TkA01G483260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G483260

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 120979745-120984736 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3506 bp · TkA01G483260|TK1151|cDNA

CTCACAATTCCTTCTTTCCGGCTCAAATCCCCTGCTGAATTGCTGGCACTGACGAGAGAGGTGTTCTTTTGCTTCCATTGTTGCACTCTCTCCGCGTTTACAATCGATCTGCACGCAGTTCACTGGGTACACGAAATCAGTCCATTTCATCCTGACACCCTCGAATCATACATCTTCTATCGATTTTCTTGATATATTATCTGATAGTTGTTTTGGGGGTTTTAAATAAATGTTCTTGCGGCAACTCCACTTTCAAATTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2574 bp · TkA01G483260|TK1151|CDS

ATGGCCTGGTTTAGTGGGAAGGTCACATTAGGGAACTTGGATTTTGCTGGTGCGGTTAACAAACTTAGTGAGAGTGTTAAAACCATTGAAAAGAATTTCGATAATGCCCTTGGGATTGAAGAAGAGAACCCTAATGGCGATTCTTCCACCTCTCAAGGGTTATGGTCTACGGATTTAATGTCATTTATGGGCCCTAAAGATGAAGAAGAAGATGATGATAAAAAGTCCTCAGAAAATAAAATTGAACCTTCAGAGAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

857 aa · TkA01G483260|TK1151|PROTEIN

MAWFSGKVTLGNLDFAGAVNKLSESVKTIEKNFDNALGIEEENPNGDSSTSQGLWSTDLMSFMGPKDEEEDDDKKSSENKIEPSEKHESSNPVTSSQDNEMAETDVETLKPKEHQETDNLISEEAKSTVERDTVIDKQADVERSKEQIEVGDNLQAEPSVDHVDHAESASPEDQVADPNEANPVIDLQKTEDEVKKEEEEESMGDVSDGQTGNVTRQHEAQSALSDVASVQVSDEDSVDEVEKVKREMKLMESALFGAAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G483260`
TK1151 ID	TkA01G483260
OH-1004 ID	LXL04_032130
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.767 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G483260

位置 Chr01:120979745-120984736 (-)

描述 Similar to GC5: Golgin candidate 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79830`	高尔基体基质蛋白在将囊泡束缚到高尔基体膜和维持高尔基体的整体结构中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032130 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001675 acrosome assembly 生物过程

GO:0001819 positive regulation of cytokine production 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007286 spermatid development 生物过程

GO:0007289 spermatid nucleus differentiation 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0030317 flagellated sperm motility 生物过程

GO:0030521 androgen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0032275 luteinizing hormone secretion 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0061136 regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79830

hsa:7110

mmu:232286

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.545

排名 1 · TkA01G483260 · TK1151

细胞质0.500

排名 2 · TkA01G483260 · TK1151

内质网0.121

排名 3 · TkA01G483260 · TK1151

细胞核0.101

排名 4 · TkA01G483260 · TK1151

细胞膜0.084

排名 5 · TkA01G483260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12325TMF_TATA_bd19-31 aa

PF12329TMF_DNA_bd97-119 aa

PF24319DUF7491114-142 aa

PF12325TMF_TATA_bd115-146 aa

PF24423OVT1116-119 aa

PF24319DUF7491188-252 aa

PF12325TMF_TATA_bd195-208 aa

PF12329TMF_DNA_bd220-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G483260	`PF12325`	TMF_TATA_bd	19	31	1.1e-28	100.4
TkA01G483260	`PF12329`	TMF_DNA_bd	97	119	2.8e-13	50.4
TkA01G483260	`PF24319`	DUF7491	114	142	0.00097	20.0
TkA01G483260	`PF12325`	TMF_TATA_bd	115	146	1.1e-28	100.4
TkA01G483260	`PF24423`	OVT1	116	119	0.027	15.6
TkA01G483260	`PF24319`	DUF7491	188	252	0.00097	20.0
TkA01G483260	`PF12325`	TMF_TATA_bd	195	208	1.1e-28	100.4
TkA01G483260	`PF12329`	TMF_DNA_bd	220	251	2.8e-13	50.4
TkA01G483260	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	221	249	0.002	17.8
TkA01G483260	`PF24319`	DUF7491	237	326	0.00097	20.0
TkA01G483260	`PF12325`	TMF_TATA_bd	240	292	1.1e-28	100.4
TkA01G483260	`PF07244`	POTRA	242	260	0.48	11.9
TkA01G483260	`PF12329`	TMF_DNA_bd	259	326	2.8e-13	50.4
TkA01G483260	`PF24423`	OVT1	259	344	0.027	15.6
TkA01G483260	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	266	351	0.002	17.8
TkA01G483260	`PF24319`	DUF7491	269	357	0.00097	20.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVL7`	拟南芥	sp\|Q0WVL7\|GOGC5_ARATH Golgin candidate 5	55.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情