TkA01G048560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G048560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 12533600-12542422 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1461 bp · TkA01G048560|TK1151|cDNA

AAAAAACATGAAAACGGCATCGTTCCATTGGAAACTCTACAAGAACACCACAGATCTCTATATGTTCCCTCCTTATCTTTCAACCATATCAACGAGAATGGCAATTCTCACCACTCTATGGGCACCATTGTCTCCTTCCTGTATCTCTTCAAAATCACTCAAACACATTCATCTCACTTGCCCTAAAATCACAATCTCACTTTCGAATTCCAATTTTACATCCGTTTCAGTTCACTCCTTCAATCCAATCAATCTCGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2730 bp · TkA01G048560|TK1151|CDS

ATGAAAACGGCATCGTTCCATTGGAAACTCTACAAGAACACCACAGATCTCTATATGTTCCCTCCTTATCTTTCAACCATATCAACGAGAATGGCAATTCTCACCACTCTATGGGCACCATTGTCTCCTTCCTGTATCTCTTCAAAATCACTCAAACACATTCATCTCACTTGCCCTAAAATCACAATCTCACTTTCGAATTCCAATTTTACATCCGTTTCAGTTCACTCCTTCAATCCAATCAATCTCGACCCCTCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

909 aa · TkA01G048560|TK1151|PROTEIN

MKTASFHWKLYKNTTDLYMFPPYLSTISTRMAILTTLWAPLSPSCISSKSLKHIHLTCPKITISLSNSNFTSVSVHSFNPINLDPSRKPVNFICSSSSSVSTPTTNYEFSDESNEVELRLFLGDKTIQSSKDVSVDIDEKFLTIKTKHNGSFTTAMEISLYEKIKPAETIWLLDDDQLVVNLKKQDPSVKWPDITETWESLTVGVTQLLKGTSVYLVGESSEINHKISRELAVGLGYTPLNTEELLETFTKTKLVIAEGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G048560`
TK1151 ID	TkA01G048560
OH-1004 ID	LXL04_005453
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.560 / OH-1004 49.260 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G048560

位置 Chr01:12533600-12542422 (-)

描述 Similar to SKL2: Probable inactive shikimate kinase like 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g35500`	可能的失活莽草酸激酶样蛋白 2，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At1g33520`	对病原体具有先天和诱导抗性所必需的。	MOS2, a protein containing G-patch and KOW motifs, is essential for innate immunity in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.09.038

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005453 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000303 response to superoxide 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006809 nitric oxide biosynthetic process 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009073 aromatic amino acid family biosynthetic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32230

ath:AT1G33520

ath:AT2G35500

ath:AT2G35510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.495

排名 1 · TkA01G048560 · TK1151

细胞核0.324

排名 2 · TkA01G048560 · TK1151

细胞质0.141

排名 3 · TkA01G048560 · TK1151

线粒体0.123

排名 4 · TkA01G048560 · TK1151

细胞膜0.029

排名 5 · TkA01G048560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04969CS106-184 aa

PF12656G-patch_2223-240 aa

PF12656G-patch_2609-666 aa

PF01585G-patch623-664 aa

PF18131KN17_SH3744-789 aa

PF25088GPKOW_C750-857 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G048560	`PF04969`	CS	106	184	2.9e-07	32.1
TkA01G048560	`PF12656`	G-patch_2	223	240	9.9e-19	67.9
TkA01G048560	`PF12656`	G-patch_2	609	666	9.9e-19	67.9
TkA01G048560	`PF01585`	G-patch	623	664	2.8e-05	24.7
TkA01G048560	`PF18131`	KN17_SH3	744	789	0.0019	18.9
TkA01G048560	`PF25088`	GPKOW_C	750	857	3.2e-38	130.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82290`	拟南芥	sp\|O82290\|SKL2_ARATH Probable inactive shikimate kinase like 2, chloroplastic	62.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C801`	拟南芥	sp\|Q9C801\|MOS2_ARATH Protein MOS2	44.200%	Swiss-Prot	低置信

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