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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G471220
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 117962740-117964876 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1692 bp · TkA01G471220|TK1151|cDNA

TTTCCATATGTCCAAATTCAACCCCTCTAGTTTCATATTCTATCCATTATTTAAGAAAAAACATGCACCCCACGTTTAAGATCACAGAAAAGCCAACAATGGAAACAAACACAACACAGATTCAAACAACAATTAAACAAATTTATCATCAATCACCAACCAAATCCTTTTTAACCTCAAAATCGGGTATAAAAACTTTAAAAAATTATTTTCCTCTTCATATTTCTGAACTACGTTGCAGATGCAGACACGATAAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1410 bp · TkA01G471220|TK1151|CDS

ATGACAACAACAATGGGCGAACAAGACGCCACCAACAATGACCTGGCCTCCAAGGTTAAGGCAAAGCGTGCCGAATTAGAGCAAATGAAGGAGCGATTCGCTAAGCTTCTTTTAGGAGAAGATATGTCGGGAGGTGGAAAGGGGGTTTCGTCTGCTTTGGCTTTAACAAATGCAATTACAAATCTAGCTGCTTCGGTGTTTGGGGAGCAACGAAAATTGGCTCCGATGCCAGAAGATCAAAAAAAGAGATGGAGAAGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

470 aa · TkA01G471220|TK1151|PROTEIN

MTTTMGEQDATNNDLASKVKAKRAELEQMKERFAKLLLGEDMSGGGKGVSSALALTNAITNLAASVFGEQRKLAPMPEDQKKRWRREVGWLLSVTDYIVEFVASQQAGKDGSNMEIMMTQQRADLRMNIAALKKLDAMLIGCLDNFRDQNQFWYVSKDANESEKGVQRSDKWWLPTVKVPAEGLSEESRKWMQYQKDCVNQVLKASMAINAQILGEMEIPENYIDNLPKNGRETLGDSIYKGITVDFFDPGQFLMTMDLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G471220
TK1151 IDTkA01G471220
OH-1004 IDLXL04_002552
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 91.440
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G471220
位置Chr01:117962740-117964876 (-)
描述Similar to ROPGEF12: Rop guanine nucleotide exchange factor 12
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g79860 鸟嘌呤核苷酸交换因子 ，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 RopGTP 酶的激活剂。
A distinct mechanism regulating a pollen-specific guanine nucleotide exchange factor for the small GTPase Rop in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705874104
At3g24620 鸟嘌呤核苷酸交换因子 ，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 RopGTP 酶的激活剂。
Structural evidence for a common intermediate in small G protein-GEF reactions.2007 · DOI: 10.1016/j.molcel.2006.11.023
At1g52240 鸟嘌呤核苷酸交换因子 ，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 RopGTP 酶的激活剂。
A small GTPase activator protein interacts with cytoplasmic phytochromes in regulating root development.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.133710
At4g13240 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献
At5g19560 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
GO:0080147 root hair cell development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分
GO:0090406 pollen tube 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G52240
ath:AT1G79860
ath:AT3G24620
ath:AT4G13240
ath:AT5G19560
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.402
排名 1 · TkA01G471220 · TK1151
细胞核0.330
排名 2 · TkA01G471220 · TK1151
细胞膜0.200
排名 3 · TkA01G471220 · TK1151
线粒体0.100
排名 4 · TkA01G471220 · TK1151
内质网0.100
排名 5 · TkA01G471220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09278MerR-DNA-bind14-30 aa
PF03759PRONE25-372 aa
PF09278MerR-DNA-bind116-142 aa
PF09278MerR-DNA-bind287-312 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G471220PF09278MerR-DNA-bind14302.19.7
TkA01G471220PF03759PRONE253721.3e-161538.1
TkA01G471220PF09278MerR-DNA-bind1161422.19.7
TkA01G471220PF09278MerR-DNA-bind2873122.19.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9CA89拟南芥sp|Q9CA89|ROGFC_ARATH Rop guanine nucleotide exchange factor 1261.700%Swiss-Prot高置信
Q9LV40拟南芥sp|Q9LV40|ROGF8_ARATH Rho guanine nucleotide exchange factor 865.400%Swiss-Prot高置信
Q9M811拟南芥sp|Q9M811|ROGFB_ARATH Rop guanine nucleotide exchange factor 1159.900%Swiss-Prot高置信
Q9SVQ3拟南芥sp|Q9SVQ3|ROGF9_ARATH Rop guanine nucleotide exchange factor 958.700%Swiss-Prot高置信
Q1KS66拟南芥sp|Q1KS66|ROGFA_ARATH Rop guanine nucleotide exchange factor 1056.300%Swiss-Prot高置信

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