TkA02G162160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G162160

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 41589817-41594845 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3235 bp · TkA02G162160|TK1151|cDNA

CTTGTAGCCACATCTCCTTAATTTGTTGAACCTTCCATTGAGATGAAACCAATCGCATTATCGCACCCTCTTTAATGGAGCCTCCGTAGCCACAGCGTTGATTGCCGCAGGTGGTTGTGGAGGGAGGCGGCTGTGAAGGGAGTGGGGACGGTTTAATGGCCACTACTGTTCAACAACAGGCATGAGGCTAAAGTCATCAAAAGAATTGTTGATGAGATTTCACTACAGTTACGTTACATCAACTTTAGCATTGATGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3057 bp · TkA02G162160|TK1151|CDS

ATGGCATCTTCTTCAACTTCATCCAATCCCAAGAGCTTTAAGTATGACGTGTTTTTAAGTTTTAGTGGTGAAGATACTCGTACCAACTTCACCGATCATCTTTATTCGGCTCTTCAGCAGAAAAACATTTTCACTTTCAGGGATGACGAGAGAATCGGGAAAGGGAAAAGGATAAGTGATGAGCTTATCGGATCCATTGAAGACTCAAAATTCTTCATCATTGTTTTCTCCAAGAACTATGCATCTTCATTTTGGTGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1018 aa · TkA02G162160|TK1151|PROTEIN

MASSSTSSNPKSFKYDVFLSFSGEDTRTNFTDHLYSALQQKNIFTFRDDERIGKGKRISDELIGSIEDSKFFIIVFSKNYASSFWCLDELVKIMECQKTIEQTAYPVFYDVDPSEVRKQIGAVGEAFAKLDKLEATGKWRDALKEATDLAGWEVKKTDDGHEAKVIKRIVDEISLQLRYINFSIDEKLVGMETRINNFVSSLGIASDDVRMIGIWGIGGGGKTTLARVVFNKICFEFECKSFIENIREVSNASLSGLILL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G162160`
TK1151 ID	TkA02G162160
OH-1004 ID	LXL04_016281
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.053 / OH-1004 51.092 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G162160

位置 Chr02:41589817-41594845 (+)

描述 Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11170`	推定的抗病蛋白At4g11170。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016281 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.513

排名 1 · TkA02G162160 · TK1151

细胞核0.304

排名 2 · TkA02G162160 · TK1151

细胞膜0.221

排名 3 · TkA02G162160 · TK1151

内质网0.091

排名 4 · TkA02G162160 · TK1151

质体0.048

排名 5 · TkA02G162160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582TIR14-177 aa

PF26659PH_DUOX14-43 aa

PF13676TIR_217-113 aa

PF25199nSTAND_NTPase5204-225 aa

PF00931NB-ARC205-363 aa

PF13401AAA_22211-313 aa

PF01637ATPase_2211-309 aa

PF13479AAA_24211-238 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G162160	`PF01582`	TIR	14	177	1.4e-48	165.7
TkA02G162160	`PF26659`	PH_DUOX	14	43	0.13	12.6
TkA02G162160	`PF13676`	TIR_2	17	113	4e-14	53.8
TkA02G162160	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	204	225	0.17	12.4
TkA02G162160	`PF00931`	NB-ARC	205	363	1.1e-18	68.1
TkA02G162160	`PF13401`	AAA_22	211	313	0.0087	17.1
TkA02G162160	`PF01637`	ATPase_2	211	309	0.12	12.9
TkA02G162160	`PF13479`	AAA_24	211	238	0.27	11.6
TkA02G162160	`PF00004`	AAA	214	307	0.027	15.6
TkA02G162160	`PF21407`	SduA_N	243	308	0.015	16.2
TkA02G162160	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	288	332	0.17	12.4
TkA02G162160	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	408	472	3.8e-06	27.2
TkA02G162160	`PF23952`	LRR_EndoS	418	431	0.001	20.0
TkA02G162160	`PF23282`	WHD_ROQ1	432	504	2.6e-14	53.9
TkA02G162160	`PF13479`	AAA_24	478	511	0.27	11.6
TkA02G162160	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	532	703	3.8e-06	27.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82500`	拟南芥	sp\|O82500\|Y4117_ARATH Putative disease resistance protein At4g11170	35.300%	Swiss-Prot	中等置信

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