TkA01G031480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G031480

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 8125841-8135102 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1112 bp · TkA01G031480|TK1151|cDNA

TTTCAGCGATGGTGCTCGAAAACGCGGCTGCTCAAAAACCTCGATGGGGAGAACTCGAAGAAGAAGATGATGGTGGAGACTATGACTATTTGCTGCCGCCAAAACAGGTTATCGGACCTGACGAACACGGTATAAAAAAGGTTATCGAGTATAAGTTCAACGATGAAGGTAACCGGGTTAAGATAACTACAACGACACGCGTCCGTAAACTCGCCAATGCTCGGCTCAGCAAACGCGCCGTGGAGAGGCGTTCATGGCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

888 bp · TkA01G031480|TK1151|CDS

ATGGTGCTCGAAAACGCGGCTGCTCAAAAACCTCGATGGGGAGAACTCGAAGAAGAAGATGATGGTGGAGACTATGACTATTTGCTGCCGCCAAAACAGGTTATCGGACCTGACGAACACGGTATAAAAAAGGTTATCGAGTATAAGTTCAACGATGAAGGTAACCGGGTTAAGATAACTACAACGACACGCGTCCGTAAACTCGCCAATGCTCGGCTCAGCAAACGCGCCGTGGAGAGGCGTTCATGGCCTAAGTTCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

295 aa · TkA01G031480|TK1151|PROTEIN

MVLENAAAQKPRWGELEEEDDGGDYDYLLPPKQVIGPDEHGIKKVIEYKFNDEGNRVKITTTTRVRKLANARLSKRAVERRSWPKFGDVVQEDVGARLTMVSTEEIIFERPRAPGTKAEDSNASGDPLAQMSKGGAVLMVCRTCGKKGDHWTSKCPYKDLAQPTESFTKNPNPTNSSASGPPGATKGAYVPPTMRPGAVRPAADADMRRRNDENSVRVNNLSEDTHEPDLLELFRPFGNVSRVYVAMDQKTGMSRGFGFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G031480`
TK1151 ID	TkA01G031480
OH-1004 ID	LXL04_019185
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.288 / OH-1004 41.964 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G031480`
位置	Chr01:8125841-8135102 (-)
描述	Similar to TBL34: Protein trichome birefringence-like 34
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019185` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0016413 O-acetyltransferase activity 分子功能 GO:1990538 xylan O-acetyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT2G38320 ath:AT5G01620 dosa:Os03g0817500 dosa:Os11g0107000 osa:4349561 osa:4351267 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.656

排名 1 · TkA01G031480 · TK1151

细胞质0.459

排名 2 · TkA01G031480 · TK1151

细胞膜0.044

排名 3 · TkA01G031480 · TK1151

内质网0.034

排名 4 · TkA01G031480 · TK1151

高尔基体0.026

排名 5 · TkA01G031480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12353eIF3g33-160 aa

PF26602HVO_2718_N126-149 aa

PF13696zf-CCHC_2140-156 aa

PF00076RRM_1216-282 aa

PF29396F07F6_N259-291 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G031480	`PF12353`	eIF3g	33	160	9.1e-34	117.2
TkA01G031480	`PF26602`	HVO_2718_N	126	149	0.083	13.1
TkA01G031480	`PF13696`	zf-CCHC_2	140	156	0.0023	18.4
TkA01G031480	`PF00076`	RRM_1	216	282	2.1e-17	63.5
TkA01G031480	`PF29396`	F07F6_N	259	291	0.065	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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