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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G206750
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 52643664-52645256 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

740 bp · TkA01G206750|TK1151|cDNA

GCTTTTCGTTGTATAAATAAGCAGACACTTTGCTGTGATTTCAACAGTTTCATAAACCCTAGCCGCTCTCGCTCCTTAAACCCTAATTACTTCCAAGTTGAGAGATGGCTTTCTACAATAGAATCAGCAGTCTCATGAGACAGAGTGCATCAAATGGGCAAGTAACAGGACCTTCAATGTTCAATGCCATTCGCTGCATGTCTTCAAAGCTTTTTGTTGGTGGTCTTTCCTTCCAGACTGATGACCACTCATTGAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

417 bp · TkA01G206750|TK1151|CDS

ATGGCTTTCTACAATAGAATCAGCAGTCTCATGAGACAGAGTGCATCAAATGGGCAAGTAACAGGACCTTCAATGTTCAATGCCATTCGCTGCATGTCTTCAAAGCTTTTTGTTGGTGGTCTTTCCTTCCAGACTGATGACCACTCATTGAAAGAAGCATTTTCTAGTTTTGGGGAGGTTGTTGAAGCCAGAGTTATTACTGACAGAGAGTCAGGAAGGTCCAGGGGATTTGGTTTTGTAAGCTACGACACTGAAGATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

138 aa · TkA01G206750|TK1151|PROTEIN

MAFYNRISSLMRQSASNGQVTGPSMFNAIRCMSSKLFVGGLSFQTDDHSLKEAFSSFGEVVEARVITDRESGRSRGFGFVSYDTEDSATEAMKALDGQELNGRSIRVSQATERAPRTGGYGGGGGGGGYNRDGGNDRY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G206750
TK1151 IDTkA01G206750
OH-1004 IDLXL04_014533
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)68.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G206750
位置Chr01:52643664-52645256 (-)
描述Similar to RBG2: Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g23830 可能在应激期间的 RNA 转录或加工中发挥作用。
Characterization of transgenic Arabidopsis plants overexpressing GR-RBP4 under high salinity, dehydration, or cold stress.2005 · DOI: 10.1093/jxb/eri298
At4g13850 促进若干线粒体 RNA（包括 NAD5 转录本）的顺式剪接和编辑。 暂无已核实直接文献
At5g61030 可能在应激期间的RNA转录或加工中具有作用（通过相似性）。
Two RNA recognition motif-containing proteins are plant mitochondrial editing factors.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv245
At1g74230 可能在应激期间的RNA转录或加工中具有作用（通过相似性）。
RNA Recognition Motif-Containing Protein ORRM4 Broadly Affects Mitochondrial RNA Editing and Impacts Plant Development and Flowering.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01280
At5g47320 在RPS19中发现的RNA结合结构域可能功能上替代缺失的线粒体RPS13。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006412 translation 生物过程
GO:0006858 extracellular transport 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0050658 RNA transport 生物过程
GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74230
ath:AT3G23830
ath:AT4G13850
ath:AT5G47320
ath:AT5G61030
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.876
排名 1 · TkA01G206750 · TK1151
质体0.095
排名 2 · TkA01G206750 · TK1151
细胞质0.072
排名 3 · TkA01G206750 · TK1151
细胞核0.055
排名 4 · TkA01G206750 · TK1151
细胞外0.035
排名 5 · TkA01G206750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367RRM_733-97 aa
PF00076RRM_136-106 aa
PF28976RRM_ACIN150-99 aa
PF29326RRM_MUD2_C78-113 aa
PF16842RRM_occluded79-110 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G206750PF16367RRM_733973.7e-0524.3
TkA01G206750PF00076RRM_1361069.5e-2483.8
TkA01G206750PF28976RRM_ACIN150990.2911.9
TkA01G206750PF29326RRM_MUD2_C781130.004517.8
TkA01G206750PF16842RRM_occluded791100.04314.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LIS2拟南芥sp|Q9LIS2|RBG4_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial64.800%Swiss-Prot高置信
Q9SVM8拟南芥sp|Q9SVM8|RBG2_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial56.500%Swiss-Prot高置信
Q9FNR1拟南芥sp|Q9FNR1|RBG3_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial48.800%Swiss-Prot中等置信
Q9C909拟南芥sp|Q9C909|RBG5_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 5, mitochondrial52.500%Swiss-Prot高置信
P39697拟南芥sp|P39697|RT19_ARATH Small ribosomal subunit protein uS19m50.000%Swiss-Prot高置信

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