TkA02G505040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G505040

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 129558802-129560600 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1712 bp · TkA02G505040|TK1151|cDNA

TAAACATCATTCAGCATTACAATTTCGCAGCCATGGGTGAGTACTTGACCAAGAGGGTCCGGGAAAAGATGTTGTCAAAGATACTCGCCTTTGAAATTGGGTGGTTCGATAAGGCTGAAAATTTAACCGGAGCCCTCTGTTCCAGGCTTGCTAAAGATGCCAATGTGGTGCGGTCTTTGGTGGGTGATCGATGCTCCCTTCTGATTCAAACATTCTCTGCTGTCACCGTTGCTTCGACGATGGGATTGGTGATCGCGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · TkA02G505040|TK1151|CDS

ATGGGTGAGTACTTGACCAAGAGGGTCCGGGAAAAGATGTTGTCAAAGATACTCGCCTTTGAAATTGGGTGGTTCGATAAGGCTGAAAATTTAACCGGAGCCCTCTGTTCCAGGCTTGCTAAAGATGCCAATGTGGTGCGGTCTTTGGTGGGTGATCGATGCTCCCTTCTGATTCAAACATTCTCTGCTGTCACCGTTGCTTCGACGATGGGATTGGTGATCGCGTGGAGATTGGCATTGGTTATGATCGCTGTTCAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · TkA02G505040|TK1151|PROTEIN

MGEYLTKRVREKMLSKILAFEIGWFDKAENLTGALCSRLAKDANVVRSLVGDRCSLLIQTFSAVTVASTMGLVIAWRLALVMIAVQPLIIFAFYSKRVLLKIMSQKAMKAQEESSKLAAEAVSNLRTVTAFSSQTRILKMLQETQKAPLRESIRQAWYAGFGLAFSQSLIPSTWALAFWYGGTLVSDGHLGEKAFFQTYLILISTGRVIADAGTMTNDLAKGSDAVQSVFEVLDRHTLIEPEDADGNKPKFITGHVEIRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G505040`
TK1151 ID	TkA02G505040
OH-1004 ID	LXL04_013326
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.008 / OH-1004 19.992 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G505040

位置 Chr02:129558802-129560600 (+)

描述 Similar to ABCB15: ABC transporter B family member 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28345`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 15。	暂无已核实直接文献
`At3g28415`	ABC转运蛋白B家族成员22。	暂无已核实直接文献
`At3g28390`	ABC转运蛋白B家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g28380`	ABC转运蛋白B家族成员17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0190300`	推测的多药耐药蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013326 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28345

ath:AT3G28390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.309

排名 1 · TkA02G505040 · TK1151

溶酶体／液泡0.269

排名 2 · TkA02G505040 · TK1151

细胞质0.185

排名 3 · TkA02G505040 · TK1151

内质网0.155

排名 4 · TkA02G505040 · TK1151

高尔基体0.077

排名 5 · TkA02G505040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane1-203 aa

PF07200Mod_r92-134 aa

PF01935DUF87102-143 aa

PF13476AAA_23271-301 aa

PF13555AAA_29274-301 aa

PF00005ABC_tran275-424 aa

PF13175AAA_15275-336 aa

PF02463SMC_N279-302 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G505040	`PF00664`	ABC_membrane	1	203	5.2e-38	132.0
TkA02G505040	`PF07200`	Mod_r	92	134	0.061	14.0
TkA02G505040	`PF01935`	DUF87	102	143	0.31	11.8
TkA02G505040	`PF13476`	AAA_23	271	301	0.035	15.5
TkA02G505040	`PF13555`	AAA_29	274	301	0.00015	22.2
TkA02G505040	`PF00005`	ABC_tran	275	424	8.2e-32	111.4
TkA02G505040	`PF13175`	AAA_15	275	336	0.0008	19.8
TkA02G505040	`PF02463`	SMC_N	279	302	1.2e-06	28.9
TkA02G505040	`PF13481`	AAA_25	281	300	0.15	12.3
TkA02G505040	`PF09818`	ABC_ATPase	283	320	0.073	12.8
TkA02G505040	`PF03193`	RsgA_GTPase	284	304	0.022	15.3
TkA02G505040	`PF01935`	DUF87	284	304	0.31	11.8
TkA02G505040	`PF13401`	AAA_22	285	431	0.0046	18.0
TkA02G505040	`PF13191`	AAA_16	285	440	0.034	15.4
TkA02G505040	`PF06414`	Zeta_toxin	287	326	9.7e-05	22.6
TkA02G505040	`PF13304`	AAA_21	287	307	0.021	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHD1`	拟南芥	sp\|Q9LHD1\|AB15B_ARATH ABC transporter B family member 15	76.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ2`	拟南芥	sp\|Q9LSJ2\|AB22B_ARATH ABC transporter B family member 22	70.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ5`	拟南芥	sp\|Q9LSJ5\|AB18B_ARATH ABC transporter B family member 18	71.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ6`	拟南芥	sp\|Q9LSJ6\|AB17B_ARATH ABC transporter B family member 17	70.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YUU5`	水稻	sp\|Q6YUU5\|MDR_ORYSJ Putative multidrug resistance protein	72.400%	Swiss-Prot	高置信

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