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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G002790
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 726272-731513 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

564 bp · TkA01G002790|TK1151|cDNA

ATGTCAGAAACCAATGAATCTGGACCTTCTTTTGCAAAAACAACTTATACTGTAGCTGTCCCCATCCGTTCTGTTGCTCCCATTACTAAACCACACACCAACAACAAGAAGAAAAAAAACAAACTTCCTTCCAAAACCCCAAAACCCCCAAAAACTCCCACCCAAACCAACCCTTCAATTTCCAAAAAATCCAAGAAAAAAAAACCCATCCTAAAACCAAACGTCGAGAGAAAGAATCCCGACACCACTTTTGATGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1917 bp · TkA01G002790|TK1151|CDS

ATGGAACTATCTCCCCAAGAACTACCATCAACGATCAATATATTCTCCACTCCATCATGTCCCATTTCTTCAAAACCTCCACACAAGGAAACCCAATTTAATACGTCGCTCAAGGCCTTTAAAATTGCTTCAATTACAGCTCACGGCTCTCAATTCAAGTTTTTGAAACCGGGTACTCAAAGAACGAGGTCTAATCGAATCGTTTCGCTAAAATCTGCAGGCTCAGATACCAGCATTACCTCCAATTTACTTCAAACTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

638 aa · TkA01G002790|TK1151|PROTEIN

MELSPQELPSTINIFSTPSCPISSKPPHKETQFNTSLKAFKIASITAHGSQFKFLKPGTQRTRSNRIVSLKSAGSDTSITSNLLQTALGVVHLAVSLGIILAADKYLKQAFVAAAIKFPSALFGMFCIFTVLVILDVTIPAAATALVNFFEPALLFIQRWLPLFYVPSLVVLPLAVQDIPAASGLKICFILVTGWLASLAVAGYTAIAVRKMVKTEMIAAEPMAKPSAFSTLEVVAWSVISVASFVAALKYPELLGTNAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G002790
TK1151 IDTkA01G002790
OH-1004 IDLXL04_005993
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 81.818 / OH-1004 96.022
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G002790
位置Chr01:726272-731513 (-)
描述Similar to PLGG1: Plastidal glycolate/glycerate translocator 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g32080 光呼吸所需的乙醇酸/甘油转运蛋白。
A chloroplast envelope membrane protein containing a putative LrgB domain related to the control of bacterial death and lysis is required for chloroplast development in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2011.03867.x
Loss of the plastid envelope protein AtLrgB causes spontaneous chlorotic cell death in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcr180
At2g35550 转录调节因子，与发育过程中涉及的基因调控序列中存在的富含 GA 的元件（GAGA 重复序列）特异性结合。 暂无已核实直接文献
At2g01930 转录调节因子，与发育过程中涉及的基因调控序列中存在的富含 GA 的元件特异性结合。
BASIC PENTACYSTEINE1, a GA binding protein that induces conformational changes in the regulatory region of the homeotic Arabidopsis gene SEEDSTICK.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.030130
At1g14685 转录调节因子，与发育过程中涉及的基因调控序列中存在的富含 GA 的元件（GAGA 重复序列）特异性结合。 暂无已核实直接文献
At1g68120 转录调节因子，与发育过程中涉及的基因调控序列中存在的富含 GA 的元件（GAGA 重复序列）特异性结合。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os10g0114500 转录调节因子，与发育过程中涉及的基因调控序列中存在的富含 GA 的元件（GAGA 重复序列）特异性结合。 暂无已核实直接文献
Os10g0115200 转录调节因子，与发育过程中涉及的基因调控序列中存在的富含 GA 的元件（GAGA 重复序列）特异性结合。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005993 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009853 photorespiration 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0019835 cytolysis 生物过程
GO:0031640 killing of cells of another organism 生物过程
GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0097339 glycolate transmembrane transport 生物过程
GO:1901975 glycerate transmembrane transport 生物过程
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32080
bsu:BSU38330
sep:SE_2014
ser:SERP2027
ssp:SSP0461
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972
排名 1 · TkA01G002790 · TK1151
线粒体0.027
排名 2 · TkA01G002790 · TK1151
细胞膜0.015
排名 3 · TkA01G002790 · TK1151
细胞核0.012
排名 4 · TkA01G002790 · TK1151
细胞质0.012
排名 5 · TkA01G002790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25946DUF798577-150 aa
PF04172LrgB81-138 aa
PF03788LrgA114-205 aa
PF04172LrgB170-170 aa
PF03788LrgA242-276 aa
PF04172LrgB270-484 aa
PF03788LrgA322-381 aa
PF25946DUF7985350-388 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G002790PF25946DUF7985771500.0414.8
TkA01G002790PF04172LrgB811382.4e-35122.6
TkA01G002790PF03788LrgA1142050.0001522.4
TkA01G002790PF04172LrgB1701702.4e-35122.6
TkA01G002790PF03788LrgA2422760.0001522.4
TkA01G002790PF04172LrgB2704842.4e-35122.6
TkA01G002790PF03788LrgA3223810.0001522.4
TkA01G002790PF25946DUF79853503880.0414.8
TkA01G002790PF06217GAGA_bind5095472.4e-44153.4
TkA01G002790PF06217GAGA_bind5546382.4e-44153.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FVQ4拟南芥sp|Q9FVQ4|PLGG1_ARATH Plastidal glycolate/glycerate translocator 1, chloroplastic77.000%Swiss-Prot高置信
O82286拟南芥sp|O82286|BPC7_ARATH Protein BASIC PENTACYSTEINE758.100%Swiss-Prot高置信
Q9SKD0拟南芥sp|Q9SKD0|BPC1_ARATH Protein BASIC PENTACYSTEINE148.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LDE2拟南芥sp|Q9LDE2|BPC2_ARATH Protein BASIC PENTACYSTEINE254.100%Swiss-Prot中等置信
Q9C9X6拟南芥sp|Q9C9X6|BPC3_ARATH Protein BASIC PENTACYSTEINE360.000%Swiss-Prot低置信
P0DH88水稻sp|P0DH88|BBRA_ORYSJ Barley B recombinant-like protein A56.800%Swiss-Prot中等置信
P0DH89水稻sp|P0DH89|BBRB_ORYSJ Barley B recombinant-like protein B56.800%Swiss-Prot中等置信

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