TkA02G098270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G098270

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 25710331-25714831 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2391 bp · TkA02G098270|TK1151|cDNA

ATTGAAAAATTCAGAATCGTCTCACGATTTCTTCCCCAAGTTGCTCTCCAATCGCCGGTCCTACCATTCCCCTCCTATCCTCGTCGACTGCAAAGTACAAAAGCCACCGCCATTGCCACATTGGGAATCATATGAATCTCCCGCGTCTGCTCGATTGAGCCCTAGAAAACCTCAATCACGACTGAATATCCACTTTCCTTGGTTAAGCTCTGAAAACTGATCACTAAACCTAAAAGGTTATAACAACAGACACTCGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · TkA02G098270|TK1151|CDS

ATGTTGGAACCGGTCACCACCGGCCAAACAGACGATCAGGAAGTAGGAACACCGGATAACATGGACGAGAGGAATCCATCCGCGGGGGGACAGCCGAAAGCTGTTAGCCGTAAGGAGAAGCGGAAGGCGTTGAAGAAAGACAAGAGGAAGCAAATAAGGAAGGAGCTAGCTGCAAAAGCTCGCGAAGAGGAGGAAGCTCGTCTTAATGATCCCGAAGAGAAACGAAGGATTGAAATGGAAGAGGAGAGGGAGAAGGAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

639 aa · TkA02G098270|TK1151|PROTEIN

MLEPVTTGQTDDQEVGTPDNMDERNPSAGGQPKAVSRKEKRKALKKDKRKQIRKELAAKAREEEEARLNDPEEKRRIEMEEEREKERLEKERKEFEERERIFLDELQKKKDEEEEEERKNAVERELKLKQEGTEEGADEDDEWEYIEEGPPEIIWQGNEIIVKKNKVKVKKKNIIQSIEKEDLDRPTSNPLPPQSEAYASFKNTPMASTDSLHTVAQQVPNFGTEQDKAHCPFYIKTGACRFGMRCNRVHYYPDKSTTIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G098270`
TK1151 ID	TkA02G098270
OH-1004 ID	LXL04_016842
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G098270

位置 Chr02:25710331-25714831 (+)

描述 Similar to At1g10320: Zinc finger CCCH domain-containing protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10320`	含锌指CCCH结构域蛋白5。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0557500`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 16。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016842 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005689 U12-type spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0034693 U11/U12 snRNP 细胞组分

GO:0089701 U2AF complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10320

dosa:Os02g0557500

hsa:8233

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.957

排名 1 · TkA02G098270 · TK1151

细胞质0.097

排名 2 · TkA02G098270 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA02G098270 · TK1151

内质网0.011

排名 4 · TkA02G098270 · TK1151

线粒体0.008

排名 5 · TkA02G098270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29326RRM_MUD2_C49-81 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L226-247 aa

PF00642zf-CCCH230-250 aa

PF18044zf-CCCH_4230-247 aa

PF18345zf_CCCH_4231-247 aa

PF14608zf-CCCH_2231-250 aa

PF00076RRM_1279-292 aa

PF00076RRM_1294-350 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G098270	`PF29326`	RRM_MUD2_C	49	81	0.011	16.5
TkA02G098270	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	226	247	0.00012	22.7
TkA02G098270	`PF00642`	zf-CCCH	230	250	1.5e-08	35.0
TkA02G098270	`PF18044`	zf-CCCH_4	230	247	0.00099	19.6
TkA02G098270	`PF18345`	zf_CCCH_4	231	247	7.1e-05	23.5
TkA02G098270	`PF14608`	zf-CCCH_2	231	250	0.84	11.0
TkA02G098270	`PF00076`	RRM_1	279	292	0.0002	21.9
TkA02G098270	`PF00076`	RRM_1	294	350	0.0002	21.9
TkA02G098270	`PF18345`	zf_CCCH_4	311	316	7.1e-05	23.5
TkA02G098270	`PF18044`	zf-CCCH_4	312	315	0.00099	19.6
TkA02G098270	`PF29326`	RRM_MUD2_C	321	362	0.011	16.5
TkA02G098270	`PF00642`	zf-CCCH	360	387	1.5e-08	35.0
TkA02G098270	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	361	386	0.00012	22.7
TkA02G098270	`PF18345`	zf_CCCH_4	374	386	7.1e-05	23.5
TkA02G098270	`PF18044`	zf-CCCH_4	375	386	0.00099	19.6
TkA02G098270	`PF14608`	zf-CCCH_2	376	386	0.84	11.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SY74`	拟南芥	sp\|Q9SY74\|C3H5_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5	71.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q6YVX9`	水稻	sp\|Q6YVX9\|C3H16_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 16	61.000%	Swiss-Prot	低置信

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