TkA01G004090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G004090

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1070353-1073960 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1570 bp · TkA01G004090|TK1151|cDNA

ATCTCATCGAACCCATCCATCCCAACACCCCCACCCACCATCAATTTGCGCTAAATCCACCTAACACCTTGTTCAAATTGGTGCAAGTTGAACTCTACCTAACCCCTTGTTTAAATTAGCTCAAGTTGAACGAATGCTCAACACTGATTTCTGACATACACCATCATATTTCGAAGTTTGTGTATGTGTGGTTAGATGAGGACTGAATTAAGCGGTGCCGCTGCCGGAGAAGCATGGAAGGCACACACCGCCATGGCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

855 bp · TkA01G004090|TK1151|CDS

ATGACTAGGCAGTTTCTCATGTATTTCTTCTTTCTTGGGTTGACTGGAATATTTGGGAACCAGCTTTTGTTTCTTATTGGTCTAGGCTACACAAATCCAACATATGCTGCAGCAATTCAACCTTCAATTCCAGTCTTCACTTTCATATTCGCTGTATTGATGGGTGCAGAAACAATAAATGTGCTCAAAATTGAAGGTCAGGCAAAAGTTGCAGGCACAATTGTTTGTGTTTCTGGTGCCATCTTGATGGTTATCTTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

284 aa · TkA01G004090|TK1151|PROTEIN

MTRQFLMYFFFLGLTGIFGNQLLFLIGLGYTNPTYAAAIQPSIPVFTFIFAVLMGAETINVLKIEGQAKVAGTIVCVSGAILMVIFKGPALLGYAANVPDLIPGGQPEVSGGIFSGLDNWHIGVLCLIANCICMAAFLAVQAPVLAKYPANLSVTAYTYFFGTIFMVVTAVATKNESMNWSLTGSEVLAVIYAGTITSALCYGLLTWSNKMLGPALVSLYNPLQPAASAFLSKVFLGDPIYLGSIFGGLLIIAGLYVVTW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G004090`
TK1151 ID	TkA01G004090
OH-1004 ID	LXL04_005968
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.366 / OH-1004 71.850 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G004090

位置 Chr01:1070353-1073960 (+)

描述 Similar to At5g45370: WAT1-related protein At5g45370

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45870`	WAT1相关蛋白At3g45870。	暂无已核实直接文献
`At4g19185`	WAT1相关蛋白 At4g19185。	暂无已核实直接文献
`At5g45370`	WAT1相关蛋白At5g45370。	暂无已核实直接文献
`At1g75500`	纤维次生壁形成所需，特别是在短日照条件下。	Walls are thin 1 (WAT1), an Arabidopsis homolog of Medicago truncatula NODULIN21, is a tonoplast-localized protein required for secondary wall formation in fibers.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04256.x Light-regulated compensation of wat1 (walls are thin1) growth and secondary cell wall phenotypes is auxin-independent.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.10.13103 Arabidopsis wat1 (walls are thin1)-mediated resistance to the bacterial vascular pathogen, Ralstonia solanacearum, is accompanied by cross-regulation of salicylic acid and tryptophan metabolism.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12027

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005968 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000162 L-tryptophan biosynthetic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0090355 positive regulation of auxin metabolic process 生物过程

GO:0090358 positive regulation of L-tryptophan metabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75500

ath:AT3G45870

ath:AT4G19185

ath:AT5G45370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.327

排名 1 · TkA01G004090 · TK1151

溶酶体／液泡0.318

排名 2 · TkA01G004090 · TK1151

内质网0.169

排名 3 · TkA01G004090 · TK1151

高尔基体0.104

排名 4 · TkA01G004090 · TK1151

细胞质0.085

排名 5 · TkA01G004090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00892EamA7-84 aa

PF22954DUF702746-86 aa

PF19865DUF6338115-115 aa

PF00892EamA122-259 aa

PF22954DUF7027157-217 aa

PF19865DUF6338183-262 aa

PF22954DUF7027251-279 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G004090	`PF00892`	EamA	7	84	3.4e-24	86.4
TkA01G004090	`PF22954`	DUF7027	46	86	0.47	11.1
TkA01G004090	`PF19865`	DUF6338	115	115	0.038	14.3
TkA01G004090	`PF00892`	EamA	122	259	3.4e-24	86.4
TkA01G004090	`PF22954`	DUF7027	157	217	0.47	11.1
TkA01G004090	`PF19865`	DUF6338	183	262	0.038	14.3
TkA01G004090	`PF22954`	DUF7027	251	279	0.47	11.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5PP32`	拟南芥	sp\|Q5PP32\|WTR25_ARATH WAT1-related protein At3g45870	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W4R9`	拟南芥	sp\|Q8W4R9\|WTR35_ARATH WAT1-related protein At4g19185	65.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4KD68`	拟南芥	sp\|F4KD68\|WTR43_ARATH WAT1-related protein At5g45370	68.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q94AP3`	拟南芥	sp\|Q94AP3\|WAT1_ARATH Protein WALLS ARE THIN 1	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

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