5 · TkA02G572340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29103Defensin_DF2072-31 aa
PF24458DUF75736-17 aa
PF26040Zn_ribbon_CLPX_N7-21 aa
PF12172zf-ChsH28-19 aa
PF09943DUF21758-23 aa
PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_29-39 aa
PF24485zf-C2H2_DHX349-18 aa
PF17848Zn_ribbon_ACC9-18 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G572340PF29103Defensin_DF2072311.010.1
TkA02G572340PF24458DUF75736171.39.8
TkA02G572340PF26040Zn_ribbon_CLPX_N7210.9510.0
TkA02G572340PF12172zf-ChsH28190.03114.8
TkA02G572340PF09943DUF21758236.97.7
TkA02G572340PF25454zf-C3HC4_IRF-2BP1_29390.2212.5
TkA02G572340PF24485zf-C2H2_DHX349180.311.9
TkA02G572340PF17848Zn_ribbon_ACC9183.98.5
TkA02G572340PF24734DUF76859276.37.5
TkA02G572340PF00412LIM10651.6e-2486.7
TkA02G572340PF03966Trm112p10207.1e-0523.4
TkA02G572340PF24485zf-C2H2_DHX3435480.311.9
TkA02G572340PF26040Zn_ribbon_CLPX_N35450.9510.0
TkA02G572340PF17848Zn_ribbon_ACC35423.98.5
TkA02G572340PF03966Trm112p36597.1e-0523.4
TkA02G572340PF00355Rieske36750.0614.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M047拟南芥sp|Q9M047|WLI2B_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2b80.000%Swiss-Prot高置信
O04193拟南芥sp|O04193|WLI2A_ARATH LIM domain-containing protein WLIM2a81.200%Swiss-Prot高置信
O80839拟南芥sp|O80839|PLI2A_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2a65.200%Swiss-Prot高置信
Q1ECF5拟南芥sp|Q1ECF5|PLI2B_ARATH LIM domain-containing protein PLIM2b60.900%Swiss-Prot高置信
Q7F9R9水稻sp|Q7F9R9|PLI2B_ORYSJ LIM domain-containing protein PLIM2b58.800%Swiss-Prot高置信

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