TkA01G638430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G638430

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 161573344-161574607 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

354 bp · TkA01G638430|TK1151|cDNA

ATGGGCCCATTTCGCATATTGAGTTTTGACATTGAGTGTGCGGGTCGTAAGGGCCTTTTCCCTGAACCTACACATGATCCTGTTATTCAGATTGCAAATCTGGTGACCCTGCAGGGAGAGGAACAACCGTTTGTGAAAAATGTCATGACCTTAAAATCATGTTCACCAATTGTTGGTGTTGATGTCATGTCATTCGACACAGAGAGAGAAGTTTTACTGGCTTGGAGGGTAATACAATATGGTACAAGGGAAAGTAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

354 bp · TkA01G638430|TK1151|CDS

ATGGGCCCATTTCGCATATTGAGTTTTGACATTGAGTGTGCGGGTCGTAAGGGCCTTTTCCCTGAACCTACACATGATCCTGTTATTCAGATTGCAAATCTGGTGACCCTGCAGGGAGAGGAACAACCGTTTGTGAAAAATGTCATGACCTTAAAATCATGTTCACCAATTGTTGGTGTTGATGTCATGTCATTCGACACAGAGAGAGAAGTTTTACTGGCTTGGAGGGTAATACAATATGGTACAAGGGAAAGTAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

117 aa · TkA01G638430|TK1151|PROTEIN

MGPFRILSFDIECAGRKGLFPEPTHDPVIQIANLVTLQGEEQPFVKNVMTLKSCSPIVGVDVMSFDTEREVLLAWRVIQYGTRESKEVTLEGRVQFDLLQVPVEDGHCAKMGKMMGT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G638430`
TK1151 ID	TkA01G638430
OH-1004 ID	LXL04_000052
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.690 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G638430

位置 Chr01:161573344-161574607 (-)

描述 Similar to POLD1: DNA polymerase delta catalytic subunit

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63960`	该聚合酶具有两种酶活性：DNA 合成（聚合酶）和一种外切酶活性，可在 3'-到 5' 方向降解单链 DNA。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0186400`	该聚合酶具有两种酶活性：DNA 合成（聚合酶）和一种外切酶活性，可在 3'-到 5' 方向降解单链 DNA。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000052 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006278 RNA-templated DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006297 nucleotide-excision repair, DNA gap filling 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0043137 DNA replication, removal of RNA primer 生物过程

GO:0045004 DNA replication proofreading 生物过程

GO:1903459 mitotic DNA replication lagging strand elongation 生物过程

GO:1904161 DNA synthesis involved in UV-damage excision repair 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0043625 delta DNA polymerase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63960

dme:Dmel_CG5949

dosa:Os11g0186400

gmx:548092

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.486

排名 1 · TkA01G638430 · TK1151

细胞核0.375

排名 2 · TkA01G638430 · TK1151

线粒体0.135

排名 3 · TkA01G638430 · TK1151

细胞外0.086

排名 4 · TkA01G638430 · TK1151

细胞膜0.062

排名 5 · TkA01G638430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03104DNA_pol_B_exo13-75 aa

PF03104DNA_pol_B_exo177-101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G638430	`PF03104`	DNA_pol_B_exo1	3	75	4e-20	73.0
TkA01G638430	`PF03104`	DNA_pol_B_exo1	77	101	4e-20	73.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVN7`	拟南芥	sp\|Q9LVN7\|DPOD1_ARATH DNA polymerase delta catalytic subunit	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LRE6`	水稻	sp\|Q9LRE6\|DPOD1_ORYSJ DNA polymerase delta catalytic subunit	56.300%	Swiss-Prot	高置信

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