TkA01G520310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G520310

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 130446103-130450026 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2177 bp · TkA01G520310|TK1151|cDNA

CGACTACTCTTAAACTGAACTTGTACGCCACAGTTGACCTTCCATTAAACGGATCTTGGAGCGGTTTTGGCATGGATCATTCAGATATGACATCAAATTACTGTTGGAAAACCTGAGAAATCCATGGCAACTTCTCCGCTCCAACACCGCTTCCCCCTCTATCAAAAAAAGTACGTACCTTGTTGTCTATGCTAAGAAGAAGAAGAAAACAAGGAAAGAATAATAAGAAACAAGATCTATAATTTCATAATGGGGAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · TkA01G520310|TK1151|CDS

ATGAAAAGAGGGAAGTTTCAATTTCGAGTCCTACATCTTTTAAATTCAATGCACAAGCACCCGAATTTGTACCAAGTTCCCGCACCCAATCTCCGGTTTCAGGATACTATTACCCGTATTTTAGTTACATGGGTATGGGTGGGAACGATGGGAGTGGGTCGGCTGATTGGATCTTATACCAGCACTACTGATCAAGATCAACAAATGCATCTTTTTACGAACCCTAATGTTTTGATCCCCAACTATTCGACGAAAGTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

395 aa · TkA01G520310|TK1151|PROTEIN

MKRGKFQFRVLHLLNSMHKHPNLYQVPAPNLRFQDTITRILVTWVWVGTMGVGRLIGSYTSTTDQDQQMHLFTNPNVLIPNYSTKVLNEDLQQKIIKQVEYQFSGLSLLANESLVKHISKDPEGYVPISVIASMKKIKSCITNNHLLAQALRSSSKLVVSNDGKKVRRRHPFTEKDKEELQSRTVVGENLPEDHSHQNLEKIFSVVGSVKAIRICHPPEPNSSHSKGEYVFSNKLHALVEYETTETAEKAVEKLNDERNW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G520310`
TK1151 ID	TkA01G520310
OH-1004 ID	LXL04_001652
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.595 / OH-1004 83.491 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G520310

位置 Chr01:130446103-130450026 (-)

描述 Similar to LARP6C: La-related protein 6C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19090`	转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`At2g43970`	转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g46250`	转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`At4g32720`	与新生RNA聚合酶III转录本的3' poly(U)末端结合，保护其不被外切酶消化，并促进其折叠和成熟。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001652 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000494 box C/D sno(s)RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0032897 negative regulation of viral transcription 生物过程

GO:0036093 germ cell proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19090

ath:AT5G46250

dre:334956

mmu:28036

rno:686883

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.564

排名 1 · TkA01G520310 · TK1151

细胞质0.396

排名 2 · TkA01G520310 · TK1151

细胞膜0.058

排名 3 · TkA01G520310 · TK1151

线粒体0.048

排名 4 · TkA01G520310 · TK1151

内质网0.041

排名 5 · TkA01G520310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05383La95-153 aa

PF23683U_exon158-181 aa

PF00076RRM_1189-256 aa

PF28976RRM_ACIN1234-257 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G520310	`PF05383`	La	95	153	1.5e-16	60.7
TkA01G520310	`PF23683`	U_exon	158	181	0.15	12.9
TkA01G520310	`PF00076`	RRM_1	189	256	6.3e-09	36.3
TkA01G520310	`PF28976`	RRM_ACIN1	234	257	0.23	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHL3`	拟南芥	sp\|Q9LHL3\|LRP6C_ARATH La-related protein 6C	53.900%	Swiss-Prot	高置信
`O80567`	拟南芥	sp\|O80567\|LRP6B_ARATH La-related protein 6B	40.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94A38`	拟南芥	sp\|Q94A38\|LRP6A_ARATH La-related protein 6A	35.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93ZV7`	拟南芥	sp\|Q93ZV7\|LA1_ARATH La protein 1	28.300%	Swiss-Prot	低置信

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