LXL04_039332 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039332

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000010.1 坐标: 3242489-3246866 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2910 bp · LXL04_039332|LXL04_039332|OH1004|cDNA

ATGGAACCCTCAAAAAGCGACAACAATCTTCAATACCATCCAATTCAATCTGAAAACAATGATCCTCTACCTGCTAGACCAACTTCCCTAAAACCCGTGTTAAATTACTCCATAAGAACAGGCGAAGAGTTTGCTCTAGAATTCATGCGGGACCGCGTGAACCCCAGAACACCATTCACCCAATTTCCCGCCAGTGACCCTACTCACACCACAAACTACCTCGAACTCAAGGGCATTTTAGGAATTTCCCATAATGGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

2910 bp · LXL04_039332|LXL04_039332|OH1004|CDS

ATGGAACCCTCAAAAAGCGACAACAATCTTCAATACCATCCAATTCAATCTGAAAACAATGATCCTCTACCTGCTAGACCAACTTCCCTAAAACCCGTGTTAAATTACTCCATAAGAACAGGCGAAGAGTTTGCTCTAGAATTCATGCGGGACCGCGTGAACCCCAGAACACCATTCACCCAATTTCCCGCCAGTGACCCTACTCACACCACAAACTACCTCGAACTCAAGGGCATTTTAGGAATTTCCCATAATGGATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

969 aa · LXL04_039332|LXL04_039332|OH1004|PROTEIN

MEPSKSDNNLQYHPIQSENNDPLPARPTSLKPVLNYSIRTGEEFALEFMRDRVNPRTPFTQFPASDPTHTTNYLELKGILGISHNGSESGSDISMINNTLERPVKDLEHNNNNTTRGGIMSIHDYASSSSVSDNSSKIKILCSFGGKILPRPSDGKLRYVGGSTRIIRIKRDIFWHELRQKVMEIYIETYAIKYQLPGEDLDALVSVSSDEDLQNMMEECSVIGIGEGSQKLRLFLFSLSDLDDSNSVHSNSGGDSEFQF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039332`
TK1151 ID	TkA04G233890
OH-1004 ID	LXL04_039332
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039332

位置 JAJTUU010000010.1:3242489-3246866 (-)

描述 Similar to EDR1: Serine/threonine-protein kinase EDR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79570`	类 RAF 蛋白激酶，与 RAF24 一起作为生长素快速反应通路的中央介质，该通路涉及蛋白质磷酸化，并导致快速的细胞反应，包括膜去极化和细胞质流动。	暂无已核实直接文献
`At2g35050`	类 RAF 蛋白激酶，与 RAF20 一起作用，作为生长素快速反应途径的核心介质，涉及蛋白质磷酸化，并导致包括膜去极化和胞质流动在内的快速细胞反应。	暂无已核实直接文献
`At1g08720`	参与调控MAP激酶级联的MAPKKK丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶；该级联可能包括MPK3和MPK6，负向调控水杨酸（SA）依赖的防御应答、脱落酸（ABA）信号及乙烯诱导的衰老。	Negative regulation of defense responses in plants by a conserved MAPKK kinase.2001 · DOI: 10.1073/pnas.98.1.373 Overexpression of a kinase-deficient form of the EDR1 gene enhances powdery mildew resistance and ethylene-induced senescence in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01482.x Regulation of plant disease resistance, stress responses, cell death, and ethylene signaling in Arabidopsis by the EDR1 protein kinase.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.060400 Costs and benefits of priming for defense in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0510213103 Powdery mildew resistance conferred by loss of the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein kinase is suppressed by a missense mutation in KEEP ON GOING, a regulator of abscisic acid signaling.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.127605 Mitogen-activated protein kinases 3 and 6 are required for full priming of stress responses in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062158 The KEEP ON GOING protein of Arabidopsis recruits the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein to trans-Golgi network/early endosome vesicles.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.171785 Arabidopsis ENHANCED DISEASE RESISTANCE 1 is required for pathogen-induced expression of plant defensins in nonhost resistance, and acts through interference of MYC2-mediated repressor function.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04651.x Negative regulation of defence signalling pathways by the EDR1 protein kinase.2011 · DOI: 10.1111/j.1364-3703.2011.00708.x An Arabidopsis mutant with enhanced resistance to powdery mildew.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.6.947
`At1g73660`	作为耐盐负调节剂。	The genetic locus At1g73660 encodes a putative MAPKKK and negatively regulates salt tolerance in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9306-8 SIS8, a putative mitogen-activated protein kinase kinase kinase, regulates sugar-resistant seedling development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12404

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039332 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79570

ath:AT2G35050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.460

排名 1 · LXL04_039332 · OH-1004

细胞质0.432

排名 2 · LXL04_039332 · OH-1004

细胞核0.308

排名 3 · LXL04_039332 · OH-1004

高尔基体0.037

排名 4 · LXL04_039332 · OH-1004

内质网0.035

排名 5 · LXL04_039332 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00564.31PB1154-238 aa

PF00069.32Pkinase690-950 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr691-952 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039332	`PF00564.31`	PB1	154	238	5.3e-18	65.5
LXL04_039332	`PF00069.32`	Pkinase	690	950	7.3e-49	167.2
LXL04_039332	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	691	952	2e-62	211.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAJ2`	拟南芥	RAF-like serine/threonine-protein kinase 20	55.656%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64768`	拟南芥	RAF-like serine/threonine-protein kinase 24	59.661%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FPR3`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase EDR1	41.754%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C9U5`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase SIS8	40.780%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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