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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G505300
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 129637501-129640839 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2325 bp · TkA02G505300|TK1151|cDNA

AAAATACGCGCCTCCTTTCAACCATTCGGCGGCAGCTATCCCGCTATTTTCACCCAAAAACCAGTAGCTCCCACACCCTAAACCCCCAATATATTTATACCAAACTGCCCTCATTTACACTCTTCTAGTCTTCTGTTCAAATCACATCACCATCTTTACCTGCAGAAATTTACAGCGGAGGCGCTTTAGCAAGATGGAAGAAGCTCAGAGGATGCTCAATCCATGGGTGCTTCATCTCCAAAAACTCGGCCTCGAGCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1893 bp · TkA02G505300|TK1151|CDS

ATGGAAGAAGCTCAGAGGATGCTCAATCCATGGGTGCTTCATCTCCAAAAACTCGGCCTCGAGCTCAAATGCCCCCTCTGCCTTCAGCTGTTTAACCGCCCGCTGTTGCTCCCTTGCAATCACATTTTCTGCACTCTGTGTATGCCGAAAACAGGGGAGCTTGGGGCTGAGTGTCCAGCTTGTAAGCATCAGTACGTGGACCGAGAGGCTAAACCAGCGTCTTTCTTGGAGAACATTGTAAATATCTACAGGAATATTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

630 aa · TkA02G505300|TK1151|PROTEIN

MEEAQRMLNPWVLHLQKLGLELKCPLCLQLFNRPLLLPCNHIFCTLCMPKTGELGAECPACKHQYVDREAKPASFLENIVNIYRNIEATLNANLFHPVRSDVGRVSAHSPVSIKIDADSDSGNENVEIVQSRNSSNGQSTTSQTVKPSLLNTSTDDLVPRVSEKCITPESGQKQKFNIKDDQKPSHSNSICHVAPEKQIESVKHSPKREIENGAYERNSQTTEVKRQKKTSDELNDKSAVLDPMDSKRSPCAFCHSSKET...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G505300
TK1151 IDTkA02G505300
OH-1004 IDLXL04_013322
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.048 / OH-1004 83.311
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G505300
位置Chr02:129637501-129640839 (-)
描述Similar to BARD1: BRCA1-associated RING domain protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g04020 特异性结合WUS、WOX5等靶基因启动子的H3K4me3区域，通过染色质重塑抑制其转录。
A homologue of the breast cancer-associated gene BARD1 is involved in DNA repair in plants.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601313
Mutation of Arabidopsis BARD1 causes meristem defects by failing to confine WUSCHEL expression to the organizing center.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058867
ROW1 maintains quiescent centre identity by confining WOX5 expression to specific cells.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7003
At4g21070 在 DNA 修复和细胞周期控制中发挥作用。
A homologue of the breast cancer-associated gene BARD1 is involved in DNA repair in plants.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601313

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013322 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程
GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程
GO:0035825 homologous recombination 生物过程
GO:0042325 regulation of phosphorylation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G21070
mmu:12021
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963
排名 1 · TkA02G505300 · TK1151
细胞质0.085
排名 2 · TkA02G505300 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA02G505300 · TK1151
内质网0.011
排名 4 · TkA02G505300 · TK1151
质体0.009
排名 5 · TkA02G505300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14835zf-RING_618-62 aa
PF13920zf-C3HC4_322-64 aa
PF16685zf-RING_1022-66 aa
PF14570zf-RING_422-29 aa
PF13248Zn_ribbon_322-27 aa
PF13923zf-C3HC4_223-61 aa
PF14634zf-RING_523-63 aa
PF13639zf-RING_223-62 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G505300PF14835zf-RING_618620.001918.7
TkA02G505300PF13920zf-C3HC4_322646.5e-0523.4
TkA02G505300PF16685zf-RING_1022660.002118.8
TkA02G505300PF14570zf-RING_422290.01615.7
TkA02G505300PF13248Zn_ribbon_322279.66.6
TkA02G505300PF13923zf-C3HC4_223612.4e-0524.8
TkA02G505300PF14634zf-RING_523636.7e-0523.5
TkA02G505300PF13639zf-RING_223620.0002621.9
TkA02G505300PF13445zf-RING_UBOX24485.6e-0627.0
TkA02G505300PF00097zf-C3HC424611.7e-0525.3
TkA02G505300PF15227zf-C3HC4_424610.0005420.7
TkA02G505300PF14447Prok-RING_424640.001918.8
TkA02G505300PF24921RING_XB3-XBAT3124493.58.5
TkA02G505300PF14570zf-RING_438650.01615.7
TkA02G505300PF13771zf-HC5HC2H41631.5e-1041.8
TkA02G505300PF13832zf-HC5HC2H_244465.4e-0730.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4I443拟南芥sp|F4I443|BARD1_ARATH BRCA1-associated RING domain protein 136.300%Swiss-Prot中等置信
Q8RXD4拟南芥sp|Q8RXD4|BRCA1_ARATH Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 1 homolog39.800%Swiss-Prot中等置信

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