TkA01G521680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G521680

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 130843998-130844357 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · TkA01G521680|TK1151|cDNA

ATGAAAGTTCTCTTAGACAAGTTCCAAGGCGGCGACGGTGGTGCTAGCGGTGGGTTTTTCGTAATTGTCGGATGGCTCGCTCAGGAATTCCTAAAGCAAAAGCTAGAAAACGACTCGGATTACGCAAAACCTGCAATGAATACGGGAATTGAGAGGAAGGAAGAGGCGTATGCCGGATCTAAGAAAAAGAATTTGCCGGAAAACGGGATTCTGATCAGCGGTTGCCAAACACATGAGACGTCGACGGATGCTACACCAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · TkA01G521680|TK1151|CDS

ATGAAAGTTCTCTTAGACAAGTTCCAAGGCGGCGACGGTGGTGCTAGCGGTGGGTTTTTCGTAATTGTCGGATGGCTCGCTCAGGAATTCCTAAAGCAAAAGCTAGAAAACGACTCGGATTACGCAAAACCTGCAATGAATACGGGAATTGAGAGGAAGGAAGAGGCGTATGCCGGATCTAAGAAAAAGAATTTGCCGGAAAACGGGATTCTGATCAGCGGTTGCCAAACACATGAGACGTCGACGGATGCTACACCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · TkA01G521680|TK1151|PROTEIN

MKVLLDKFQGGDGGASGGFFVIVGWLAQEFLKQKLENDSDYAKPAMNTGIERKEEAYAGSKKKNLPENGILISGCQTHETSTDATPGGNKVEAYGALSNAIQTIHGERERERERVSFIF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G521680`
TK1151 ID	TkA01G521680
OH-1004 ID	LXL04_010428
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	89.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.916 / OH-1004 26.128 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G521680

位置 Chr01:130843998-130844357 (-)

描述 Similar to AMC4: Metacaspase-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79340`	半胱氨酸蛋白酶，可特异性切割精氨酸或赖氨酸残基。	Calcium-dependent activation and autolysis of Arabidopsis metacaspase 2d.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.194340 Arabidopsis metacaspase 2d is a positive mediator of cell death induced during biotic and abiotic stresses.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04554.x
`At1g79330`	半胱氨酸蛋白酶，可特异性切割精氨酸或赖氨酸残基。	Two Arabidopsis metacaspases AtMCP1b and AtMCP2b are arginine/lysine-specific cysteine proteases and activate apoptosis-like cell death in yeast.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m413527200
`At1g79320`	甲型半胱天冬酶-6。	暂无已核实直接文献
`At1g79310`	疏类半胱天冬酶-7。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010428 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0010421 hydrogen peroxide-mediated programmed cell death 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0016540 protein autoprocessing 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16420

ath:AT1G79310

ath:AT1G79320

ath:AT1G79330

ath:AT1G79340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.385

排名 1 · TkA01G521680 · TK1151

细胞质0.377

排名 2 · TkA01G521680 · TK1151

线粒体0.146

排名 3 · TkA01G521680 · TK1151

细胞膜0.139

排名 4 · TkA01G521680 · TK1151

内质网0.081

排名 5 · TkA01G521680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00656Peptidase_C1445-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G521680	`PF00656`	Peptidase_C14	45	109	0.097	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64517`	拟南芥	sp\|O64517\|MCA4_ARATH Metacaspase-4	55.800%	Swiss-Prot	高置信
`O64518`	拟南芥	sp\|O64518\|MCA5_ARATH Metacaspase-5	53.800%	Swiss-Prot	高置信
`O64519`	拟南芥	sp\|O64519\|MCA6_ARATH Metacaspase-6	56.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6XPT5`	拟南芥	sp\|Q6XPT5\|MCA7_ARATH Metacaspase-7	37.400%	Swiss-Prot	中等置信

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