LXL04_039343 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039343

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000010.1 坐标: 3577920-3581155 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1785 bp · LXL04_039343|LXL04_039343|OH1004|cDNA

ATGGATTCTTCCTCTTTCGAAGgGTTTGTGCTTGATCCATCATCAAATTGCAGTAAATTAAGCATGGAAGAAAAAAGAGAAATCGTATACGAAGTATCCGAATGGTCACACGGAGCACCCGAGCTCCTACAATCTTGGAGCCGTCAAGAAATTCTCCAAATCCTATGTTCCGAAATGGGAAAAGAACGAaagtacacgggtctcacaaaATTAAAAATCATCGAACATCTTCTCAAAATCGTATCcgaaaaaaaatcaaa...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · LXL04_039343|LXL04_039343|OH1004|CDS

ATGGATTCTTCCTCTTTCGAAGGGTTTGTGCTTGATCCATCATCAAATTGCAGTAAATTAAGCATGGAAGAAAAAAGAGAAATCGTATACGAAGTATCCGAATGGTCACACGGAGCACCCGAGCTCCTACAATCTTGGAGCCGTCAAGAAATTCTCCAAATCCTATGTTCCGAAATGGGAAAAGAACGAAAGTACACGGGTCTCACAAAATTAAAAATCATCGAACATCTTCTCAAAATCGTATCCGAAAAAAAATCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

594 aa · LXL04_039343|LXL04_039343|OH1004|PROTEIN

MDSSSFEGFVLDPSSNCSKLSMEEKREIVYEVSEWSHGAPELLQSWSRQEILQILCSEMGKERKYTGLTKLKIIEHLLKIVSEKKSNNLEYEHDMISNIESSENGGPTKRHRKSDHPNRLFNSTDNHNSSVNVVDLDVVEFCKNSACRAKLGEDGGFCKRCSCCICRSSDPPFLGGSCGMSCHLECALRHDKSGIVTKDRGLDGSFFCVSCGKMNDLLGCWRKQMMIARDTRRVDILCYRVSLSQKLLGGTIRYKKLAEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039343`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039343

位置 JAJTUU010000010.1:3577920-3581155 (+)

描述 Similar to VIL2: VIN3-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30200`	可能通过调节基因表达参与春化和光周期途径。	The Plant Homeo Domain finger protein, VIN3-LIKE 2, is necessary for photoperiod-mediated epigenetic regulation of the floral repressor, MAF5.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1010834107
`At5g57380`	在冷处理后通过介导同源异型基因 FLC的初始转录抑制，在春化过程中发挥核心作用。	Vernalization in Arabidopsis thaliana is mediated by the PHD finger protein VIN3.2004 · DOI: 10.1038/nature02195 A PHD finger protein involved in both the vernalization and photoperiod pathways in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1493306 The PHD finger protein VRN5 functions in the epigenetic silencing of Arabidopsis FLC.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.11.052
`At2g18880`	通过调控基因表达参与春化作用和光周期途径。	暂无已核实直接文献
`At3g24440`	通过调节相关花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和 FLOWERING LOCUS M 的表达，参与春化和光周期途径。	A PHD finger protein involved in both the vernalization and photoperiod pathways in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1101/gad.1493306 The PHD finger protein VRN5 functions in the epigenetic silencing of Arabidopsis FLC.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.11.052 A PHD-polycomb repressive complex 2 triggers the epigenetic silencing of FLC during vernalization.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0808687105

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0048572 short-day photoperiodism 生物过程

GO:0048575 short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18880

ath:AT3G24440

ath:AT4G30200

ath:AT5G57380

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.942

排名 1 · LXL04_039343 · OH-1004

细胞质0.107

排名 2 · LXL04_039343 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_039343 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_039343 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_039343 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07227.18PHD_Oberon142-246 aa

PF23376.2Fn3_VIN3330-415 aa

PF23380.2VIN3_C508-580 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039343	`PF07227.18`	PHD_Oberon	142	246	2.1e-21	76.9
LXL04_039343	`PF23376.2`	Fn3_VIN3	330	415	7e-15	55.7
LXL04_039343	`PF23380.2`	VIN3_C	508	580	1.1e-35	121.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUM4`	拟南芥	VIN3-like protein 2	39.728%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIE3`	拟南芥	Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3	38.594%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5BPT4`	拟南芥	VIN3-like protein 3	32.504%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LHF5`	拟南芥	VIN3-like protein 1	34.528%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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