TkA01G526800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G526800

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 132247738-132250845 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2683 bp · TkA01G526800|TK1151|cDNA

CCCATACTATACGCAACTTCACTCATTCAGTTACTTGTTATATATACCACGCCTTACCCACTCCTCTCTTTTCACACCCAAAATGCCCGCCATTGCCAACACCTTCTTTCTCATTCTTTTCCTCTTGGGTGTCTCTTGGCCTGCCGAAACTGCCGACCGCCGCCCATTTGCATGCCGCCATGGAGACGCCGCCGTCAAGGACTTGCCGTTTTGCAACGTTCACTTGCCGATCGCAGAGAGAGTGAACGATTTGCTCCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2307 bp · TkA01G526800|TK1151|CDS

ATGCCCGCCATTGCCAACACCTTCTTTCTCATTCTTTTCCTCTTGGGTGTCTCTTGGCCTGCCGAAACTGCCGACCGCCGCCCATTTGCATGCCGCCATGGAGACGCCGCCGTCAAGGACTTGCCGTTTTGCAACGTTCACTTGCCGATCGCAGAGAGAGTGAACGATTTGCTCCGGCGTCTGACGGTGAAAGAGAAAGTTGGGTTGTTGGTGGATAACGCGACGGCGGTGCCCCGGCTGGGGATCCAAGAGTATGAGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

768 aa · TkA01G526800|TK1151|PROTEIN

MPAIANTFFLILFLLGVSWPAETADRRPFACRHGDAAVKDLPFCNVHLPIAERVNDLLRRLTVKEKVGLLVDNATAVPRLGIQEYEWWSEALHGVSNVGPGTKFGGDFPGATAFPQVITTAASFNVTLWEEIGRVVSDEARAMYNGGVAGLTYWSPNVNIFRDPRWGRGQETPGEDPIVAGEYAARYVRGLQGNLPGDRLKVAACCKHYTAYDLDNWSGVDRFHFNAKVSKQEMVDTFEVPFRECVMQGKVASVMCSYNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G526800`
TK1151 ID	TkA01G526800
OH-1004 ID	LXL04_001545
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G526800

位置 Chr01:132247738-132250845 (-)

描述 Similar to BXL2: Probable beta-D-xylosidase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02640`	可能参与维管束发育过程中木聚糖的重塑。	暂无已核实直接文献
`At5g49360`	参与粘液分泌细胞中的果胶阿拉伯聚糖修饰。	AtBXL1, a novel higher plant (Arabidopsis thaliana) putative beta-xylosidase gene, is involved in secondary cell wall metabolism and plant development.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01654.x AtBXL1 encodes a bifunctional beta-D-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase required for pectic arabinan modification in Arabidopsis mucilage secretory cells.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.138388
`At5g64570`	β-D-木糖苷酶，对天然底物木糖二糖显示最佳效率。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001545 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0031222 arabinan catabolic process 生物过程

GO:0045493 xylan catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02640

ath:AT5G49360

ath:AT5G64570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.786

排名 1 · TkA01G526800 · TK1151

细胞质0.063

排名 2 · TkA01G526800 · TK1151

溶酶体／液泡0.059

排名 3 · TkA01G526800 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA01G526800 · TK1151

高尔基体0.031

排名 5 · TkA01G526800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00933Glyco_hydro_3109-325 aa

PF01915Glyco_hydro_3_C394-624 aa

PF14310Fn3-like685-751 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G526800	`PF00933`	Glyco_hydro_3	109	325	4e-35	122.5
TkA01G526800	`PF01915`	Glyco_hydro_3_C	394	624	7.1e-52	177.0
TkA01G526800	`PF14310`	Fn3-like	685	751	1.2e-07	32.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94KD8`	拟南芥	sp\|Q94KD8\|BXL2_ARATH Probable beta-D-xylosidase 2	70.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FGY1`	拟南芥	sp\|Q9FGY1\|BXL1_ARATH Beta-D-xylosidase 1	66.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLG1`	拟南芥	sp\|Q9FLG1\|BXL4_ARATH Beta-D-xylosidase 4	58.700%	Swiss-Prot	高置信

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