TkA02G373370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G373370

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 95049511-95057723 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4875 bp · TkA02G373370|TK1151|cDNA

CTTCGATATGTGCGATTTGATAAAAGGGGACGAGAATAGGGGGAGAGTGAAAACGAAAAACCCTCCCTCCCTCCAAATTGTAAAATCGAATAAGCCAAATCGAAGTAGACGCATTTGGTCGCCACTGTTTCCTTACAGCTGAGACATACAAACTTGAAGATCGGAGTCGGGGTTCTTATTGCTCGAATATAGAAGTACTTGATTGTAACCCTGGTTTTGAGTTTATCTTTGCTTCGAAATGACGACGTATACGTAAACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

4260 bp · TkA02G373370|TK1151|CDS

ATGGAGACGGATAAATGCGAAGAGGAAGAAGATATTGGCAGTACATCAAGTGACTCTTTCATCAATGATGATAGTGACAATAATGAACCCTCAACATCTGGTCAGGATGATGAAGTAAATCTTGAGAAACCGTTGACTGATGAAGATATTGAAAGGCTAATATCCGAGCTCTTGACAGCTGAGAGTAAGGCTGCAGAGGCCCAAGAAGCACTTGAAGATGAGTCATTAGCAAAAGTGGAAGTGGAAGTACGAGAAGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1419 aa · TkA02G373370|TK1151|PROTEIN

METDKCEEEEDIGSTSSDSFINDDSDNNEPSTSGQDDEVNLEKPLTDEDIERLISELLTAESKAAEAQEALEDESLAKVEVEVREELGQSLEGEALENAVADEMVALRDKWEDELDDLETESAHLLEQLDGAGIELPSLYKWIESQAPNGCRTEAWKNRTHWVGSQVTGDATESIADAEKYLQTHRPVKRHHGKLLEEGASGFLQKRLAPEDDKESNKDVNWSSFNELCSSSKNKNSFGSKNWASVYLASTPQQAAELGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G373370`
TK1151 ID	TkA02G373370
OH-1004 ID	LXL04_001628
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	32.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 39.887 / OH-1004 55.714 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G373370

位置 Chr02:95049511-95057723 (+)

描述 Similar to CHR25: Protein CHROMATIN REMODELING 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08600`	参与转录调控和染色质重塑。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000711 meiotic DNA repair synthesis 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0043150 DNA synthesis involved in double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19210

dosa:Os02g0762800

dwi:6642593

gga:424611

hsa:8438

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935

排名 1 · TkA02G373370 · TK1151

细胞质0.147

排名 2 · TkA02G373370 · TK1151

线粒体0.028

排名 3 · TkA02G373370 · TK1151

细胞膜0.021

排名 4 · TkA02G373370 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA02G373370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00271Helicase_C254-268 aa

PF00176SNF2-rel_dom290-326 aa

PF04986Y2_Tnp314-339 aa

PF05887Trypan_PARP379-409 aa

PF17981ADD_ATRX427-453 aa

PF17981ADD_ATRX485-491 aa

PF11737DUF3300508-532 aa

PF04851ResIII527-568 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G373370	`PF00271`	Helicase_C	254	268	6.2e-19	69.0
TkA02G373370	`PF00176`	SNF2-rel_dom	290	326	2.8e-55	188.2
TkA02G373370	`PF04986`	Y2_Tnp	314	339	7.1	7.3
TkA02G373370	`PF05887`	Trypan_PARP	379	409	6.5	7.5
TkA02G373370	`PF17981`	ADD_ATRX	427	453	0.0083	16.6
TkA02G373370	`PF17981`	ADD_ATRX	485	491	0.0083	16.6
TkA02G373370	`PF11737`	DUF3300	508	532	0.17	12.1
TkA02G373370	`PF04851`	ResIII	527	568	2.4e-08	34.8
TkA02G373370	`PF04851`	ResIII	662	851	2.4e-08	34.8
TkA02G373370	`PF00176`	SNF2-rel_dom	667	986	2.8e-55	188.2
TkA02G373370	`PF13872`	AAA_34	685	854	0.00012	21.8
TkA02G373370	`PF11737`	DUF3300	955	1010	0.17	12.1
TkA02G373370	`PF04986`	Y2_Tnp	956	998	7.1	7.3
TkA02G373370	`PF04851`	ResIII	958	982	2.4e-08	34.8
TkA02G373370	`PF13307`	Helicase_C_2	971	1007	0.02	15.7
TkA02G373370	`PF00271`	Helicase_C	1063	1190	6.2e-19	69.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HW51`	拟南芥	sp\|F4HW51\|CHR20_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 20	59.000%	Swiss-Prot	高置信

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