TkA02G028720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G028720

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 6958643-6963513 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2028 bp · TkA02G028720|TK1151|cDNA

ATTTTGAGTGCAAATACAAAAAGACATAATGCAAAACAAAACAAAACCAAAATCAAAATCAAAATCAAATCCCACGACTTTCTTAAATAAAAATCTTGAAAATGGAAACACTCAGATTCACCACAATTTTTGTTTTAGTCACGAGTCAGTAGTCACAGCCTGATTCCATATTTGTTGCCGAGTCCACTGCTCATTCGACGACTCCATTTTCTCTCTCTCCCTCTTCCCATCTTCATAAATGGCGAAGTGGACTCTCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1581 bp · TkA02G028720|TK1151|CDS

ATGGACGCCGAAGCAGACTCCGCCGAAAACACCATCGCCTCTTCTTCTCATTCATCCTTACAACAACCACCGACCACCATTCAATTTCCAGTCAACCTCGCCTGCAGTTCCGTAGTCGCGTCCGACGAAAATAAACAGACGATGGATTTCTTCGCCGATAGAAAGGACGTAGATGAACAGTCAAACTTTGACTGTGATACCTCCGATCATCGTCATCATACTATCAACACTGGATTGCATCTTCTTACTCGAAGTACGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

526 aa · TkA02G028720|TK1151|PROTEIN

MDAEADSAENTIASSSHSSLQQPPTTIQFPVNLACSSVVASDENKQTMDFFADRKDVDEQSNFDCDTSDHRHHTINTGLHLLTRSTSTDESVPDEGMSLDSKRTTMDAIHHFKQQLQEEMRENQRLKQELNKARLNYEALITAIKQKQEKNLDEFRKPSIDGGGGEIPFFGLADPVAMEIDENSRSSSEGRNHDEVSRKPINNHIYGKDQREESPEQALMCSNKVMRLNDVKTNDDGNIDQATEATIRKARVSVRARSEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G028720`
TK1151 ID	TkA02G028720
OH-1004 ID	LXL04_017563
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G028720

位置 Chr02:6958643-6963513 (+)

描述 Similar to WRKY6: WRKY transcription factor 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62300`	转录因子参与衰老和病原体防御相关过程的控制。	Targets of AtWRKY6 regulation during plant senescence and pathogen defense.2002 · DOI: 10.1101/gad.222702 WRKY42 modulates phosphate homeostasis through regulating phosphate translocation and acquisition in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.253799
`At4g04450`	转录因子。	WRKY42 modulates phosphate homeostasis through regulating phosphate translocation and acquisition in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.253799
`At4g22070`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g01720`	转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0137500`	转录因子，作为叶片衰老的正向调节因子。	OsWRKY5 Promotes Rice Leaf Senescence via Senescence-Associated NAC and Abscisic Acid Biosynthesis Pathway.2019 · DOI: 10.3390/ijms20184437 Inactivating transcription factor OsWRKY5 enhances drought tolerance through abscisic acid signaling pathways.2022 · DOI: 10.1093/plphys/kiab492

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017563 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080169 cellular response to boron-containing substance deprivation 生物过程

GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程

GO:1901527 abscisic acid-activated signaling pathway involved in stomatal movement 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62300

ath:AT4G01720

ath:AT4G04450

ath:AT4G22070

osa:107276141

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.961

排名 1 · TkA02G028720 · TK1151

细胞质0.112

排名 2 · TkA02G028720 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA02G028720 · TK1151

线粒体0.011

排名 4 · TkA02G028720 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA02G028720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12186AcylCoA_dehyd_C35-54 aa

PF06156YabA104-148 aa

PF29379ATG38_C110-150 aa

PF12186AcylCoA_dehyd_C113-155 aa

PF03106WRKY265-322 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G028720	`PF12186`	AcylCoA_dehyd_C	35	54	0.24	12.2
TkA02G028720	`PF06156`	YabA	104	148	0.34	12.2
TkA02G028720	`PF29379`	ATG38_C	110	150	0.25	12.1
TkA02G028720	`PF12186`	AcylCoA_dehyd_C	113	155	0.24	12.2
TkA02G028720	`PF03106`	WRKY	265	322	1.3e-25	90.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C519`	拟南芥	sp\|Q9C519\|WRKY6_ARATH WRKY transcription factor 6	45.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9XEC3`	拟南芥	sp\|Q9XEC3\|WRK42_ARATH WRKY transcription factor 42	47.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93WT0`	拟南芥	sp\|Q93WT0\|WRK31_ARATH Probable WRKY transcription factor 31	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZSI7`	拟南芥	sp\|Q9ZSI7\|WRK47_ARATH Probable WRKY transcription factor 47	44.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q75L34`	水稻	sp\|Q75L34\|WRKY5_ORYSJ Transcription factor WRKY5	38.100%	Swiss-Prot	中等置信

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