TkA01G493860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G493860

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 123564566-123565483 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

918 bp · TkA01G493860|TK1151|cDNA

ATGGCGGAGCTGGACCGCAAGACGACGGATCTGCCACCGGACATACTATTCTCCAACATACTACCAAGGCTGCCGCCCAAATCTCTATCACGTTTCAAGTGTGTTTCAAAGCAATGGCACTCCTTCCTACGATCCCCCTGGTTTCTCCAAATGCACATACTCCATGCAAAAAACACTCAAAATGAGAAGTATATTTTCTTACCTAAAACAAGACCATGGGATTTCCGCGCCATCGACTGTGAAACACCCGAAGATGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA01G493860|TK1151|CDS

ATGGCGGAGCTGGACCGCAAGACGACGGATCTGCCACCGGACATACTATTCTCCAACATACTACCAAGGCTGCCGCCCAAATCTCTATCACGTTTCAAGTGTGTTTCAAAGCAATGGCACTCCTTCCTACGATCCCCCTGGTTTCTCCAAATGCACATACTCCATGCAAAAAACACTCAAAATGAGAAGTATATTTTCTTACCTAAAACAAGACCATGGGATTTCCGCGCCATCGACTGTGAAACACCCGAAGATGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

305 aa · TkA01G493860|TK1151|PROTEIN

MAELDRKTTDLPPDILFSNILPRLPPKSLSRFKCVSKQWHSFLRSPWFLQMHILHAKNTQNEKYIFLPKTRPWDFRAIDCETPEDGFTTSRPFPFKVGLRQKISILSSVNGLVCVGIVNSWTLDEKISHIILWNPVTNDQKTFPKYRSPRCYIKDLHKYELYYSFSENDYKLIWVSHLRNVRIFSLKSNKWRKIMVKRKLSSSDSVSYDIMSSVMSNEKFHFLRNFFVFEGGDEKVRLGNDERRDFMGFLDLKGRTYFCV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G493860`
TK1151 ID	TkA01G493860
OH-1004 ID	LXL04_001963
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.475 / OH-1004 75.269 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G493860

位置 Chr01:123564566-123565483 (-)

描述 Similar to At1g47790: Putative F-box protein At1g47790

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47790`	推测的F-box蛋白 At1g47790。	暂无已核实直接文献
`At5g62510`	F-box 蛋白 At5g62510。	暂无已核实直接文献
`At3g06240`	F-box/kelch 重复蛋白 At3g06240。	暂无已核实直接文献
`At3g49450`	F-box 蛋白 At3g49450。	暂无已核实直接文献
`At3g10240`	推测的 F-box 蛋白 At3g10240。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001963 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11620

ath:AT1G12870

ath:AT1G47790

ath:AT1G53370

ath:AT1G60370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.482

排名 1 · TkA01G493860 · TK1151

细胞核0.453

排名 2 · TkA01G493860 · TK1151

内质网0.104

排名 3 · TkA01G493860 · TK1151

细胞膜0.094

排名 4 · TkA01G493860 · TK1151

线粒体0.054

排名 5 · TkA01G493860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box10-49 aa

PF12937F-box-like10-46 aa

PF01344Kelch_128-41 aa

PF08268FBA_3101-199 aa

PF24814WD40_Prp19164-215 aa

PF01344Kelch_1177-194 aa

PF00646F-box188-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G493860	`PF00646`	F-box	10	49	4.4e-06	27.1
TkA01G493860	`PF12937`	F-box-like	10	46	1.4e-05	25.5
TkA01G493860	`PF01344`	Kelch_1	28	41	0.27	11.5
TkA01G493860	`PF08268`	FBA_3	101	199	2.6e-05	24.1
TkA01G493860	`PF24814`	WD40_Prp19	164	215	0.06	13.1
TkA01G493860	`PF01344`	Kelch_1	177	194	0.27	11.5
TkA01G493860	`PF00646`	F-box	188	196	4.4e-06	27.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZF8`	拟南芥	sp\|Q9FZF8\|FB44_ARATH Putative F-box protein At1g47790	28.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FJJ4`	拟南芥	sp\|Q9FJJ4\|FB298_ARATH F-box protein At5g62510	32.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GXC7`	拟南芥	sp\|Q8GXC7\|FBK50_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g06240	25.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SCL2`	拟南芥	sp\|Q9SCL2\|FB197_ARATH F-box protein At3g49450	28.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SS35`	拟南芥	sp\|Q9SS35\|FB137_ARATH Putative F-box protein At3g10240	27.500%	Swiss-Prot	低置信

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