TkA01G474300 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G474300

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 118702933-118704751 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1332 bp · TkA01G474300|TK1151|cDNA

CGAAAATATGGGTTGCACACTTGCAGTTGCCTTTTCCTTTACTTTTAATAAATCTGTTAACATTGTTACCGATTTTGACGATCCTAACCGAAAAGTTTCGGATTTAGATCCACCTCTTTCACATGATCCACTTTTCTTAAAAAATATCTACATCCACCGGCCCCATTTCAACACACAAACTCATCATTATTACAATATTCCTGTTTCTGGAGACTTCTTGCGGCCTTAATCGTCGAATGTATGGCATCCCCAACCTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

537 bp · TkA01G474300|TK1151|CDS

ATGGATGGTAACGGAGAAAAAAACATCGATTTTTATGAAGTTTTGGGGTTGAAGAAGGAATGCACGTTAGCGGAGCTCAAGAATGCCTACAAGAAGCTAGCAATGAGATGGCACCCTGATCGCTGTTCGGCCTCCGGTAATTCGAAGTACGTTGAAGAAGCGAAAAAGAAGTTTCAGGCAATCCAAGAAGCCTATTCTGTACTTTCCGACGAGAACAAAAGATTTTTGTACGACGTCGGAATTAATGACAGCGACGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

178 aa · TkA01G474300|TK1151|PROTEIN

MDGNGEKNIDFYEVLGLKKECTLAELKNAYKKLAMRWHPDRCSASGNSKYVEEAKKKFQAIQEAYSVLSDENKRFLYDVGINDSDDDTDGMADFLNEMATMMNQNKPNVETSFEELKDLFKEMFESDIESSFGLSSETKSFAAINKRGSSEMSKSMVDDGWCFKTDDDHGRYKERRKV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G474300`
TK1151 ID	TkA01G474300
OH-1004 ID	LXL04_032275
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	63.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.438 / OH-1004 92.925 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G474300`
位置	Chr01:118702933-118704751 (+)
描述	Similar to dnaJ: Chaperone protein DnaJ (Thermotoga neapolitana (strain ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032275` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006457 protein folding 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程 GO:0042026 protein refolding 生物过程 GO:0045109 intermediate filament organization 生物过程 GO:0090084 negative regulation of inclusion body assembly 生物过程 GO:1900034 regulation of cellular response to heat 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:10049 hsm:HSM_0367 hso:HS_1195 tna:CTN_1726 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.516

排名 1 · TkA01G474300 · TK1151

细胞核0.512

排名 2 · TkA01G474300 · TK1151

内质网0.052

排名 3 · TkA01G474300 · TK1151

细胞膜0.050

排名 4 · TkA01G474300 · TK1151

线粒体0.048

排名 5 · TkA01G474300 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12725DUF38109-73 aa

PF00226DnaJ10-78 aa

PF30912TIM141_C14-58 aa

PF08664YcbB22-42 aa

PF31247HAUS823-122 aa

PF04546Sigma70_ner45-69 aa

PF25101Spectrin_746-106 aa

PF12725DUF381078-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G474300	`PF12725`	DUF3810	9	73	0.037	14.2
TkA01G474300	`PF00226`	DnaJ	10	78	7.3e-22	78.0
TkA01G474300	`PF30912`	TIM141_C	14	58	0.0065	17.2
TkA01G474300	`PF08664`	YcbB	22	42	0.0099	16.7
TkA01G474300	`PF31247`	HAUS8	23	122	0.04	14.4
TkA01G474300	`PF04546`	Sigma70_ner	45	69	0.017	15.8
TkA01G474300	`PF25101`	Spectrin_7	46	106	0.13	13.3
TkA01G474300	`PF12725`	DUF3810	78	123	0.037	14.2
TkA01G474300	`PF26154`	DUF8042	82	123	0.35	11.9
TkA01G474300	`PF04546`	Sigma70_ner	83	147	0.017	15.8
TkA01G474300	`PF08664`	YcbB	88	147	0.0099	16.7
TkA01G474300	`PF00226`	DnaJ	103	119	7.3e-22	78.0
TkA01G474300	`PF25101`	Spectrin_7	109	127	0.13	13.3
TkA01G474300	`PF28203`	CDI_Immunity_Comp	121	156	0.5	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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