TkA02G062480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G062480

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 16309910-16311289 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

900 bp · TkA02G062480|TK1151|cDNA

ATGGCTTCAGATATGTTGTTATCAAGAACAAAAAACCAACCAGCTCACTATATGTTAGAGATCGAATCCTTCTCTATTCTTTGTGAAGATCCAACTATTAAAATTGAATCTGATGTTTTTGAAGCCAGCGGTTATAACTGGAGACTTGATTTATATCCAAATAGACGCGATGAAGAAAACGGGACCAATCACATATCTTTGTATTTGATAGCGTGCGAGATCATAACAGCGCCTATAGAAAAGATGTCGCAAGAACAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

900 bp · TkA02G062480|TK1151|CDS

ATGGCTTCAGATATGTTGTTATCAAGAACAAAAAACCAACCAGCTCACTATATGTTAGAGATCGAATCCTTCTCTATTCTTTGTGAAGATCCAACTATTAAAATTGAATCTGATGTTTTTGAAGCCAGCGGTTATAACTGGAGACTTGATTTATATCCAAATAGACGCGATGAAGAAAACGGGACCAATCACATATCTTTGTATTTGATAGCGTGCGAGATCATAACAGCGCCTATAGAAAAGATGTCGCAAGAACAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

299 aa · TkA02G062480|TK1151|PROTEIN

MASDMLLSRTKNQPAHYMLEIESFSILCEDPTIKIESDVFEASGYNWRLDLYPNRRDEENGTNHISLYLIACEIITAPIEKMSQEQVHFDVKFFLYDHIGRNYVTFQDVDGKRISFHKNQTKWGFDKLISVGKFRESSNGYLFDDSCVFGVEVLAVPKNKLKDRILSMINPPATMNTYSWIVDKFSAVTNTTSVDSEVFKIGKVKWILSLYRGNYILSRDLVMYLKLHKPELLPDSWKVYAKFEVRVKNQSGYDDRVTGY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G062480`
TK1151 ID	TkA02G062480
OH-1004 ID	LXL04_017258
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.662 / OH-1004 95.765 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G062480

位置 Chr02:16309910-16311289 (+)

描述 Similar to UBP12: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At3g11910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017258 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0070646 protein modification by small protein removal 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11910

ath:AT3G58270

ath:AT5G06600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.577

排名 1 · TkA02G062480 · TK1151

细胞质0.460

排名 2 · TkA02G062480 · TK1151

细胞膜0.095

排名 3 · TkA02G062480 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA02G062480 · TK1151

细胞外0.027

排名 5 · TkA02G062480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486MATH_216-153 aa

PF00917MATH34-153 aa

PF21355TRAF-mep_MATH41-70 aa

PF21355TRAF-mep_MATH113-146 aa

PF22486MATH_2177-253 aa

PF00917MATH182-290 aa

PF22486MATH_2265-289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G062480	`PF22486`	MATH_2	16	153	5.5e-40	137.5
TkA02G062480	`PF00917`	MATH	34	153	9e-17	62.1
TkA02G062480	`PF21355`	TRAF-mep_MATH	41	70	0.18	12.9
TkA02G062480	`PF21355`	TRAF-mep_MATH	113	146	0.18	12.9
TkA02G062480	`PF22486`	MATH_2	177	253	5.5e-40	137.5
TkA02G062480	`PF00917`	MATH	182	290	9e-17	62.1
TkA02G062480	`PF22486`	MATH_2	265	289	5.5e-40	137.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FPT1`	拟南芥	sp\|Q9FPT1\|UBP12_ARATH Ubiquitin C-terminal hydrolase 12	35.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q84WU2`	拟南芥	sp\|Q84WU2\|UBP13_ARATH Ubiquitin C-terminal hydrolase 13	31.300%	Swiss-Prot	低置信

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