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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_039378
当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000010.1 坐标: 5379552-5380505 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

954 bp · LXL04_039378|LXL04_039378|OH1004|cDNA

ATGGAGGCTGTCGTAGAACAATCCACCATCCTCACCCCTGGTGATGGTGTTGATCATGATGATGGTGACGCTGCTCCGAAGGATATCACGAACATCTCAAAAGGCAAACGCACCAAGCGCCAAAGGCCACAATCCCCAATTCTTTTCACATTTTCATCGGCCAACAATAATGATTCAACTGATTCTCCGGTATCTTCTTCTGGTTTTCCGGCAGGTAGCACCACCACGGAGGATGAAGATACTGCCGAGACCCTTATCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

954 bp · LXL04_039378|LXL04_039378|OH1004|CDS

ATGGAGGCTGTCGTAGAACAATCCACCATCCTCACCCCTGGTGATGGTGTTGATCATGATGATGGTGACGCTGCTCCGAAGGATATCACGAACATCTCAAAAGGCAAACGCACCAAGCGCCAAAGGCCACAATCCCCAATTCTTTTCACATTTTCATCGGCCAACAATAATGATTCAACTGATTCTCCGGTATCTTCTTCTGGTTTTCCGGCAGGTAGCACCACCACGGAGGATGAAGATACTGCCGAGACCCTTATCCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

317 aa · LXL04_039378|LXL04_039378|OH1004|PROTEIN

MEAVVEQSTILTPGDGVDHDDGDAAPKDITNISKGKRTKRQRPQSPILFTFSSANNNDSTDSPVSSSGFPAGSTTTEDEDTAETLILLSRGRSRNYDDGIFKFNSKRYIHTSTTGNTRVIVYECRTCNRTFSSFQALGGHRASHKKPKNNQDMRKPPPYDNNEPPIEFPFKNNHNSFVSLQLNNRASFAIKSSSKLHECSICGTEFNSGQALGGHMRRHRVAGVANKGGNLRTSNTTLSLIPFTPMTTVEAYDNKSNNNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_039378
TK1151 IDTkA04G224110
OH-1004 IDLXL04_039378
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)91.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_039378
位置JAJTUU010000010.1:5379552-5380505 (+)
描述Similar to ZAT5: Zinc finger protein ZAT5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g28200 可能参与应激反应的转录因子。 暂无已核实直接文献
At5g59820 参与光适应、低温和氧化应激反应的转录抑制因子。
A zinc finger protein RHL41 mediates the light acclimatization response in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00864.x
The zinc finger protein Zat12 is required for cytosolic ascorbate peroxidase 1 expression during oxidative stress in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m313350200
Roles of the CBF2 and ZAT12 transcription factors in configuring the low temperature transcriptome of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02288.x
The zinc-finger protein Zat12 plays a central role in reactive oxygen and abiotic stress signaling in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.068254
At2g37430 可能参与应激反应的转录因子。 暂无已核实直接文献
At3g53600 参与应激响应的转录因子（可能）。
The Arabidopsis Cys2/His2 zinc finger transcription factor ZAT18 is a positive regulator of plant tolerance to drought stress.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx157
At3g46080 可能参与应激反应的转录因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006950 response to stress 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28200
ath:AT2G37430
ath:AT3G46080
ath:AT3G53600
ath:AT5G59820
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.982
排名 1 · LXL04_039378 · OH-1004
细胞质0.067
排名 2 · LXL04_039378 · OH-1004
细胞膜0.025
排名 3 · LXL04_039378 · OH-1004
内质网0.016
排名 4 · LXL04_039378 · OH-1004
质体0.010
排名 5 · LXL04_039378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13912.13zf-C2H2_6121-147 aa
PF13912.13zf-C2H2_6197-220 aa
PF13894.13zf-C2H2_4197-219 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_039378PF13912.13zf-C2H2_61211472.2e-2382.4
LXL04_039378PF13912.13zf-C2H2_61972202.2e-2382.4
LXL04_039378PF13894.13zf-C2H2_41972191.9e-0938.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q681X4拟南芥Zinc finger protein ZAT537.188%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q42410拟南芥Zinc finger protein ZAT1236.269%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SLD4拟南芥Zinc finger protein ZAT1145.455%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFG0拟南芥Zinc finger protein ZAT1831.980%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LX85拟南芥Zinc finger protein ZAT837.838%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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