TkA01G449580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G449580

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 112636565-112638210 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1152 bp · TkA01G449580|TK1151|cDNA

TTGAATTTCATATTCGAGCCCTAACCAGTGACCACCTCCCTCTCTCTTACCTCGGATTTTGGACGATCAACGCGGAGCAGCCATGGTTTGGTTTCAATGCGAGGACTGTGGCGATAACCTCAAGAAGCCGAAGCTCGCCAATCACTTCAGAGCTTGCTCCGCTAACAAGTTATCATGCATCGATTGCGGGCAAATGTTTGGGCAACAGAGTGTACAAGGACACACGCAATGTATCACGGAAACGGAGAAATATGGTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

795 bp · TkA01G449580|TK1151|CDS

ATGGTTTGGTTTCAATGCGAGGACTGTGGCGATAACCTCAAGAAGCCGAAGCTCGCCAATCACTTCAGAGCTTGCTCCGCTAACAAGTTATCATGCATCGATTGCGGGCAAATGTTTGGGCAACAGAGTGTACAAGGACACACGCAATGTATCACGGAAACGGAGAAATATGGTCCAAAGGGTCAAGCGAAACCTGCACAAGGTACACCTGGAAAACTCTCAAAGCCAAAACCAGAAGTCGATATTAATGTCGGATTATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

264 aa · TkA01G449580|TK1151|PROTEIN

MVWFQCEDCGDNLKKPKLANHFRACSANKLSCIDCGQMFGQQSVQGHTQCITETEKYGPKGQAKPAQGTPGKLSKPKPEVDINVGLSERPPWFCSLCNTSATSKQTLLSHADGKKHRAKARAFHASKQPPKDSEEKPTPEVVEETQTSESKKRKLEDVEKNGELGNGEVIHDGNVESEKPKKVKCKKEDGEKSIKWKKIITAALKSNPDGNMKMRKLRSQVLKTLKESGSTVDENELADTLEHKINSSSKFAVNGKYVQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G449580`
TK1151 ID	TkA01G449580
OH-1004 ID	LXL04_002376
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G449580

位置 Chr01:112636565-112638210 (-)

描述 Similar to UBA1C: UBP1-associated proteins 1C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19380`	可能调节细胞核中 mRNA 的周转。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002376 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程

GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程

GO:0050766 positive regulation of phagocytosis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19380

cel:CELE_C16C10.8

hsa:55646

spo:2540743

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.863

排名 1 · TkA01G449580 · TK1151

细胞质0.231

排名 2 · TkA01G449580 · TK1151

线粒体0.036

排名 3 · TkA01G449580 · TK1151

细胞膜0.028

排名 4 · TkA01G449580 · TK1151

内质网0.021

排名 5 · TkA01G449580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23447DUF71281-15 aa

PF17848Zn_ribbon_ACC3-23 aa

PF08790zf-LYAR4-21 aa

PF12874zf-met4-9 aa

PF13894zf-C2H2_44-24 aa

PF18439zf_UBZ4-21 aa

PF00096zf-C2H24-10 aa

PF24292DUF74795-39 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G449580	`PF23447`	DUF7128	1	15	1.6	9.4
TkA01G449580	`PF17848`	Zn_ribbon_ACC	3	23	0.048	14.6
TkA01G449580	`PF08790`	zf-LYAR	4	21	3.1e-14	53.3
TkA01G449580	`PF12874`	zf-met	4	9	1.9e-07	31.9
TkA01G449580	`PF13894`	zf-C2H2_4	4	24	0.0059	17.9
TkA01G449580	`PF18439`	zf_UBZ	4	21	0.1	13.0
TkA01G449580	`PF00096`	zf-C2H2	4	10	0.59	11.4
TkA01G449580	`PF24292`	DUF7479	5	39	0.41	11.5
TkA01G449580	`PF28088`	HVO_2901	5	13	1.0	10.1
TkA01G449580	`PF01286`	XPA_N	6	23	0.15	12.8
TkA01G449580	`PF01258`	zf-dskA_traR	6	12	0.21	12.3
TkA01G449580	`PF12756`	zf-C2H2_2	14	48	0.06	14.3
TkA01G449580	`PF28088`	HVO_2901	17	40	1.0	10.1
TkA01G449580	`PF03251`	Tymo_45kd_70kd	20	130	0.013	15.2
TkA01G449580	`PF08790`	zf-LYAR	30	57	3.1e-14	53.3
TkA01G449580	`PF18439`	zf_UBZ	30	47	0.1	13.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64571`	拟南芥	sp\|O64571\|UBA1C_ARATH UBP1-associated proteins 1C	41.600%	Swiss-Prot	低置信

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