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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G488530
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 124927086-124929445 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2075 bp · TkA02G488530|TK1151|cDNA

AGCAACTCGAAGTCGGACCTGTGAACTGTAATTGTGAAAACAGCGACGACCGACGAGGCGACGACAGTGAAATCTACCGACGACCAGGGAGGCGAGAGGGGAAAAGGTTTTGACGGGATTCAATTTAGTCCACTAGGTCTAGGGGAAAAGGATTTCACGATTTCGTGATTTAGAGAAACGACAAAAGATGGACCAAAAAGGAATAATCGAAATCAACCGTTTATCTCGTTGACCCGACTATATTCACCTGAATGGGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1626 bp · TkA02G488530|TK1151|CDS

ATGGGCCAATCGCCTTCCTCCGACGCGCCGTCGCCGCAGCAGCGGTCGTTCCACCACCGCCCTCGCACACACTCTTCCTCCCATGAACTAGAGACTCTCGGTTTTATGCACAGCAAAAAGGAGCCGTACGATAATACTGCTACTATGATCGATTATACATATGAAATTCCCGATGAATGTCTAGCCCTAGTTTTTCAGTTTCTCTGCTCTGGAGACCGTAAACGCTGCTCACTCGTCTCCCACCGATGGCTACTTGTCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

541 aa · TkA02G488530|TK1151|PROTEIN

MGQSPSSDAPSPQQRSFHHRPRTHSSSHELETLGFMHSKKEPYDNTATMIDYTYEIPDECLALVFQFLCSGDRKRCSLVSHRWLLVEGQSRRRLALNGQSELLSFIPSLFSRFDSITKLGLRCDRRSVSITDDAIILISFRCPNLTRLKLRGCREITDVGMALLAKNCKGLKKFSCGSCMFGAKGFNALLDNCSSLEELSVKRLRSINDSGATEPIGSCAAASSLNSICLKELYNGQLFGPLISNSKKLKTLKLLRCLGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G488530
TK1151 IDTkA02G488530
OH-1004 IDLXL04_013569
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G488530
位置Chr02:124927086-124929445 (+)
描述Similar to SKIP2: F-box protein SKIP2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g67250 SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献
At1g47056 F-盒蛋白 At1g47056。 暂无已核实直接文献
At3g50080 F-box/LRR重复蛋白 16。 暂无已核实直接文献
At4g07400 推定 F-box/LRR 重复蛋白 8。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013569 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0010225 response to UV-C 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G47056
ath:AT3G50080
ath:AT4G07400
ath:AT4G15475
ath:AT5G67250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.565
排名 1 · TkA02G488530 · TK1151
细胞质0.229
排名 2 · TkA02G488530 · TK1151
细胞膜0.169
排名 3 · TkA02G488530 · TK1151
质体0.085
排名 4 · TkA02G488530 · TK1151
内质网0.047
排名 5 · TkA02G488530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24758LRR_At5g5637026-39 aa
PF18511F-box_554-92 aa
PF12937F-box-like55-83 aa
PF00646F-box56-83 aa
PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1110-176 aa
PF25372LRR_FBXL15114-178 aa
PF25142CUB_CDCP1_4th122-157 aa
PF18511F-box_5122-129 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G488530PF24758LRR_At5g5637026394.4e-1246.8
TkA02G488530PF18511F-box_554920.04114.1
TkA02G488530PF12937F-box-like55830.0005620.3
TkA02G488530PF00646F-box56835.7e-0523.6
TkA02G488530PF23622LRR_At1g61320_AtMIF11101760.000919.4
TkA02G488530PF25372LRR_FBXL151141782.1e-1556.8
TkA02G488530PF25142CUB_CDCP1_4th1221570.01816.0
TkA02G488530PF18511F-box_51221290.04114.1
TkA02G488530PF29594LRR_SKP21291996.6e-1452.5
TkA02G488530PF24758LRR_At5g563701392034.4e-1246.8
TkA02G488530PF13516LRR_61421654.8e-1245.7
TkA02G488530PF12799LRR_41431781.1e-0835.8
TkA02G488530PF23952LRR_EndoS1442040.05114.5
TkA02G488530PF25372LRR_FBXL151542952.1e-1556.8
TkA02G488530PF12799LRR_41902061.1e-0835.8
TkA02G488530PF13516LRR_61932114.8e-1245.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FE83拟南芥sp|Q9FE83|SKIP2_ARATH F-box protein SKIP260.800%Swiss-Prot高置信
Q9C626拟南芥sp|Q9C626|FB37_ARATH F-box protein At1g4705656.700%Swiss-Prot高置信
Q9SN10拟南芥sp|Q9SN10|FBL16_ARATH F-box/LRR-repeat protein 1655.300%Swiss-Prot高置信
Q9S9X4拟南芥sp|Q9S9X4|FBL8_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein 855.100%Swiss-Prot高置信

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