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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G505280
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 129631378-129633625 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1554 bp · TkA02G505280|TK1151|cDNA

AAATGTGAAGTTATCATAAGTTGGAATTCATTTGTGGGTAGAACATACGGGAATGCTCCAAGATATTCACCAAAGAGACCAATTGAGAACGATTCTAATGTCACGAGTCTGGAGTCAAACCCTAGATCCACCTCTGGATCCAAAAGCCAAACAAATGAAGTAAAAAGGCAAAAGAAAACAAACGATTTGTTAAACAATACAAACAATTCTAACTCAATGACCAATATTGAAAAACATCCTTGTGCCTTTTGTCATTCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA02G505280|TK1151|CDS

AAATGTGAAGTTATCATAAGTTGGAATTCATTTGTGGGTAGAACATACGGGAATGCTCCAAGATATTCACCAAAGAGACCAATTGAGAACGATTCTAATGTCACGAGTCTGGAGTCAAACCCTAGATCCACCTCTGGATCCAAAAGCCAAACAAATGAAGTAAAAAGGCAAAAGAAAACAAACGATTTGTTAAACAATACAAACAATTCTAACTCAATGACCAATATTGAAAAACATCCTTGTGCCTTTTGTCATTCATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

221 aa · TkA02G505280|TK1151|PROTEIN

KCEVIISWNSFVGRTYGNAPRYSPKRPIENDSNVTSLESNPRSTSGSKSQTNEVKRQKKTNDLLNNTNNSNSMTNIEKHPCAFCHSSNHTKGSGPMVSYAQGKQVVNNIANFSKVTHVHEKCIHWAPRIYFKDGLIQNLDSEILRANKLKCSSCGKKGGGLGCYLETCPRTYHVPCAFDIPACRWDDTYLMYCPDHANLKFPGEMESDDMKQETEKKYLNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G505280
TK1151 IDTkA02G505280
OH-1004 IDLXL04_013323
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.570 / OH-1004 42.653
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G505280
位置Chr02:129631378-129633625 (-)
描述Similar to BARD1: BRCA1-associated RING domain protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g04020 特异性结合WUS、WOX5等靶基因启动子的H3K4me3区域，通过染色质重塑抑制其转录。
A homologue of the breast cancer-associated gene BARD1 is involved in DNA repair in plants.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601313
Mutation of Arabidopsis BARD1 causes meristem defects by failing to confine WUSCHEL expression to the organizing center.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058867
ROW1 maintains quiescent centre identity by confining WOX5 expression to specific cells.2015 · DOI: 10.1038/ncomms7003

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0001894 tissue homeostasis 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0007283 spermatogenesis 生物过程
GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G21070
hsa:580
mmu:12021
rno:64557
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.907
排名 1 · TkA02G505280 · TK1151
细胞质0.198
排名 2 · TkA02G505280 · TK1151
线粒体0.026
排名 3 · TkA02G505280 · TK1151
细胞膜0.019
排名 4 · TkA02G505280 · TK1151
高尔基体0.008
排名 5 · TkA02G505280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21842DUF690149-138 aa
PF13771zf-HC5HC2H53-87 aa
PF14376Haem_bd53-89 aa
PF13832zf-HC5HC2H_266-87 aa
PF26413DUF810875-88 aa
PF22908PHD_NSD78-91 aa
PF23004PHDvar_NSD81-91 aa
PF13832zf-HC5HC2H_2113-179 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G505280PF21842DUF6901491380.1612.1
TkA02G505280PF13771zf-HC5HC2H53871.5e-1145.0
TkA02G505280PF14376Haem_bd53890.07313.7
TkA02G505280PF13832zf-HC5HC2H_266877.9e-0730.0
TkA02G505280PF26413DUF810875880.610.9
TkA02G505280PF22908PHD_NSD78910.0008920.2
TkA02G505280PF23004PHDvar_NSD81910.05914.1
TkA02G505280PF13832zf-HC5HC2H_21131797.9e-0730.0
TkA02G505280PF13771zf-HC5HC2H1191961.5e-1145.0
TkA02G505280PF23004PHDvar_NSD1191240.05914.1
TkA02G505280PF26413DUF81081341970.610.9
TkA02G505280PF22908PHD_NSD1481960.0008920.2
TkA02G505280PF23004PHDvar_NSD1511980.05914.1
TkA02G505280PF21842DUF69011811990.1612.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4I443拟南芥sp|F4I443|BARD1_ARATH BRCA1-associated RING domain protein 143.200%Swiss-Prot中等置信

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