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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G453920
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 115591619-115594573 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1547 bp · TkA02G453920|TK1151|cDNA

CGACGTCGTCGCAACTCGCAACTCTGCAACTAAATGTGTGACCCGGCCCAGTAAAGGCCCGAATGCTGTACAAAACCCTACCCCCCTTCTCGGAATTGTCCTCGTCGAAGTCTTCGATATTTTTCCTTGTCGCTTTTCCACCCAAGCCCTAATTCGATCCCCAAATGGATGTGTCGAGGCTGTAATCTGCAATTCCCCATCACTATAGCCATATTATACAAACGGCTGTCTTGCTCATCGCTATATAATCGTTTTTCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

849 bp · TkA02G453920|TK1151|CDS

ATGGCATCTCTGGATATGTCACTCGATGATATGATTAAAAACAGGCGTAATACAGATAGTGGGAGAGGTAGAGGCAGAGGTAGAGGTCGTGGTGGCCGAGGTCAAGGAAGATCTTTTGGTGGTGGAAGAACAACAACAGGGCCACCTCGCAGAGGTCCCCTTGCTGTGAAGGCTCGGCCCTCATCTTATACTATTGCAAAGTCTTTCTGCAGACCAAAGATTTCCAATTGGCAGCAGGGTTTATTTGAAGATAGTCTAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

282 aa · TkA02G453920|TK1151|PROTEIN

MASLDMSLDDMIKNRRNTDSGRGRGRGRGRGGRGQGRSFGGGRTTTGPPRRGPLAVKARPSSYTIAKSFCRPKISNWQQGLFEDSLKAVGLPGFDNGARLNVSNLDIGVTNEDIRELFSEIGELKRYAIHYDKNGRPSGSAEVLFARRSDAFQALKRYNNVQLDGKPMKIEIENSTSEMMPLSARVNVVGGRNGQRTVVMTSGVGRGRGGAVAANCSFGQRIRGGIRNGRNGGAANVRGGRGGGRGRVQSGGRGRGRGRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G453920
TK1151 IDTkA02G453920
OH-1004 IDLXL04_014044
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)84.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G453920
位置Chr02:115591619-115594573 (-)
描述Similar to ALY4: THO complex subunit 4D
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g37720 参与剪接和未剪接 mRNA 核输出的输出适配器。
Arabidopsis coactivator ALY-like proteins, DIP1 and DIP2, interact physically with the DNA-binding domain of the Zn-finger poly(ADP-ribose) polymerase.2001 · DOI: 10.1093/jxb/52.359.1375
ALY proteins participate in multifaceted Nep1Mo-triggered responses in Nicotiana benthamiana and Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru136
At1g66260 导出接头参与剪接和未剪接 mRNA 的核输出。
Arabidopsis coactivator ALY-like proteins, DIP1 and DIP2, interact physically with the DNA-binding domain of the Zn-finger poly(ADP-ribose) polymerase.2001 · DOI: 10.1093/jxb/52.359.1375
At5g02530 参与剪接和未剪接 mRNA 核输出的输出适配器。 暂无已核实直接文献
At5g59950 参与剪接和未剪接 mRNA 核输出的输出适配器。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014044 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006405 RNA export from nucleus 生物过程
GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G66260
ath:AT5G02530
ath:AT5G37720
ath:AT5G59950
xtr:549781
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.930
排名 1 · TkA02G453920 · TK1151
细胞质0.154
排名 2 · TkA02G453920 · TK1151
细胞膜0.014
排名 3 · TkA02G453920 · TK1151
线粒体0.012
排名 4 · TkA02G453920 · TK1151
细胞外0.011
排名 5 · TkA02G453920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13865FoP_duplication13-47 aa
PF17253DUF532021-51 aa
PF08777RRM_3100-167 aa
PF30126YHR127W_C100-172 aa
PF00076RRM_1102-168 aa
PF22976RRM_10104-166 aa
PF28441RRM_11110-180 aa
PF13865FoP_duplication192-210 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G453920PF13865FoP_duplication13473.7e-0628.2
TkA02G453920PF17253DUF532021510.04215.7
TkA02G453920PF08777RRM_31001670.0713.9
TkA02G453920PF30126YHR127W_C1001720.0913.5
TkA02G453920PF00076RRM_11021681e-1145.2
TkA02G453920PF22976RRM_101041660.1512.9
TkA02G453920PF28441RRM_111101800.01316.5
TkA02G453920PF13865FoP_duplication1922103.7e-0628.2
TkA02G453920PF13865FoP_duplication2272793.7e-0628.2
TkA02G453920PF17253DUF53202282620.04215.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6NQ72拟南芥sp|Q6NQ72|THO4D_ARATH THO complex subunit 4D55.300%Swiss-Prot高置信
Q94EH8拟南芥sp|Q94EH8|THO4C_ARATH THO complex subunit 4C47.900%Swiss-Prot中等置信
Q8L719拟南芥sp|Q8L719|THO4B_ARATH THO complex subunit 4B40.200%Swiss-Prot中等置信
Q8L773拟南芥sp|Q8L773|THO4A_ARATH THO complex subunit 4A48.300%Swiss-Prot中等置信

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